לאור העובדה שהסכמת בעל הדין יכולה להכשיר את קבלת בדיקת הפוליגרף כראיה, נשאלת השאלה האם כדאי להסכים לבדיקת פוליגרף?
השימוש בבדיקת פוליגרף ככלי לחשיפת האמת הינו בעייתי ביותר. מלכתחילה, מידת הדיוק המיוחסת למכשיר הפוליגרף הינה לכל היותר 90%, כאשר לעניין 10% הנותרים - עלולים דוברי אמת להימצא כדוברי שקר ולהפך.
בנוסף, ידועות "שיטות" שונות "לגבור על המכשיר" באופן שיציג את התשובות כאמת. בדיקת הפוליגרף בוחנת, למעשה, שינויים פיזיולוגיים בתגובותיו של הנבדק (בדיקת לחץ דם, בדיקת נשימה, רמת הזעה, בדיקת מוליכות חשמלית של העור ובדיקת דופק). שיטוט קצר באינטרנט יניב שיטות ידועות "לעבוד" על מכשיר הפוליגרף.
נטילת תרופות הרגעה לפני בדיקת פוליגרף עשויה גם היא להשפיע על תוצאות הבדיקה. כמו-כן, נבדקים, אשר ניחנו ביכולת גבוהה לשלוט על תגובותיהם הפיזיולוגיות, הינם קשים לבדיקה ולקבלת תוצאות אמינות. מעבר לכך, וחשוב ביותר, תוצאות הפוליגרף תלויות, בין היתר ביכולתו של הבודק לבנות מערך שאלות המתאים לנבדק ולמקרה, וכן ליכולתו הסובייקטיבית לפענח את תוצאות הבדיקה, לרבות מיומנותו בניטרול וסינון ההתרגשות מתוך תוצאות האמת.
בארץ, בהעדר חוק המסדיר את ההסמכה לביצוע בדיקות פוליגרף, כל אחד רשאי למעשה לבצע בדיקת פוליגרף, אף ללא הכשרה מעמיקה. כפועל יוצא מכך, הפערים בהכשרותיהם של בודקים שונים, הרקע המקצועי שלהם, ניסיונם המקצועי ומיומנותם בהגדרת השאלות נשוא הבדיקה, ואופן ניתוח התוצאות על ידם - עלולים להביא
לתוצאות הפוכות בבדיקת הפוליגרף.
לא אחת יכול ויימצא אדם דובר אמת במכון פוליגרף מסוים, ודובר שקר במכון פוליגרף אחר. ואכן, חדשים לבקרים אנו שומעים על מקרים בראש סדר היום הציבורי, בהם מחזיק כל אחד מהצדדים בדיקת פוליגרף שערך, ותוצאות הבדיקות הפוכות זו לזו.