למחרת הלוויתה של פנינה זקן ביום שיני 14 באוקטובר 1957 הוציא שופט השלום בבאר שבע ציון אלוף, פקודת מעצר ל-15 כנגד החשוד ברצח יצחק משיח.
בהמשך הובא משיח לחקירה מוקדמת בפני השופט ציון אלוף. הוא הואשם באישומי רצח בכוונה תחילה של הילדה פנינה זקן ובניסיון לרצוח את שמחה סיסו. המשפט התנהל באולם התרבות באילת "בית פליפ מוריי" ששימש גם כבית קולנוע. הבניין קיים עד היום. בין העדים שהופיעו במהלך המשפט, אביה של הנרצחת שלמה זקן, בת דודתה שמחה סיסו שהייתה עדה לרצח ותיארה את השתלשלות הרצח. אחיה משה זקן. כן העיד מוריס בן זכאי חברו של הנאשם שהתגורר עימו בחדר באילת וסיפר כי ביום המקרה היה הנאשם שיכור כלוט והקיא כל העת והיה במצב דכאוני ורצון להתאבד בשל אהבה נכזבת לאשה באילת בין העדים היה הנאשם יצחק משיח שאמר בן השאר "לפי כל ההוכחות שישנם עשיתי מעשה אכזרי ואני מבקש מכבוד השופט להטיל עלי עונש מקסימלי". האווירה באולם בית המשפט ובסביבתו הייתה טעונה ומתוחה. תושבים צעקו כי יש להוציא להורג את יצחק משיח והשמיעו כלפיו גידופים ונאצות.
עזרא כהן מראשוני אילת, ממייסדי בית הספר שדה של החברה להגנת הטבע ופעיל שימור, מספר לי כי הוא מתכוון להוציא לאור בקרוב ספר על תולדות העיר אילת בשם "נושקת ים ומדבר" ולהקדיש בו פרק מיוחד על פרשת רצח הילדה פנינה זקן ."הכרתי את הנפשות הפועלות ואני בקיא בפרטי הפרשה" מספר לי עזרא. לדבריו והדברים כך הוא מבטיח יכללו בספרו. יצחק משיח היה טוב לב וישר דרך, אולם סבל רבות מאהבה נכזבת לאישה תושבת אילת הוא חשב שגילה את אהבת חיו אולם זו לא החזירה לו אהבה. הוא החל להשתכר ולאבד את עשתונותיו ומצבו הנפשי הידרדר. כך מספר לי עזרא כהן.
בהמשך עבר המשפט להתנהל בבית המשפט המחוזי בירושלים. סגן פרקליט המחוז ביקש מבית המשפט להורות על אשפוזו של הנאשם יצחק משיח בבית חולים לחולי נפש ואכן בינואר 1959 בית המשפט נענה לבקשה וקבע כי הנאשם אינו בר עונשין, כיוון שביצע את הפשעים בזמן שלא היה, שפוי בדעתו.
נורא מסקרן לדעת מה עלה בגורלו של יצחק משיח מאז. האם הוא חיי כיום אם כן הוא צריך להיות היום בגיל 86-87 לערך האם הקים משפחה?.