מלבד הרפתקאות אינסוף ורומנים רבים, ג'וני התחתן רשמית עם ארבע נשים: עם סילבי ב-1965, גירושים ב-1980, עם דוגמנית בשם אליזבט, המכונה בבט, ב-1881, נישואים שארכו פחות משלושה חודשים, עם שחקנית בשם אדלין (בתו של חברו הטוב, כריסטיאן בלונדיו, מוזיקאי ותמלילן שכתב או עיבד לו 42 שירים), פעמיים, מ-1990 עד 1992, ופעם שנייה ב-1994 כדי להתגרש שנה מאוחר יותר. אך האישה של חייו הייתה ללא ספק לטיסיה, אתה התחתן ב-1996, כשהיה כבר בן 52 והיא צעירה ממנו ביותר מ-30 שנה.
במסעדה במיאמי פגש ג'וני בת של חבר, נערה בת 19 וידע מייד שאתה הוא רוצה להעביר את שאר חייו. שנה לאחר-מכן, ב-1996, השיא אותם ניקולא סרקוזי, ראש עיריית ניי דאז. לטיסיה בודו, שהוריה התגרשו כשהייתה בת 12, החליטה לעבור לגור במיאמי עם אביה, בעל מועדון לילה חסר מזל, כדי לסעוד אותו מדיכאון כבד וממחשבות אובדניות. הנערה הצילה את אביה אך שילמה על כך בהפרעות אכילה שמנעו ממנה להביא ילדים לעולם.
ביחד עם ג'וני, תאמץ ב-2004 תינוקת ויטנאמית, ז'אד, וארבע שנים לאחר-מכן, את ג'וי, גם היא מוויטנאם. ג'וני, שלא השתתף בגידול דוד ולורה, טועם לאחר גיל 50 מתענוגות האבהות. לטיסיה הפכה מילדה ביישנית לאשת עסקים דעתנית ונחושה, המנהלת את הקריירה של בעלה ביד רמה, מרחיקה מקורבים ומקרבת רחוקים, מכוונת את דרכו באהבה ובתמיכה אין קץ.
השיר הדליקו את האש, (1998),
Allumez le feu, שנכתב על-ידי הזמרת זאזי והולחן על-ידי פסקל אוביסקו ופייר ז'קונלי, מלהיט את ההמונים בטירוף חיובי של ריקודים סוערים ושמחה עזה.
האלבום שהלחין לג'וני בנו דוד, דם נגד דם (1999), נוחל הצלחה גדולה ברושמו מכירות של יותר משני מיליון עותקים. הינה שירו האפונימי,
Sang pour Sang, דם נגד דם (1999).
ב-10 ליוני 2000 נותן ג'וני קונצרט ענק חינם לרגלי מגדל איפל, מול חצי מיליון צופים במקום ושמונה מיליון בבית מול מסך הטלוויזיה, כדי לחגוג 40 שנות קריירה. ב-14 ליולי 2009 קונצרט נוסף לרגלי מגדל איפל, לעיני 700 אלף צופים, כדי לחגוג את "סיבוב ההופעות 66", על שם כביש 66 ההיסטורי בארה"ב.
השיר, מארי (2002),
Marie, שנכתב לג'וני על-ידי המלחין-תמלילן -זמר ז'רלד דה פלמאס, נמכר במיליון ו-400 אלף עותקים, מספר שיא לסינגל. חייל צעיר פונה אל מארי ומספר לה בכאב שלמחרת ייהרג בקרב אבסורדי בגלל טירופן של מלחמות האנושות.
באותה שנה, 2002, יוצא אל האקרנים סרטו עטור הפרסים של פטריס לקונט, איש הרכבת, שבו משחק ג'וני מול ז'אן רושפור, שגם הוא הלך לעולמו לאחרונה. ג'וני משחק תפקיד של הרפתקן מחוספס שמתארח אצל הופכו הגמור, ז'אן רושפור, בתפקיד יושב בית שליו, מורה לספרות בגמלאות. כל אחד מהם חשק בעצם בחיים של רעהו.
וכמו כפילות, אך בתוך תוכו של אותו אדם, נמצאת גם בסרט ז'אן-פיליפ, 2006, שבו מונגד ז'אן-פיליפ סמת שהחמיץ את הקריירה שלו כזמר אל ג'וני אלידיי שפורץ כאליל רק בגיל שישים, וכל זאת על-רקע עולמות מקבילים. בסרט זה, שבוים על-ידי לורן טואל, משחק ג'וני את תפקיד ז'אן-פיליפ שנעשה ג'וני רק מאוחר בחייו, וזאת הודות למעריצו המושבע, פבריס, אותו מגלם לא אחר מאשר פבריס לוקיני המצוין. שני הסרטים מדברים על אי-האפשרות שקיימת לעתים למצות את כל סוגי החיים שאדם אחד היה רוצה לחיות.
בנקודה זו הופכים חייו המציאותיים של ג'וני לסרט המתאר את הידרדרות גיבורו. ג'וני, שחי חיים ראוותניים, משקיע בעסקים מפוקפקים, כגון מועדון לילה כושל וזמני שהקים אביה של לטיסיה במונפרנאס, מוציא סכומי ענק על מותרות, בילויים ומתנות למקורבים. הוא עוזב את חברת התקליטים שלו, יוניברסל, בהשפעתו של אותו יועץ גרוע, אביה של לטיסיה, לאחר התעמתות משפטית וחותם עם וורנר.
בריאותו מידרדרת, סרטן במעי הגס ולאחריו פריצת דיסק, אך הניתוחים שעבר אמורים היו להבטיח את חזרתו למצב הרגיל. ב-2009 צרפת עצרה את נשימתה. ג'וני חזר לביתו בלוס אנג'לס, שם חי בשנים האחרונות כשהוא נהנה מאלמוניות יחסית, אך הובהל לבית-החולים בעיר עקב זיהום שנגרם לו כנראה בניתוח האחרון בפריז. ג'וני נותח שוב ואחרי שבוע של תרדמת מלאכותית נשמה צרפת לרווחה שוב. הכוכב חזר לפריז, על כיסא גלגלים אמנם, אבל חי. בעדות מרגשת סיפר הכוכב שכאשר היה כה קרוב אל המוות, שמע את קולה של אשתו לטיסיה וקריאה זו עצרה בעדו מלשקוע באין. בתקופת היעדרות זו עשה ג'וני מעין חשבון נפש והבין את חשיבות הקונצרטים בחייו שבהם שימש לו הקהל כמשפחה שנייה.
ג'וני התאושש וקם, המשיך בפעילותו וחזר למקורותיו, דהיינו לרוק ולבלוז. ב-2012 נתן הופעות במונפלייה ובסטאד דה פראנס שהמשיכו בחו"ל, מונטריאול, ניו-יורק, לונדון, מוסקבה ו... היכל נוקיה, קונצרט אחד בישראל, ב-30 לאוקטובר. זה היה ביקורו היחיד בארץ שבו התפלל בכותל והתקבל על-ידי הנשיא
שמעון פרס.
יש לציין, שג'וני אלידיי לא הסתיר מעולם את אהדתו לישראל ותמיכתו בה חרף לחצים עוינים שהופעלו עליו. לג'וני היו הרבה חברים, יהודים וישראלים, וב-1 ליוני 1967, לפני פרוץ מלחמת ששת הימים, השתתף במופע התמיכה בישראל שארגנה הקהילה היהודית בפריז. הזמר אף חשב להגיע לארץ, אך המלחמה הסתיימה לפני שהגשים את כוונתו והביקור נדחה.
בהקשר זה יש לציין את הקשר המיוחד שהיה לג'וני עם משפחת פייר-בלוך, אצלה התגורר שנתיים, מ-1962 עד 1964. אחד מבניו של ז'אן פייר-בלוך, לוחם המחתרת והמדינאי שעוד מעט יהיה נשיא הליגה הבינלאומית נגד גזענות ואנטישמיות, הזמין את ג'וני לישון בביתם במקום שילון לבדו במלון. מהון להון הזמר נשאר לגור בבית המשפחה שנתיים, התקבל כבן בית וקרא לגברת פייר-בלוך, ששמה הפרטי היה גבריאל, "אימא". שני הבנים, קלוד וז'אן-פייר, נשארו אתו בקשר קרוב מאוד, מקצועי ואישי לאורך שנים, וז'אן-פייר הוא אף סנדקו של דוד אלידיי, בנו הבכור של ג'וני.
ושוב חיים פעילים וסוערים, סיבוב הופעות בארה"ב, אלבומים, התחדשויות, מופעים בצרפת. סרטן הריאות פרץ תשעה חודשים לפני פטירתו. ביוני ויולי 2017 יצא, ג'וני, על-אף המחלה, לסיבוב הופעות בצרפת, בלגיה ושוויץ עם חבריו מימי צעירותו אדי מיטשל וז'אק דיטרון, ויחד שרו משיריהם המפורסמים. הטריו, שנתן כבר שלושה קונצרטים בברסי בתחילת נובמבר 2014, נקרא לצורך זה Les Vieilles canailles, הפרחחים הזקנים ונוצר בהשראת ראט פאק, חבורת העכברושים -
פרנק סינטרה, דין מרטין וסמי דייוויס ג'וניור, שהופיעו בשנות ה-50. כמו-כן, קורץ השם לשירו הידוע של סרז' גנסבור, Vieille canaille, פרחח זקן (1979), עיבוד צרפתי של You Rascal You. ב-1986 הקליט סרז' את השיר יחד עם אדי מיטשל בעיבוד חדש.
בסופם של תשעה חודשי מאבק אמיץ, ב-6 לדצמבר 2017, לפנות בוקר, החזיר ז'אן-פיליפ סמת - ג'וני אלידיי, שהיה קתולי מאמין, פניו נשואות אל על, את נשמתו לבוראו, באחוזתו במארן-לה-קוקט, ממערב לפריז.