הקהילה היהודית בסלוניקי היא אחת הקדומות ביותר באירופה, ונראה שראשוני היהודים הגיעו לעיר בשנת 140 לפני הספירה. במשך מאות שנים נעה הקהילה בין כיבושים ואסונות, הגליות והגירות – לצד פעילות כלכלית נרחבת ויצירה רוחנית מפוארת. היא הייתה החשובה ביותר ביוון ואחת החשובות ביותר בדרום-מזרח אירופה; בעוד וילנה כונתה "ירושלים דליטא", סלוניקי זכתה לכינוי "ירושלים דבלקן". אם נחזור לרגע ל"פנקס הקהילות" נמצא, כי לסלוניקי מוקדשים 100 מתוך 400 עמודי הספר – לעומת 20 בלבד לבירה אתונה. לאורך המאות עסקו יהודי סלוניקי בתעשיית בגדים, במסחר מקומי ובינלאומי, ברפואה, בדפוס, בספנות, בעבודות דחק ועוד ועוד. חלקם בנמל העיר, החשוב ביותר ביוון, היה כה גדול, עד שהיו תקופות בהן עבודתו בשבתות הייתה חלקית בלבד. ראשוני עובדי הנמל היהודים בארץ ישראל במאה ה-20 היו בני סלוניקי, אותם גייס ראש עיריית חיפה, אבא חושי, לנמל החדש בעירו (קודם לכן העלתה הסוכנות היהודית 45 דייגים סלוניקאים לעכו; בסופו של דבר הם עברו לחיפה ולתל אביב). כאשר הוקם נמל תל אביב, הם היו גם שם; שקי המלט הראשונים שנפרקו בו הובאו לחוף בידי סבלים יוצאי סלוניקי. לא הרחק משם, בליבה של תל אביב הקטנה, הקימו בני משפחות רקנאטי וקרסו את בנק דיסקונט. התרבות היהודית שגשגה גם היא, למרות העוני בו חיו רוב יהודי העיר. במאה ה-16 הייתה סלוניקי אחד ממרכזי הדפוס היהודיים הגדולים בעולם. כרם וריבלין מספרים, כי היצירה הרוחנית המקומית במאות ה-18-16 זכתה לפרסום רב בעולם היהודי. "חיבוריהם של חכמי סלוניקי ורבניה סללו דרכים בעיון, בלימוד התלמוד הבבלי, בפרשנות המקרא, בספרות דרש ומוסר, בשירה ובפיוט. הם הנציחו את שיטת הלימוד הספרדית והניחו את היסודות ליצירה בתחומים שונים, וספרי השו"ת [שאלות ותשובות] שלהם הם נכסי צאן ברזל של המשפט העברי".

במאה ה-18 החלה ירידה בחיי הרוח של קהילת סלוניקי ומעמדם של הרבנים נחלש, במקביל לירידת מעמדה של העיר כולה במסחר הבינלאומי. הירידה נמשכה במאה ה-19, אך בשנת 1828 עדיין היו בה 36 בתי כנסת, בית ספר גדול ועוד כמה בתי ספר קטנים. בשנות ה-80 של אותה מאה התארגנה מחדש הקהילה ובעשורים הבאים היא פיתחה מערכת מסועפת של גמילות חסדים ועזרה הדדית. מערכת החינוך התחלקה בין המוסדות המסורתיים לבין בתי ספר מודרניים, כולל חינוך מקצועי – גם לבנות. העיר המשיכה להיות מרכז דפוס יהודי, ובמאה ה-20 בלטה מאוד הפעילות העיתונאית של הקהילה. ב-17 בדצמבר 1917 התחוללה בסלוניקי שריפת ענק, אשר כילתה שלושה רבעים מבנייני העיר העתיקה. הקהילה היהודית נפגעה בצורה אנושה: 34 מ-37 בתי הכנסת העיקריים חרבו, כמו גם 80 בתי תפילה קטנים; עשר ישיבות עלו באש על ספריותיהן, נשרפו מוסדות הרווחה העיקריים, בתי מסחר ובתי חרושת; מבין 75,000 הסלוניקאים שנותרו ללא קורת גג, 53,000 היו יהודים. ממשלת יוון מיהרה להפקיע את הקרקעות הפרטיות בשטח השריפה, תמורת פיצויים זעומים. כך איבדה סלוניקי את צביונה היהודי, אומרים כרם וריבלין. רבים מבני הקהילה עזבו אותה – רובם לארה"ב ולאנגליה, מיעוטם לארץ ישראל. ערב מלחמת העולם השנייה הלכו ואיבדו יהודי סלוניקי את הדומיננטיות הכלכלית שלהם לטובת שכניהם היוונים, האנטישמיות גברה, רבים מהם ירדו מנכסיהם וההגירה מן העיר התעצמה. 65,000 מבין 300,000 תושבי העיר בשנות ה-30 היו יהודים, רובם בני המעמד הנמוך ולכל היותר – בני המעמד הבינוני. לצד זאת, גברו בה הפעילות החברתית והפוליטית (כולל הציונית), ואגודות הרווחה נחלצו לעזרת היורדים מנכסיהם.

מלחמת העולם השנייה הגיעה ליוון, ובכללה לסלוניקי, בדמות הניסיון הפתטי של שליט איטליה, בניטו מוסולוני, לכבוש את המדינה במטרה להוכיח את עוצמתו. האיטלקים נכשלו בצורה מחפירה ונאלצו לבקש את עזרתה של גרמניה, אשר כבשה את העיר ב-9 באפריל 1941. הכובשים הורו מיד לסגור את העיתונים היהודיים והחלו לפרסם עיתונים אנטישמיים ביוונית, החרימו את בית החולים על שם הברון הירש ואסרו את מנהיגי הקהילה. בתי הספר היהודיים נסגרו, הקהילה הייתה נתונה להשגחת הגסטאפו, שמות רחובות יהודיים הוחלפו ביווניים, יהודים גורשו מדירותיהם כדי לפנות מקום לכובשים, ארכיונים וספריות נשדדו. התוצאה המיידית הייתה מצוקה כלכלית קשה; יהודים מתו ברעב ובמגיפות – תופעות שאנו רגילים לשייך לגטאות במזרח אירופה. ביולי 1942 הצטוו כל היהודים בני 45-18 להתייצב בשבת הקרובה, 11 בחודש, בכיכר החרות – זו שזכתה לשמה לזכר התקוממות היוונים נגד העות'מאנים, ארבעה עשורים קודם לכן. 6,500 יהודים התייצבו בחום הלוהט, לבושים בבגדי השבת שלהם. המטרה הרשמית הייתה לרשום את מי שמסוגלים לצאת לעבודה, אך כדרכם של הגרמנים – הם ניצלו את ההזדמנות להתעללות קשה, מתוך סאדיזם לשמו. על המתכנסים נאסר לכסות את ראשיהם ולהרכיב משקפי שמש, והם אולצו לבצע תרגילי התעמלות מתחת לשמש הקופחת וכאמור כאשר הם לבושים בחליפות. כמה מן היהודים זכרו, שראו גרמנים וגרמניות מביטים במחזה בהנאה רבה ותוך צחקוקים. היום הזה נכנס להיסטוריה של קהילת סלוניקי בכינוי "השבת השחורה". אלפי יהודים נשלחו לעבודות כפייה, בעיקר בסלילת כבישים, בנייה וחציבה, בתנאים בלתי אנושיים של רעב, צמא, לינה באורוות והעדר מתקנים סניטריים. מצוקה זו היא שאילצה בסופו של דבר את הקהילה לוותר על בית הקברות, כחלק מהכופר להצלתם של אותם אומללים. בדצמבר 1941 מינו הגרמנים את הרב קוֹרֶץ – יוצא גרמניה – לראש הקהילה; פעולותיו בחודשים הבאים נותרו שנויות במחלוקת בקרב הניצולים והצאצאים, בין מי שמגנים אותו על הציות לגרמנים לבין המסבירים שהוא עשה כמיטב יכולתו בתנאים בלתי אפשריים. השמדתה של קהילת סלוניקי החלה בפברואר 1943, עם החובה לשאת טלאי צהוב וריכוז היהודים בגטאות. הפקודות נחתו על הקהילה ואנשיה בקצב מסחרר: איסור להיכנס לרחובות מסוימים, איסור להשתמש בתחבורה הציבורית, איסור להשתמש בכלי רכב, עוצר לילי, החרמת מכשירי הטלפון, סימון בתי עסק שבבעלות יהודית, סימון הדירות והמגרשים שבבעלות יהודית, איסור להשתייך לארגון כלשהו, חובה לרשום את נכסיהם.

בעיר הוקמו שלושה גטאות, שאחד מהם – בשכונת העוני על שמו של הברון הירש – היה בפועל מחנה שילוח מתחנת הרכבת הסמוכה. הצפיפות בגטאות הייתה איומה: בכל דירה התגוררו בין שלוש לשש משפחות, ולעיתים הצטופפו 30 בני אדם בשטח של 16 מ"ר. התוצאה המתבקשת הייתה התפשטות מגיפות ועלייה בשיעור התמותה. ב-15 במארס יצא המשלוח הראשון לאושוויץ, ועד 10 באוגוסט יצאו בסך-הכל 19 משלוחים ובהם 48,533 יהודים. גורלם של יהודי סלוניקי באושוויץ היה מר במיוחד. הם לא היו בני המדינה, לא הכירו את שפתה, באו מאקלים שונה לחלוטין, לא היו להם מכרים בין האסירים. 11,147 מהם נלקחו לעבודה; 37,386 הנותרים נרצחו מיד. מאות מבין הסלוניקאים גויסו בכפייה לזונדרקומנדו – פלוגת האסירים שנאלצה לעבוד בתאי הגזים, לסייע בהפשטת הקורבנות ולבזוז את גופותיהם. הם גם מילאו תפקיד מרכזי במרד של אנשי פלוגה זו באוקטובר 1944 – המרד היחיד בתולדות תשלובת מחנות אושוויץ, בו נהרגו כמעט כל אנשי הזונדרקומנדו. מאות סלוניקאים אחרים נשלחו באביב 1943 לפנות את חורבות גטו ורשה לאחר המרד. למרות כל אלו, הסלוניקאים בלטו לטובה. הכימאי האיטלקי וניצול אושוויץ הנודע, פרימו לוי, כתב עליהם: "היהודים המעטים הללו, הדוברים לאדינו ויוונית, שידם בכל, הם בעלי חוכמת חיים רבה – בעלי תבונה מעשית, שבתוכה מתמזגות המסורות של כל תרבויות הים התיכון... הם שמרו בכל כוחם על כבוד האדם. עובדות אלו הפכו את היוונים במחנה לגרעין הלאומי המגובש ביותר ואף האנושי ביותר". בסיום המלחמה שרדו 2,000 בלבד מבין המגורשים. באוקטובר 1944 חזרו לסלוניקי הניצולים הראשונים: 137 יהודים שהסתתרו בזמן המלחמה בעיר עצמה ובהרים. בסוף 1945 מנתה הקהילה 1,950 איש, שרובם הגדול נזקקו לסיוע כדי להתקיים. גם כיום הקהילה היא בקושי צל קלוש של "ירושלים דבלקן". 95% מיהודי סלוניקי נרצחו בשואה – שיעור שכמותו מוכר רק במוקדי ההשמדה של פולין. כאן "הפתרון הסופי" אכן כמעט והיה סופי לחלוטין.