הרב יצחק יוסף לא צריך היה להיבחר מלכתחילה לרב הראשי לישראל. את תעודת הכושר לרב עיר – דרישת מינימום לרב ראשי – הוא קיבל בבחינה בעל-פה כאשר אביו, הרב עובדיה יוסף, היה הרב הראשי לישראל. רק בשנת 2006 התברר שהתעודה לא אושררה כחוק בידי מועצת הרבנות הראשית, ואז הוא קיבל אישור בלי בחינה נוספת. הוא מעולם לא הוסמך להיות דיין, ולמרות זאת שימש כנשיא בית הרבני הגדול (כמו עמיתו, הרב דוד לאו, עוד "בן של"). בכל מכרז לתפקיד זוטר בשירות הציבורי, הרב יוסף היה נפסל מיד בשל אי-עמידה בתנאי הסף. אבל תפקיד הרב הראשי לישראל הוא משרה פוליטית לעסקנים, לא משרה מקצועית לגדולי תורה. אחרי שכבר נבחר, הרב יוסף עשה הכל כדי להוכיח שצריך לסלק אותו מן התפקיד כמה שיותר מהר. בשורות הבאות נביא את הדוגמאות הבולטות ביותר. הוא לא בחל בהפרת כללי אתיקה, הוא לא בחל בהשתלחויות בציבורים נרחבים, הוא לא בחל בהעזת פנים כלפי בית המשפט העליון, הוא לא בחל בחריגה מסמכות. כמעט בכל פעם בה פתח את הפה, הרב יוסף עורר מחלוקת ומדנים. השבוע הוא עשה זאת שוב. כאשר אירח בשיעורו השבועי את הרב הראשי של תוניסיה, הרב חיים ביתאן, סיפר הרב יוסף מה אמר ליהודי מדינה זו כאשר ביקר בארצם והם שאלו אותו האם לעלות לישראל. "אמרתי להם: תלוי איפה יגורו. אם בשכונה חרדית או על-יד [ישיבת] כסא רחמים [בבני ברק] – אז שיעלו לארץ ישראל. אבל אם יגורו במקום כמו הרצליה וכל מיני מקומות כאלה של חילוניים – [הם] יבואו לכאן וחס ושלום יתקלקלו. שיישארו שמה". בלי להיכנס לכך שהדברים הללו סותרים גמרא מפורשת, הם נאמרו מפיו של בעל התפקיד הדתי היהודי הבכיר ביותר במדינת ישראל, מי שמקבל משכורת מן המדינה, מי שהצהיר לה אמונים – והוא יוצא נגד יסוד-היסודות של קיומה: פתיחת שעריה בפני כל יהודי. האמירה הזאת מצביעה על הסיבה השורשית בעטיה הרב יוסף אינו ראוי להיות הרב הראשי לישראל: הוא הרב הראשי של החרדים. לא של הדתיים-הלאומיים, לא של המסורתיים, ודאי לא של החילוניים. הוא חושב כמו חרדי, הוא פועל כמו חרדי, אכפת לו רק מהחרדים – ומהאינטרסים הפוליטיים של ש"ס, אליה הוא קשור בטבורו. נציב התלונות על שופטים, אורי שהם, המליץ אשתקד פעמיים להעמיד את הרב יוסף לדין משמעתי. באופן ממש לא מפתיע, השרים לשירותי דת, יצחק וקנין ויעקב אביטן (ש"ס), דחו את ההמלצות. השר הנוכחי, מתן כהנא, יכול לעיין בה מחדש. ואם זה בלתי אפשרי, מעלליו של הרב יוסף הם די והותר כדי להדיחו. כן, להדיחו. יש לנו ממשלה בלי חרדים ועם דתיים-לאומיים; הנה ההזדמנות לעשות מעשה ולהראות שהשליטה ביהדות הישראלית חזרה לידי בעלי תפיסה ממלכתית, המחויבים לחוק כשם שהם מחויבים להלכה.

כאמור, הרב יוסף רשם שיא: הוא השופט/הדיין הראשון בתולדות המדינה, שנציב תלונות הציבור על שופטים, אורי שהם, המליץ פעמיים להעמידו לדין משמעתי. הפעם הראשונה הייתה במארס 2020, בשל התבטאויותיו נגד העולים ממדינות חבר העמים וברקע התבטאויות שלו לפני כן. הוא כינה את העולים "קומוניסטים, עוינים את הדת, שונאי דת, גויים גמורים" ואף טען שמדובר ב"מסות של גויים" אשר "הולכים בימי ראשון לכנסייה, הולכים למנזר". להגנתו טען הרב יוסף, כי התייחס לבעיות שיוצר חוק השבות והביע עמדה הלכתית בתפקידו כרב הראשי. שהם דחה הסברים אלו. אם יש לו הסתייגויות בנושא הגיורים, על הרב יוסף להעלותם בפורומים המתאימים ולא בפרהסיה. כללי האתיקה אוסרים במפורש על שופטים ודיינים להביע בפומבי דעה בסוגיות השנויות במחלוקת ציבורית. הדברים היוו "השתלחות בציבור שלם של אזרחי מדינת ישראל, אשר עלו אליה כחוק". שהם הזכיר, כי בשנת 2017 התערב הרב יוסף בבחירת הרב הראשי של נשר (נעסוק בזה מיד) ובשנת 2015 נשא דברי תעמולה לטובת ש"ס לקראת הבחירות. "למרות אזהרות חוזרות ונשנות, נראה כי הוא ממאן לקבל על עצמו את כללי האתיקה לדיינים במלואם וממשיך להתבטא בפומבי באופן שאינו ראוי ואינו הולם את תפקידו כדיין", ואז טוען שהוא עושה זאת כרב הראשי. הפעם השנייה הייתה באוקטובר אשתקד, בעקבות דבריו של הרב יוסף בנוגע לאפשרות שבג"ץ יאפשר לנשים להיבחן לרבנות: "אתם יודעים שהבג"ץ כל דבר הוא מרגיש את עצמו מעל כולם, כל דבר הוא מתערב... שלחתי הודעה ל[אביחי] מנדלבליט: אני לא אעשה בשום פנים ואופן מבחן לנשים... ואם יכריחו אותי – אני אשבית בכלל את כל מערכת המבחנים, לא יעשה בכלל מבחנים". ההסבר של הרב יוסף, תיראו מופתעים: זו עמדה הלכתית כרב הראשי וכ"מגדלור רוחני". שהם הזכיר, כי הוא וקודמו, אליעזר ריבלין, כבר דחו מספר פעמים את טענת הכובע הכפול, ותהה האם הרב יוסף באמת חושב שהציבור יודע באיזה כובע הוא מדבר בהשתלחויותיו החוזרות ונשנות. "יש להצר על כי הדיין בוחר להתעלם באופן מופגן מהביקורת החריפה שנמתחה עליו יותר מפעם אחת והוא שב ומתבטא בצורה בלתי ראויה ובלתי תקינה; וזאת תוך ערעור עקרון הציות לבית המשפט העליון". התעקשותו לעמוד מאחורי הדברים "ממחישה את עומק הזלזול שחש הדיין כלפי בית המשפט". שהם סיים בהמלצה חסרת תקדים: לכנס את הוועדה לבחירת דיינים כדי שתחליט האם הרב יוסף ראוי להמשיך ולשמש כדיין. מובן שהדבר לא קרה במשמרת של ש"ס.

כאמור, גם הנציב אליעזר ריבלין נדרש להתנהגותו הפסולה של הרב יוסף ובאוגוסט 2017 קבע, כי הוא התערב במארס של אותה שנה בצורה גלויה לטובתו של הרב יצחק לוי בבחירות לרב העיר נשר, ובכך הפר את החובות האתיות החלות עליו. הרב יוסף התערב כאשר ההתמודדות על רבנות העיר לא הוכרעה בעקבות שוויון קולות בהצבעה על המועמדים. ימים אחדים לפני סבב ההצבעה השני, הזמין הרב יוסף לשיחות אישיות את חברי האסיפה הבוחרת, בנוכחותם של הרב לוי ויועצו של השר אריה דרעי, והפציר בהם לתמוך ברב לוי. ימים אחדים לאחר הבחירות התגאה הרב יוסף בפומבי, כי הפך את דעתם של מרבית חברי האסיפה הבוחרת. "לצערנו הרב היום לא קל לבחור רב עיר באמת שיהיה מתאים. הגוף הבוחר מורכב גם מאנשים לא דתיים, לצערנו הרב מחללי שבת, הכל. אבל יש כל מיני חוקים במדינה, מה אפשר לעשות? יש גם יועצים משפטיים שמכתיבים לך תעשה את זה, זה נציג, זה נציג. אני, יום חמישי שעבר - היה לנו כנס של כמה בוגרים בחיפה, בוגרי 'חזון עובדיה'. והם שמעו שאני נמצא בחיפה. מהגוף הבוחר, הם באו אלי לשאול אותי. "הזכרתי ממרן האבא זצ"ל [הרב עובדיה יוסף] כמה היה מוסר את נפשו בשביל לבחור בכל עיר לבחור רבנים טובים, רבנים חרדים יראי שמים שיפיצו תורה, ילכו בדרך ההלכה הנכונה, ודיברתי על ליבם. ברוך ה', חוץ משהיה איזה אחד שהיה קצת עם כיפה סרוגה, לא רצה לשמוע בכלל. אבל האחרים כולם ראיתי, אפילו החילונים שביניהם, דיברתי על ליבם. הפכתי את הראש שלהם. הפכתי ברוך ה' ובזכות זה הוא נבחר. נבחר להיות רב העיר". ריבלין קבע: "ישנו מרחק רב בין מתן המלצה כזו או אחרת בשבחו של מועמד מסוים לבין נטילת חלק פעיל במסע הבחירות של אותו מועמד. כללי האתיקה לדיינים מחייבים נושא משרה שיפוטית להימנע מלהביע דעה בעניין שאינו משפטי בעיקרו והשנוי במחלוקת ציבורית. קל וחומר שאין הוא יכול להיות מעורב בפעילות שיש בה ניחוח פוליטי. גם במקום בו מוטל על הדיין תפקיד ציבורי נוסף, מחייב החוק הפרדה במילוי התפקידים השונים". הוא דחה את תיאורו העובדתי של הרב יוסף לגבי האירועים וקבע כאמור שמדובר בהתערבות פסולה.

זהו כנראה אחד האירועים החמורים ביותר בתולדות בית הדין הרבני הגדול: העומד בראשו ניסה להתערב בפסק דין בצורה שעמדה הן בניגוד לסדרי הדין והן בניגוד להלכה – משום שפסק הדין ניתן בידי רב דתי-לאומי והרתיח רבנים חרדיים. האישה בה מדובר קיבלה את הגט בשנת 2014, שבע שנים לאחר שבעלה שקע בתרדמת בעקבות תאונה. בית הדין הרבני בצפת, בראשות הרב אוריאל לביא, קבע במאי 2014, כי הוא יכול להעניק את הגט בשמו של הבעל, שכן אין ספק שחיי הנישואין הגיעו לסיומם. פסק דין זה עורר זעם בחוגים חרדיים ומנע את מינויו של הרב לביא לבית הדין הרבני הגדול. חודש לאחר מכן פנה לבית הדין הרבני הגדול אדם שאין לו כל קשר לתיק ולצדדים, והגיש ערעור על פסק הדין – למרות שמבחינה חוקית אסור היה לו אפילו לעיין בו. במבט מן הצד התקבל הרושם הברור, שמישהו שלא היה מרוצה מפסק הדין, דאז להדליף אותו בניגוד לחוק לאותו אדם וליזום את פנייתו לבית הדין הגדול. בנובמבר 2016 החליט הרב יוסף לקבל את הבקשה חסרת התקדים ולדון בערעור בהרכב של 11 דיינים. עוד הורה לזמן לדיון את ההרכב בראשותו של הרב לביא. בג"ץ ביטל במארס 2017 את ההחלטה. השופט אליקים רובינשטיין הזכיר, כי רק מי שהיה צד לתיק המקורי יכול לערער עליו – וכאן נענה הרב יוסף לבקשתו של אדם זר לחלוטין, שאין לו כל קשר לסיפור. החלטתו של הרב יוסף עוררה שורה של תהיות במישור הפרוצדורלי: מדוע נקבע הרכב מורחב לראשונה בתולדות בית הדין, מדוע הוזמנו דייני בית הדין האזורי ומדוע הרב יוסף העמיד עצמו בראש ההרכב לאחר שנתן חוות דעת נגד הגט. דיון נוסף יפגע בזכויות יסוד חוקתיות של האישה – בכבודה כאדם ובזכותה לחרות, הדגיש רובינשטיין. "הדעת אינה סובלת מציאות שבה גט שסודר בבית הדין הרבני וניתן 'מעשה בית דין', המקביל לפסיקתא במשפט האזרחי, עלול לעמוד בסיכון להיות מבוטל למפרע לאחר שניתן פסק דין חלוט, ובמיוחד האישה שהמשיכה בחייה בהנחה שעניינה נשלם ובא אל קיצו, וזאת אך נוכח הגשת ערעור על-ידי מי שאין לו דבר וחצי דבר עם העניין", הדגיש רובינשטיין.

בנובמבר 2015 התחוללה מהומה בשיעורו השבועי של הרב יוסף. כמה בריונים ממשתתפי השיעור תקפו באלימות את רפי אוחנה ודוד טוויטו, טכנאי תחנת רדיו קול ברמה, שהגיעו להעביר בשידור חי את השיעור ופגעו בציוד. הרב יוסף לא מנע את התקיפה ואף יצא נגד המותקפים. הרקע לתקיפה היה הנסיונות למנוע מהתחנה, שלא הייתה מזוהה עם ש"ס, להעביר את השיעור למאזיניה. הרב בניהו שמואלי, אשר מסר את השיעור המקדים, קרא לניצים להיות בשקט, אבל אז אמר לו הרב יוסף: "שנה שלמה הם עצרו את השידור. עכשיו באו להפריע. קול ברמה, רשעים מרושעים. תראה, זה תורה דרבים. שנה שלמה לא העבירו את השיעור שלי. החרימו את השיעור שלי שנה שלמה, עכשיו באים להפריע פה. איזה חוצפה, איזה חוצפה. זה צבי עמר זה הרשע הזה מצרפת. רשע גדול. הוא ואריאל אדרי רשעים גמורים אלה. נו מספיק, רבותי, באתם פה להפריע. די. די. חצופים". את הדברים יש לראות ברקע בחישתו של הרב יוסף בתחרות בין ערוצי הרדיו החרדיים. הוא בירך את הנהלת תחנות רשת מורשת ורדיו קול חי שהעבירו בשידור חי את שיעורו, וקבע ש"אין רשות לאף רדיו לשדר את השיעור ללא אישורי. ובלאו הכי שומר נפשו ירחיק עצמו מהאזנה לכלי תקשורת שאינם נשמעים לגדולי ישראל" – דהיינו קול ברמה.

מבקר המדינה, יוסף שפירא, חשף בחודש מאי 2018, כי כמה רבני ערים ממשיכים לכהן למרות תלונות חוזרות ונשנות שהוגשו נגדם, חלקן בעלות אופי פלילי – בין היתר בשל חיבוק ידיים מצידם של הרב יוסף והרב לאו. בשנים 2017-2014 הוגשו מספר תלונות נגד הרב הספרדי של קריית אתא, הרב אליהו מימון, מהן עולה לכאורה התנהגות לא הולמת של הרב, לרבות אלימות מילולית ופעולות בוטות עד מאוד כלפי עובדי המועצה הדתית וכלפי הרב האשכנזי, הרב שלמה דיסקין. באותן שנים הוגשו תלונות רבות גם כלפי הרב הראשי של קריית מוצקין, הרב דוד דרוקמן, אשר נגעו להתנהלותו בתחומים שונים: העדר נוכחות במועצה הדתית ואי-קביעת שעות קבלה, נישואין, מערך הכשרות בקריית מוצקין (הפעלת כשרות פרטית מחוץ לעיר), מקוואות ואי-השתתפות באירועים פומביים בעיר. הרב סיני פרנקל נבחר ב-1974 לרב המועצה המקומית יבנאל; משנת 1978 החליטה שוב ושוב המועצה הדתית לפטרו והוגשו תלונות נגדו, תוך שהסכסוך ההדדי מגיע גם לבתי המשפט. ושוב: הרבנים יוסף ולאו לא עשו דבר. ולבסוף: אולי כנראה ההתבטאות החמורה ביותר של רב ראשי אי-פעם. הרב יוסף האשים את היהודים העולים להר-הבית בהסלמה הביטחונית ובאחריות לפיגועים המבצעים מחבלים פלשתינים". בהלוויתו של שלום בעדני, נכדו של חבר מועצת חכמי התורה של ש"ס, שנרצח ביולי 2014 בפיגוע דריסה בירושלים, אמר הרב יוסף: "עלייה להר-הבית היא עבירה חמורה שעונשה מיתה בידי שמים. רבנים שמתירים זאת הם רבנים מליגה ד' ואי-אפשר שהם יחלקו על גדולי ישראל". לדברי הרב יוסף, היהודים העולים להר-הבית מתסיסים את הערבים ומוסיפים שמן למדורה. "מכאן תצא הקריאה להפסיק את הדבר הזה. צריך להפסיק את הדבר הזה. רק כך יפסיק להישפך דם של עם ישראל", אמר.