בכל מקרה, הפסקת ההתנגדות לחזרת ארצות הברית להסכם הגרעין טומנת בחובה סיכונים משמעותיים העלולים לפגוע במאבק הישראלי למנוע מאירן נשק גרעיני. ראשית, החזרה להסכם המקורי, כפי שהאמריקנים מבקשים, מותירה על-כנה את חולשות ההסכם הקיים המאפשרות לאירן להתקרב אל יעד הרכבת פצצה גרעינית (וזאת בהינתן שאירן אינה מפרה את ההסכם מאחורי הקלעים, ובכך מקצרת באופן ניכר את זמן היעד להשגת פצצה גרעינית). לדוגמה, ההסכם שהוסכם עליו ב-2015 אינו אוסר פעילות מחקר ופיתוח לשדרוג הסרכזות שנועדו להעשרת אורניום. גם משטר הפיקוח הבינלאומי אינו הדוק דיו למנוע חריגות מההסכם, ומוביל לחוסר יכולת לאכוף באופן יעיל את ההסכם במקרים של הפרות. מעל לכל, מגבלות רבות על תוכניתה הגרעינית של אירן יפוג תוקפן כבר ב-2025. בהתחשב בתחושה בירושלים וגם בוושינגטון שאירן במרחק חודשים ספורים מפצצה, מתן אפשרות למשיכת זמן לאירן באמצעות מו"מ לקראת החזרה לשולחן הדיונים וההתמקחות על מתווה החזרה להסכם, המדיניות הישראלית היא תמוהה. שנית, בכך שישראל מסכימה לחזרה האמריקנית להסכם הגרעין, היא מאבדת במידה רבה את היכולת לדרוש את מימוש ההבטחה האמריקנית לנסות להגיע להסכם נפרד, "טוב וארוך יותר", שמטרתו לתקן את הפגמים שבהסכם מ-2015, ולהגביל את תוכנית פיתוח הטילים הבליסטיים של אירן (כלי השיגור של הנשק הגרעיני), או דרישה לריסון התוקפנות האירנית ומימון ותמיכה בטרור במזרח התיכון. הגעה להסכם נוסף עם אירן לא נראתה בעבר כבעלת סיכויים טובים. אולם כעת, לאחר הוויתור הישראלי, היא נראית רחוקה עוד יותר. שלישית, התנגדות ישראלית להסכם מעניקה לגיטימציה לפעולה צבאית ישראלית חד-צדדית נגד התוכנית הגרעינית של אירן. קשה יותר להצדיק פעילות ישראלית צבאית לאחר שישראל הביעה מראש את נכונותה להסכם, ואף הודיעה בפומבי כי היא יכולה לחיות עם ההסכם. להתנגדות להסכם ישנה גם משמעות אסטרטגית, בכך שהיא מאותתת לעולם על הנכונות של ישראל לפעול ללא תיאום עם ארצות הברית במקרה הצורך. זהו נדבך חשוב בתפיסת הביטחון הישראלית, הדוגלת בכך שישראל תגן על עצמה, בכוחות עצמה. משמעות הבטחת הממשלה הישראלית החדשה לממשל ביידן באשר למדיניות "אפס הפתעות" אינה ברורה לחלוטין, אולם על פני הדברים היא אינה מתיישבת עם אחד מעמודי התווך של תפיסת הביטחון הישראלית. כך, הנכונות להתיישר עם מדיניות ארצות הברית בנושא קיומי לישראל משדרת העדר חוט שדרה וחולשה מדינית. רביעית, השינוי בעמדה הישראלית מסכן את ההישגים המדיניים של ישראל באזור. ההתנגדות הפומבית נגד העמדה האמריקנית מאז נאום נתניהו בקונגרס האמריקני ב-2015 זיכתה את ישראל באהדה גדולה בבירות ערב. "הסכמי אברהם" הם במידה רבה תוצאה של העמידה הישראלית העיקשת גם נגד העמדה הפושרת של ממשל אובמה ביחס לתוכנית הגרעין של אירן. העמדה הישראלית הבלתי-מתפשרת נגד אירן היא אבן הראשה ביחסים הטובים עם מדינות המפרץ. וכך, דווקא בעת שארצות הברית נסוגה מהמזרח התיכון וישראל יכולה לרכוש חשיבות אסטרטגית גדולה יותר עבור מדינות ערב, בירושלים מיישרים קו עם הגישה הפייסנית האמריקנית כלפי אירן.

חמישית, שינוי המדיניות בישראל, המשדר נינוחות מסוימת כלפי הסכם הגרעין, מחזק את האשליה שאם אירן תגיע אל הפצצה הגרעינית ניתן לייצר מאזן אימה גרעיני יציב. אלא שעצם בעלות על נשק גרעיני אינו יוצר בהכרח הרתעה הדדית יעילה. ייתכן דווקא שמצב זה ייצור תמריץ אצל אירן לתקוף ראשונה. במזרח התיכון אין אפשרות לחקות את המצב אשר שרר בתקופת המלחמה הקרה בין ארצות הברית לברית המועצות: המרחקים הקצרים המקטינים את זמן ההתרעה, הקשיים שבהקמת כוח מכה שנייה, השיפורים הטכנולוגיים המסייעים לבניית כוח מכה ראשונה, העדר מנגנוני תקשורת ישירה בין ישראל ואירן, והנכונות האירנית לשאת באב"דות רבות, אינם מיטיבים עם קיום הרתעה הדדית גרעינית יעילה. שישית, השינוי בעמדה הישראלית מעודד תפוצה גרעינית במזרח התיכון - חלום בלהות אסטרטגי עבור ישראל. ברוב הבירות במזה"ת הייתה הסכמה שהסכם הגרעין מ-2015 הוא פגום, ושהציפייה שאירן תכבד הסכמים היא אשליה. כרסום בהתנגדות הישראלית לתוכנית הגרעין של אירן מגביר את חששותיהן של טורקיה, סעודיה ומצרים מנשק גרעיני בידי אירן, ועלול לזרז את מאמציהן להשלים פערים בתחום הגרעיני. מציאות של כמה מדינות החמושות בנשק גרעיני באזור הוא אתגר מסובך מאוד עבור ישראל. שביעית, ההשלמה עם החזרה להסכם הגרעין מקטינה את הנכונות האמריקנית לפצות את ישראל אם אירן תמשיך להתקדם בבניית פצצה גרעינית. ארצות הברית בוודאי הייתה מוכנה לנסוך בירושלים תחושת ביטחון גדולה יותר, ואולי להגדיל את מרחב התמרון שלה למקרה שאירן תפר את ההסכם. לדוגמה, היה מקום לבחון אפשרות לרכישה ישראלית של פצצות חודרות-בונקרים מדגם GBU-57, שעד היום בוושינגטון סירבו למכור. לבסוף, ויתור על ההתנגדות להסכם מחזק את מעמדה של אירן באזור. טהרן היא זו שתצליח להשיג את יעדה - הסכמה בינלאומית בפועל למעמדה כמעצמה אזורית גרעינית, תוך כיפוף ידיה של ישראל. מצב זה יעודד את כל הכוחות האיסלאמיסטיים הקיצוניים, במיוחד על-רקע הנסיגה האמריקנית המבישה מאפגניסטן. בשורה התחתונה, ויתור על ההתנגדות הישראלית לחזרת ארצות הברית להסכם הגרעין - גם אם רק למראית עין, מתוך הכרה שלישראל אין יכולת אמיתית להשפיע על החלטת ארצות הברית בסוגיה זו - מזיק לאינטרסים הביטחוניים של ישראל. עדיין לא מאוחר מדי לחזור למדיניות השוללת את חזרת ארצות הברית להסכם הגרעין.