הקשרים הכלכליים עם ישראל מסוקרים לרוב בתקשורת המצרית בפרופיל נמוך, אפשר שבשל החשש מתגובות דעת הקהל המצרית. אחד מגורמי ההתנגדות המרכזיים לנורמליזציה עם ישראל היה באופן מסורתי האיגודים המקצועיים, המייצגים מיליוני עובדים. רבים מהם אסרו לאורך השנים על חבריהם מעורבות בנורמליזציה והטילו סנקציות על ה"חוטאים" בה. פרקטיקה זו הרתיעה אישים וחברות מפיתוח קשרים כלכליים ואחרים עם ישראל, בין היתר מחשש לפגיעה במעמדם המקצועי והתעסוקתי במצרים ובעולם הערבי. מציאות זו השתרשה בהסכמה שקטה של השלטונות, כחלק ממדיניות השלום הקר.
הרוח החיה בהתנגדות האיגודים לנורמליזציה עם ישראל היו האחים המוסלמים, לצד כוחות פאן-ערביים ושמאליים. האחים החלו להתמודד בבחירות לאיגודים ב-1984, זכו במושבים רבים והשתלטו על עמדות מפתח. בהדרגה הם הפכו לכוח הנותן את הטון באיגודי המהנדסים, הרופאים, הרוקחים, עורכי הדין, המדענים, האגרונומים, העיתונאים והסוחרים.
עמדתם בגנות הנורמליזציה נומקה בסולידריות עם העניין הפלשתיני, כמו גם בחשש מ"מתקפה" כלכלית ותרבותית ישראלית. הם התריעו מפני זרימת השפעה ישראלית זרה ומרעילה למצרים, לב העולם הערבי והאיסלאמי, שתשחית את ערכיה ותשעבד את משאביה. בשעה שקריאותיהם לביטול הסכמי קמפ-דייוויד ולפתיחת דלתות הג'יהאד למאבק ב"אויב הציוני" לא נענו, האיגודים אפשרו – לכל הפחות – לרוקן את השלום מתכניו.
לאחר האביב הערבי ב-2011 קיוו האחים להדק את אחיזתם באיגודים, והם אכן רשמו הישגים נאים בבחירות לכמה מהם. אולם מהפכת 30 ביוני 2013, אשר הובילה להדחת הנשיא מוחמד מורסי ובהמשך לעליית הנשיא א-סיסי, הביאה להוצאת האחים מחוץ לחוק, לסילוק השפעתם מהאיגודים ולהחלפתם בכוחות הנאמנים למשטר הנוכחי ולמדיניותו. בעקבות כך נפסקו ביטויים אנטי-ישראלים מיליטנטיים מצד חברי האיגודים, כמו שריפת דגלי ישראל.
חרף הרוחות החדשות המנשבות בשנים האחרונות באיגודים, חומת הסירוב לנורמליזציה נותרה בצורה. יש לכך כמה סיבות. ראשית, ההתנגדות לנורמליזציה אינה נחלתם של "האחים" בלבד, אלא גם של כוחות אחרים בציבור המצרי, חלקם מושפעים מרעיונות נאצריסטיים, וחלקם דוגלים בהגבלת הנורמליזציה כביטוי לסולידריות עם הפלשתינים.
שנית, גם בהעדר נוכחות רשמית של "האחים", חלק מחברי האיגודים מזדהים עם רעיונותיהם וסולדים ממגמות הנורמליזציה של הסכמי אברהם ומהאפשרות שממשלת מצרים תצעד בעקבותיהן. שלישית, המשטר המצרי נעזר לעיתים באיגודים כדי לשרטט קווים אדומים לאזרחיו בנוגע למתכונת הקשרים הרצויה בעיניו עם ישראל. מתכונת זו יכולה לכלול שיתופי פעולה כלכליים בחסות הממשלה, אך לא בהכרח ביטויים "עממיים" של קשרי כלכלה, חברה ותרבות.
הדוגמאות ליחס האיגודים לקשרים עם ישראל מגוונות. איגוד העיתונאים, למשל, מציין מדי שנה בדוחותיו, כי "ההתנגדות לנורמליזציה עם הישות הציונית היא העמדה הרשמית של העם המצרי, ובקרבו העיתונאים". איגודי המהנדסים, הרופאים, הרוקחים והווטרינרים קראו בפברואר 2016 לנקיטת צעדים נגד חבר הפרלמנט המצרי, תופיק עוכאשה, שאירח בביתו את שגריר ישראל דאז, ד"ר חיים קורן. לתגובה דומה זכה הזמר המצרי מוחמד רמדאן, לאחר שהצטלם בנובמבר 2020 בדובאי עם הזמר הישראלי עומר אדם. נציגי איגודי האומנים המצריים השעו את פעילותו בהבהירם כי "[יש] הבדל בין חוזים רשמיים המחייבים ממשלות ערביות לעמדה העממית, התרבותית והאמנותית בנושא הנורמליזציה".
בעוד קשרים "עממיים" עם ישראל סופגים ביקורת חריפה מצד האיגודים המקצועיים, הקשרים שמובלים בחסות המדינה – למשל בתחומי האנרגיה, הסחר והתיירות – לא עוררו עד כה תגובות מחאה מצידם. זאת ועוד, החרם על הנורמליזציה עם ישראל אינו מעוגן במסמכי היסוד של מרבית האיגודים. ביטויי התנגדות מופיעים לרוב סביב הקשרים נקודתיים, למשל כתגובה לחריגה של מאן דהוא ממתכונת השלום הרשמית, לעיתים באופן הנראה כמתוזמר מגבוה יותר מאשר כשיקוף של מחאה ציבורית אותנטית.