ההיגיון המארגן של המערכת הוא היגיון בסיסי של התנגדות לעצם קיומה של מדינת ישראל, והיגיון מצבי - שנשען על חולשת הרשות הפלשתינית ואובדן דרכה המדינית. תכליתו היא לטרפד את תהליכי הנורמליזציה בין ישראל לעולם הערבי ואת התחזקות מעמדה האזורי של ישראל, על-רקע דחיקת הנושא הפלשתיני לשולי תשומת הלב האזורית והבינלאומית.
שני ההגיונות מקודמים באמצעות מאבק מזוין. את הטרור מחולל חמאס, הפועל ישירות לביסוס תשתיות טרור לא רק ברצועת עזה אלא גם ביהודה ושומרון, מול אזרחי ישראל הערבים, וכן בונה מערכי הסלמה במזרח ירושלים. חאמס מתאם את פעילותו עם ארגונים אחרים, בפרט הג'יהאד האיסלאמי (שהתחזק מאוד לאחרונה בעיקר בצפון השומרון בזכות סיוע כספי אירני), החזית העממית ואף חיזבאללה, ומכשיר את האווירה לטרור באמצעות הסתה שיטתית ומתמשכת.
במקביל, חמאס פועל גם באופן עקיף באמצעות מאמץ למנף אירועים אלימים ופיגועים שחוללו גורמים אחרים, או בביצוע פיגועים בלי ליטול עליהם אחריות, תוך שימוש בשלוחים וביניהם הג'יהאד האיסלאמי, גדודי חללי אל-אקצה (של הפתח) או פעילים המזוהים עם דאעש. כל זאת, לשם שליטה בחזיתות המערכה, תוך שלילת העילה מישראל לפעול נגדו ברצועת עזה. לכן, כאשר חמאס מבקש לשמור על מעמדו כ"ראש חץ ההתנגדות" במאבק המזוין נגד ישראל והאינטרס שלו הוא לשמר את הרגיעה ברצועת עזה, הוא חותר במשנה מרץ להפעיל את החזיתות האחרות.
בשיחה שהתקיימה ב-2 באפריל בין זיאד אלנח'אלה, מנהיג הג'יהאד האיסלאמי, שבחודש האחרון נפגש מספר פעמים עם ההנהגה האירנית, לבין אסמאעיל הנייה, מנהיג חמאס, הוצהר על המשך התיאום ההדוק ביניהם במישור המדיני והצבאי. היות הג'יהאד מופעל על-ידי אירן מעלה השערה, כי אירן היא כוח מניע של הפיגועים שאירעו באחרונה (בהנחיות, בהברחת נשק, בהעברת ידע ליצור עצמי של נשק ובהעברת כספים), כשמטרתה היא לשבש את הברית הנרקמת בין ישראל למדינות ערב. כן סביר שטהרן מטפחת את חמאס והג'יהאד האיסלאמי כשלוחיה, לתגמול על פעולות של ישראל נגד אירן, ובכללן כאלה שבוצעו על אדמתה.
בעת הנוכחית, חמאס מקפיד לשמר את השקט ברצועת עזה במטרה להמשיך ולהרחיב את עבודות השיקום המתנהלות בהובלת מצרים וקטאר ולאפשר תעסוקת פועלים בשטח ישראל (רק לאחרונה הגדילה ישראל את מספר היתרי התעסוקה ל-20,000). כן מבקש חמאס לנצל את הרגיעה לשם חידוש תשתיות הטרור שנפגעו במבצע "שומר החומות" ואף לשדרגן, כהכנה לסבב העימות הבא (רק בשבוע האחרון ביצע חמאס שיגור רקטות לעבר הים, איתות לישראל שהוא מוכן למערכה צבאית גם ברצועת עזה).
לעומת זאת, במקביל חותר הארגון (בעיקר באמצעות צאלח אלערורי, הממונה על הזרוע הצבאית של חמאס ביהודה ושומרון הפועל מאיסטנבול, דמשק וביירות) לפתח תשתיות הטרור ביו"ש ובדרום לבנון, להדק את התיאום מול הג'יהאד האיסלאמי, לעבות את הערוצים למול אזרחי ישראל הערבים ולהכין תשתיות להסלמה במזרח ירושלים.