מחקרו המגוון של שי עסק בשורשי מלחמת העולם השנייה באסיה (מלחמת סין-יפן) ובנסיגת המערב ממזרח אסיה עם עליית הלאומיות בסין, בהודו ובדרום-מזרח היבשת, וכן בגורלן של חברות זרות בסין בעקבות כינונו של המשטר הקומוניסטי בה. לדבריו, הסינים רצו להחזיק בחבל בשני קצותיו. מחד-גיסא, הם ביקשו להמשיך וליהנות מתחומי פעילותן של חברות זרות, שלא היו מוכרים להם די, דוגמת תחבורה עירונית ותעשיות כימיות. מאידך-גיסא, הם שאפו לפעול באופן עצמאי. כך, הם העבירו בדרך מתוחכמת חברות זרות לחזקתם, אך לא אפשרו למנהלים הזרים לצאת מהמדינה. מנהלים אלה אמורים היו לשמש מעין חונכים למנהלים ולעובדים הסינים שבאו אחריהם. לדבריו, בדרך כלל, בתהליכי מו"מ ועימותים מסחריים הייתה יד הסינים על העליונה, וכך הותירו חברות לא מעט מנכסיהן מאחור. שי מוסיף בפליאה כיצד עשרות חברות זרות, ביניהן סימנס, טלפוניקה הספרדית, H&M, פולקסווגן, פז'ו וטיזנגרופ, נעתרות, אם לא נכנעות, לדרישות הממשל הסיני - ולו כדי להמשיך וליהנות מפעילותן שם. יתרה מכך, הוא מוסיף, חברות אלו מזדהות אומנם בעקיפין עם הביקורות לגבי מצב זכויות האדם בסין, אך בה בעת ממשיכות להיות מעורבות בפעילות כלכלית בחבל שינגיאנג. כחלק מעניינו הרב בנושא, שי בחן וניתח את גורלן של כמה חברות ישראליות שפעלו בסין ועמד על הסיבות להפסדיהן. לדבריו, בעוד שהיחסים הדיפלומטיים הלכו והתהדקו, רבים מהעסקים הישראלים שניסו "לעשות עסקים עם סין" נכשלו כישלון חרוץ. זאת, משום שאנשי עסקים ישראלים ראו, ועדיין רואים, בשוק הסיני הזדמנות גדולה ופוטנציאל לרווח מהיר וקל, אך ראייתם היא לטווח קצר. ראייה זו גורמת להם להימנע מללמוד כראוי את השוק הסיני, את התרבות הסינית, את התפישות המקומיות, ואת הסיכונים הטמונים בקשר. כתוצאה מכך, הם מגיעים לסין עם ידע מוגבל מאוד ונכשלים בשל אי-הבנה של הצד הסיני ואופן פעולתו. לאחרונה, עקב מגבלות קשות שנכפו בגין הקורונה, וכן בגלל שינויים שלטוניים בלתי-מעודדים בסין, שי מזהה נסיגה הדרגתית של חברות ומנהליהן מסין, ואפילו מצטמצמת הקהילה הישראלית שקבעה שם את מגוריה. עם זאת, הסחר הדו-צדדי בין ישראל לסין נמשך כשהיה, וכללית הוא נותר בלתי מאוזן: הייצוא הישראלי לסין אינו מצליח לעבור את היקף שליש הסחר. חברות היי-טק בודדות, אינטל למשל, מספקות את עיקר הייצוא הישראלי לסין, ודווקא בתחום השירותים, שבו ישראל מצטיינת, לא נראית פריצת דרך.

ביקשנו לבחון עם שי את קשרי ישראל-סין גם בהקשר האקדמי. כחוקר צעיר בשנות ה-70 מצא שי את האקדמיה כאירופוצנטרית מאוד, והעיסוק השיטתי בסין היה חסר. ראשי האוניברסיטה בתל אביב לא נכנעו לניסיונות השכנוע שלו ולא ראו צורך בהקמת חוג במיוחד לנושא זה, מה גם שבאוניברסיטה העברית בירושלים כבר הנצו ניצנים לחוג כזה. אך ב-1995 הוחלט להקים חוג ללימודי מזרח אסיה באוניברסיטת תל אביב. היו שסברו שהחוג לא יחזיק מעמד, אך בדיעבד הוא התברר כהצלחה מסחררת ומהר מאוד הפך לגדול ביותר באוניברסיטה, עם למעלה מ-700 תלמידים. הצלחת החוג סייעה לשלב לימודי סינית וההיסטוריה של סין בבתי ספר תיכוניים, ובכלל זאת לפתח בחינות בגרות בנושאים אלה. הממשל בסין ראה בהקמת החוג בתל אביב פוטנציאל להקמת "מכון קונפוציוס", שעד אז טרם הוקם בארץ. פנייה בנושא זה הגיעה לשי, בתפקידו כראש החוג, אך הוא סירב לחתום על החוזה במתכונת שהוצעה על-ידי הסינים ודרש להכניס בו שינויים מאזנים, שישרטטו את הגבולות בין המכון החדש לאוניברסיטה. לפי התנאים שסוכמו, "מכון קונפוציוס" נועד לקדם את לימודי השפה הסינית בקרב הקהל הרחב, אך לימודי שפה במסגרת האקדמית, בחוג, ייעשו בנפרד על-פי קריטריונים אוניברסיטאיים, עם מורים וספרים שונים מאלו של המכון. מגבלה זו ומגבלות נוספות בלמו, לדברי שי, את האפשרות להשפעה של "מכון קונפוציוס" על אופי הלימודים והמחקרים המתקיימים בחוג. קיומו של המכון הסיני באוניברסיטה דרש ערנות וניהול עדין במספר אירועים. למשל, מספר שי, הרשויות בסין ביקשו ממנו לשנות את מעמדו של הסגן הסיני של מנהל המכון, ומשסירב – הם עצרו את התקציבים. לאחר שנה חזרו בהם הסינים ואף הגדילו את תקציב המכון. במקרה אחר, ניהול האירוע היה פחות טוב: מספר סטודנטים תומכי הפאלון-גונג קיימו בספריה המרכזית של האוניברסיטה תערוכה בנושא פעילות הארגון. לאחר שנציג השגרירות הסינית דרש להסיר את התערוכה, הורה דיקן הסטודנטים להסירה, אך לא בתגובה לדרישת הסינים, אלא משום שהיא כללה לדעתו מיצגים ויזואליים קשים לצפייה ואלה לא זכו לאישורו. העניין הוכרע לבסוף בבית המשפט, שקבע, כי הייתה כאן התערבות של השגרירות, וניתנה הוראה לחדש את התערוכה.

עם השנים עבר שי כברת דרך ארוכה בהבנתו את המעצמה הסינית וביחסו כלפיה. כסוציאליסט נלהב, שראה בחיוב את מערכת השלטון הסינית ואף סבר שניתן לאמץ בישראל רכיבים מסוימים ממנה, התפתחויות שונות בסין ציננו במעט את התלהבותו והציגו בפניו את פניה האחרים של הישות הסינית. כיום הוא מפוכח יותר וסבור, כי יש לעמוד על המשמר ולעצור כמה מיוזמותיה של סין, שאינן עולות בקנה אחד עם עקרונותיהן של האקדמיה והמדינה. הוא מספר בגאווה על שני ביקוריו הבלתי-רשמיים של הדלאי לאמה באוניברסיטת תל אביב, למרות מחאת השגרירות הסינית שהופנתה אליו. עובדה זו, כרבות אחרות, מצביעה לדעתו על אחריותה ועצמאותה של המערכת האוניברסיטאית בתל אביב. כדי לפעול נכון עם סין, בין שמדובר בפעילות עסקית, אקדמית או כל פעילות אחרת, יש ראשית להבין את סין, את ההיסטוריה שלה ואת דרכי החשיבה של העם הסיני ומנהיגיו. שי סבור שבהיבטים האקדמיים, רמת הידע שנצבר היא טובה, אם כי עדיין אינה מספקת ויידרשו זמן ומשאבים נוספים כדי להגיע להיקף ועומק הידע בנושא סין, כפי שיש לנו על מדינות המערב ותרבותן. הוא מציין אומנם ועל דרך החיוב, כי סטודנטים שלמדו בחוג ללימודי מזרח אסיה נמצאים כיום במשרדי הממשלה השונים, בשגרירויות, באקדמיה ובמגזר הפרטי. אך למרות הידע שנצבר והנוכחות של אנשים בעלי הבנה טובה על סין בתפקידים מובילים במשק, עדיין קיים פער ביישום ההגנות הנדרשות מפני הסיכונים שבקשר עם סין. כך למשל, אין בישראל פיקוח מקיף על ההשקעות הסיניות במגזר הפרטי, מה שעלול להוביל לדליפת ידע לא רצויה לסין. בדומה, באקדמיה מתקיימים מחקרים משותפים עם חוקרים מסין, כנסים משותפים ופעילויות נוספות, ואף שפעילות זו מבורכת, יש להבין גם את מגבלותיה. שי סבור שסין תמשיך לנסות לחדור לישראל במגוון תחומים, רצויים יותר או פחות. העברת השגרירות הסינית למתחם המוקם ברמת החייל בתל אביב, תאפשר התייעלות של פעולותיה. מהצד הישראלי, שי מודאג מנטיית הישראלים להתחבב על בני שיחם – תכונה שגורמת להם לעיתים למסור יותר מדי ידע מקצועי. בנוסף, שי מעריך שהאמריקנים צפויים להיות פעילים יותר בקשר לצמצום פוטנציאל העברת הידע מישראל לסין. בסך-הכל, שי מציין בחיוב את המהפכה שהתרחשה ביחסי ישראל-סין ב-30 השנים האחרונות, אך קובע שיש לנהלם בשֹוּם שכל ותוך מודעות ליחסיה ההיסטוריים והאסטרטגיים של ישראל עם ארה"ב.