בעת החדשה, גם לאחר שהוכח מדעית כי הצרעת המקראית מהתנ"ך ומחלת הנסן – לייפרה – אינן אותה מחלה, הסטיגמה נותרה. המצורעים הוצאו מהעיר ואנשים בריאים לא הסכימו להתקרב אליהם, בין היתר בגלל התסמינים הפיזיים הקשים. הם נודו ונכפה עליהם לחיות בקהילה מבודדת, ללא תמיכה מלבד קיבוץ נדבות. מראה הקבצנים בשערי העיר הפך למחזה קבע, והחמיר את הסלידה של המקומיים. בשלהי המאה ה-19 התגוררו רוב המצורעים בירושלים בכמה צריפים בצמוד לחומת העיר העתיקה, בין שער ציון ושער האשפות. הם התחתנו בתוך עצמם וגרו בבתים רעועים עשויים מאבנים שנלקחו מהריסות, בוץ וענפים. הממשל העות'מאני לא טיפל בהם.
מצבם השתפר לבסוף בזכות הכנסיות שהפכו יותר ויותר דומיננטיות החל מאמצע המאה ה-19. בשנת 1865 הגיעה לארץ הברונית אוגוסטֶה פון קפנברינק-אשרדן, ולאחר שהזדעזעה ממראה המצורעים המעוותים והמסכנים בשערי העיר, היא החליטה לגייס כסף ולבנות עבורם בית חולים ומרכז אישפוז. לשם כך היא גייסה את הכנסייה המוראבית-גרמנית, ומאותו רגע השתנה גורלם של המצורעים בירושלים.
בסוף המאה ה-19 היציאה מחומות העיר העתיקה עוד הייתה בחיתוליה, ומרכז החיים היה בתוך מה שכיום מכונה "העיר העתיקה". הרוזנת הגרמנית והכנסייה המוראבית בחרו באזור שלימים יהפוך לשכונת ממילא. המבנה הוקם בסמוך לבריכת ממילא, אחד ממקורות המים של העיר, ומחוץ לדרכים המרכזיות בהן התנהלה התנועה לירושלים.
בשנת 1866 הוקם בית החולים הראשון למצורעים, שלימים יהפוך להיות מנזר הלזריסטים ברחוב אגרון. היו בו חדרים ספורים, שלא התמלאו במהירות; אוכלוסיית המצורעים הירושלמית הייתה חשדנית כלפי בית החולים שבנתה הכנסייה, והיהודים והמוסלמים חששו מאוד ממיסיונריות. עם זאת, לאורך הזמן הצליחו אנשי בית החולים לרכוש את אמונם, ובמהרה התברר כי הוא צר מלהכיל את חולי העיר.
במקביל, שכונת המצורעים הצמודה לשער ציון נהרסה ע"י העות'מאנים בשנים 1875-1873. השלטון, שהבחין בניסיונות הכנסייה לפרוש את חסותה על המצורעים, הגיע למסקנה שעליו לעשות מעשה דומה, והורה על בניית בתים למצורעים ליד ביר איוב, דרומית לסילוואן. בית החולים העירוני התנהל בתנאים קשים, ללא השגחה וטיפול מסודר, ובקיץ הראשון מתו בו ארבעה חולים.
למרות התנאים הקשים, רבים מהחולים בעיר – בעיקר המוסלמים – בחרו לעבור לביר איוב, מאחר שהמיטות האירופיות והאחיות הנוצריות בבית החולים הגרמני בממילא היו זרים להם. אולם, התנאים הקשים, החוסר ברופאים ואי-ההפרדה בין חולים "קלים" לחולים "קשים", הובילו רבים לבקש לבסוף את עזרת הכנסייה. הדרישה העולה הובילה את הכנסייה לרכוש שטח חדש מדרום-מערב לעיר העתיקה, למען הקמת בית החולים "עזרת ישוע" (בגרמנית: "Jesus Hilfe") למצורעים, שכיום מוכר בתור "בית הנסן".