את הטענה על "מעשי מדינה" דחה בית המשפט העליון בעיקר בנימוק שהבסיס לדוקטרינה זו נשמט כאשר מדובר בפשעים בינלאומיים כמו פשעים נגד האנושות. אלה מעשים מתועבים החורגים לחלוטין מסמכותה של המדינה, ולכן כל מי שציווה עליהם או ביצע אותם – ישא באחריות. "מן הנמנע שמדינה תוכל לתת גושפנקא למעשה הפוגע באיסוריו החמורים [של משפט העמים], ומכאן הרעיון העומד במרכז המושג 'פשע בינלאומי': כי האדם שנתן את ידו לפשע שכזה נושא באחריות עונשית אינדיבידואלית. שאם לא תאמר כן, אינך אלא עושה פלסתר את הוראותיו הפליליות של משפט העמים". גם הטענה לפיה אייכמן מילא פקודות נדחתה בשתי ידיים. מדובר היה בפקודות בלתי חוקיות בעליל שאין עליהן הגנה גם בחוק הפלילי הרגיל, בנוסף לכך שהחוק לעשיית דין בנאצים ובעוזריהם שלל במפורש הגנה זו. שלילתה קיימת בחוקיהן של מדינות נוספות ועמדה בתוקפה אפילו בגרמניה הנאצית. כללי היסוד של משפטי נירנברג קבעו שנימוק זה יוכל להוות לכל היותר שיקול בגזירת העונש אבל לא להימנעות מהרשעה. לבסוף נקבע, כי בית המשפט המחוזי ניהל את ההליך בצורה הולמת ומקצועית. בפתח הדיון בטענות העובדתיות כתבו שופטי העליון: "היריעה שנפרשה לפנינו בערעור זה היא יריעה ספוגת דם ודמע, עליה נגולה פרשת השואה של יהדות אירופה. חֶרֶט אנוש לא יכול ושפת בני אדם לא תצליח לתאר אפילו בבואה דבבואה של סבל המיליונים, שנהרגו ונטבחו ונשרפו במחנות ההשמדה ותאי הגזים, באמצעות כלי המשחית שהומצאו ושוכללו על-ידי המוח 'הפורה' והדמיון הפְּרָבֶרְסי [הסוטה] של החלאה הנאצית. המדע הרם בשירות הפשע וההשכלה הגבוהה כשפחה חרופה של אכזריות ורשע, זהו החידוש שנתחדש בבית מדרשה של התורה הנאצית; כי חיזיון כזה לא ראתה עין לפני קום משטרו של היטלר בסוף השליש הראשון של המאה העשרים". בית המשפט העליון בחן את הממצאים והקביעות בהתאם לכללים החלים על ערכאת הערעור, תוך התמקדות בטענות הערעור: אייכמן היה "בורג קטן" ומילא הוראות; הוא רק קבע את שעת יציאת הרכבות; הוא פעל על-פי פקודות מגבוה; ואם היה מתמרד – היה מוצא להורג. אפשר היה לדחות את כל הטענות הללו בקלות, ציין העליון: אפילו הבורג הקטן ביותר יכול להיות שותף לעבירה ודינו זהה לעבריין העיקרי; אין למלא פקודה בלתי חוקית בעליל; והציות הוא לכל היותר טענה לגבי חומרת העונש. העליון לא הלך בדרך הקלה. "לא נמעיט את דמותו של אייכמן ולא נקפח את 'זכויותיו' הגדולות למען המטרה הנכספת של הנאצים והיא: השמדת העם היהודי. נקצה לו את המקום הראוי לו בהיררכיה הנאצית, כפי שעולה הדבר מחומר הראיות". בעמודים הבאים סקרו השופטים את ההוכחות העיקריות למעמדו הבכיר וליוזמותיו העצמאיות של אייכמן והסיקו: "מעמדו לא היה נחות דרגה כלל, אלא מעמד רם ונשא שממנו חלש המערער על כל ענייני היהודים – רכוש, גוף ונפש – בכל תחום ההשפעה הגרמני, בגרמניה גופה והרחק הרחק מעבר ומחוצה לה".

מעשיו המתועדים היטב של אייכמן הוכיחו, כי הוא טיפל בכל היבטי ההשמדה ולא רק בתיאום רכבות. אייכמן עסק ב"חיטוט וניקור וחיפוש אחרי חומר השמדה חדש ומניעת התחמקותו מתגרת ידם של הנאצים, או המצאות שטניות משלו לשם ביצוע יותר יעיל של השמדת הקורבנות אשר כבר נלכדו ברשתם". עובדות אלו שומטות את הקרקע מתחת לטענת הציות לפקודות, כי "המערער בכלל לא קיבל פקודות 'מגבוה'. הוא היה הגבוה והוא היה המפקד בכל הנוגע לענייני שאלות היהודים, והוא פיקד וציווה, לא רק בלי פקודות מאת הממונים עליו בנתיבי השירות, אלא לפעמים אפילו בניגוד גמור לפקודות אלה". איש לא כפה עליו לעשות זאת. "המערער לא הראה מעולם כל חרטה, לא חולשה ולא רפיון כוח או רפיון רצון במילוי התפקיד שקיבל על עצמו. הוא היה 'האיש הנכון במקום הנכון' וביצע את פשעיו האיומים-מכל-איום מתוך שמחת לב וחדווה פנימית, לשביעות רצונו הוא ולשביעות רצונם של כל הממונים עליו". בית המשפט העליון סיים: "בהחליטנו לאשר את פסק דינו וגזר דינו של המערער, ידענו יפה יפה מה דל ומה חיוור יהיה גזר מיתה זה, לעומת מיליוני המיתות המשונות שגזר הוא על קורבנותיו. כשם שאין שם בשפת בני אדם כדי לכנות בו מעשים כמעשי המערער, כך אין עונש בחוקי בני אדם שיהא הולם בחומרתו את אשמת המערער. "אך ידיעתנו כי כל מידה שתימדד למערער לא תִשְווה, וכל שילם ועונש שיוטל עליו לא יספיק – ידיעה זו אסור לה שתניע אותה להקל בעונשו של זה. הן לא ייתכן להעלות לגרדום, מכוח החוק לעשיית דין בנאצים ובעוזריהם, את מי שהורג מאה, ולשלח לחופשי או לשים במשמר ועוד לשמור מכל משמר, את מי שהרג מיליונים! בקובעו, בשנת 1950, את העונש המכסימלי האמור בחוק הנ"ל, לא יכול היה המחוקק הישראלי לתאר לעצמו פושע יותר גדול מאדולף אייכמן, ואם אין רצוננו לעשות פלסתר את רצונו של המחוקק, עלינו להטיל על אייכמן את העונש המכסימלי שנקבע בסעיף 1 לחוק, והוא: עונש מיתה".