יחסה של אירן החומייניסטית לישראל אינו עניין של מדיניות וביטחון, אלא של שנאה אנטישמית שורשית בסגנון המזכיר מאוד את גרמניה הנאצית. הדבר ברור כאשר חוזרים במיוחד לדבריו וכתביו של אבי המהפכה האיסלאמית, האייתוללה רוחאללה חומייני.
ביוני 1963 נשא חומייני, בעיר הקדושה קוֹם, את הנאום שהפך אותו למנהיג האופוזיציה והיה אבן דרך מרכזית בדרכו. בין היתר, הוא אמר: "ישראל אינה רוצה שהקוראן יכירנו מקומו בממלכה הזאת. ישראל אינה רוצה כי ה'עולמא' [חכמי הדת] יתפסו את המקום הראוי להם במדינה הזאת. ישראל אינה רוצה שבממלכה זו ישררו חוקי האיסלאם. ישראל היא שתקפה את מדרשת פאוזיה [בעיר קום במארס 1963; התנפלות של תומכי השאה] באמצעות סוכניה החשאיים".
לדברי חומייני, ישראל גם שואפת להשתלט על הכלכלה האירנית והיא שייעצה לשאה להשמיץ את המוּלוֹת (כהני הדת הבכירים) ולכנותם "טפילים". הוא המשיך בפנייה ישירה לשאה: "הסכת ושמע לי ואל תשמע לישראל. מישראל לא תצמח לך שום טובה".
חומייני חשף בנאומו מסרים שקיבל מן המשטרה החשאית, ה"סאוואק", אשר לפי השמועה אומנה בידי המוסד וה-CIA. לדבריו, הסאוואק דרש מן המולות שלא להתייחס לשלושה נושאים: השאה, ישראל והסכנות הנשקפות לאיסלאם. "האם מתכוון הסאוואק לומר כי השאה הוא ישראלי? האם לדעת הסאוואק השאה הוא יהודי? האם אכריז עליך שאתה עובד אלילים, אדוני השאה, באופן שתגורש מן הארץ הזאת?"
חומייני המשיך לראות את ישראל בכל פינה גם במהומות שקדמו להפיכה. באחת מההרצאות שהקליט במקום גלותו בעירק והוברחו לאירן, הוא הורה להציב ילדים בראש המפגינים, בהנחה שכוחות הביטחון ייאלצו לבחור בין לירות בנשים וילדים לבין הימנעות מפעולה. "מותו של ילד הוא דבר חשוב במיוחד. כשמת ילד, מתגלה לעין כל טבעו של המשטר הציוני", הסביר בצורה מקפיאת דם.
"לגבי דידו, מטרות המהפכה היו בעיקרן תרבותיות", כותב הביוגרף של חומייני, אמיר טאהירי. "הוא רצה לחסל את השאה ואת ראשי תומכיו משום שהיו 'רשעים' ו'שטניים'. כמו-כן ביקש לשים קץ להשפעה הזרה, הלא-מוסלמית, באירן, ולסכל את מה שנחשב בעיניו כ'מזימה יהודית לחיסול האיסלאם'". הוא הגדיר את כל הפילוסופיה המערבית כ"קורי תככים שנארגו בידי יהודים".
טאהירי מוסיף: "חומייני הצליח לאמץ ייעוד, שננטש כמעט על-ידי כל מנהיג פוליטי אחר באיזור, אך אשר עדיין נהנה מתמיכה אמיתית בקרב שכבות רחבות באוכלוסייה: השמדה פיזית של מדינת ישראל וגירוש תושביה מתחומי המזרח התיכון. מנהיגים אחרים, בין מן השמאל ובין מן הימין, בין פרו-אמריקנים ובין סוציאליסטים כביכול, שוב אינם מעיזים לדבר במונחים כאלה, אם כי אפשר שהם חולמים על חיסולה של ישראל בסתר ליבם. לחומייני אין שום עכבות בעניין זה; הוא תולה בישראל את אשמת כל מדוויו של העולם הזה וקורא למוסלמים להתכונן ל'ג'יהאד' נגד המדינה היהודית ול'קיטאל' (הריגה בשם אללה)".