זה היה עימות הלכתי סוער וחוצה יבשות, בעל השלכות כלכליות עצומות: האם האתרוגים הגדלים באי קורפו כשרים לברכה בסוכות? אם התשובה חיובית, מובטח הון למגדליהם ולמשווקיהם. אם התשובה שלילית, הללו יפסידו את כספם. ובמקביל: פסילת אתרוגי קורפו תעניק דחיפה משמעותית לאתרוגי ארץ ישראל.
השאלה ההלכתית היא פשוטה ונוגעת לכשרותו של אתרוג מורכב. התורה אוסרת להרכיב פירות זה בזה, אך מתירה כאשר מדובר באותה משפחה. האתרוג הוא עץ עדין, וכדי לחזק את עמידותו בפני איתני הטבע ואת השתמרותו לאורך זמן, נהגו להרכיב אותו בלימון - שהוא כמותו בן למשפחת ההדרים. לכן, מבחינת דיני כלאיים אין בעיה. אבל מצוות ארבעת המינים היא באתרוג דווקא; האם שילוב של אתרוג ולימון כשר לקיום המצווה? רוב הפוסקים אוסרים אותו, ומכאן צצה הסוגיה המעשית: האם אתרוגי קורפו מורכבים?
בסוף המאה ה-18 כבשו אתרוגי קורפו את השוק באירופה והתעוררה במלוא עוזה השאלה האם הם מורכבים. בשנות ה-40 של המאה ה-19 קבעו גדולי הפוסקים שהתשובה שלילית, אך עשו זאת לא על-פי בדיקה בשטח, אלא מתוך ההנחה שרוב האתרוגים המצויים הם כשרים, שכן הקב"ה לא יגרום תקלה להמוני בית ישראל.
הדיון שב והתעורר בשנת 1875, לאחר שסוחרי קורפו הצליחו ליצור קרטל ומחיר האתרוגים זינק. וזאת לדעת: ההלכה מגבילה במפורש את הסכום שיש להוציא על קיום מצווה, ובמיוחד על האתרוג - שבשל נדירותו ויוקרו, היו קהילות שרכשו פרי אחד בלבד לכל בניהן במשותף. להתייקרות אתרוגי קורפו נוספו עדויות של רבנים באי עצמו ובוורשה, אחד המרכזים היהודיים החשובים בעולם באותה עת, ולפיהן מדובר באתרוגים מורכבים.
במקביל, החלו המתיישבים היהודים בארץ ישראל לנטוע אתרוגים, וגם הם ביקשו להיכנס לשוק. באותה שנה עצמה ביקרו בארץ נציגי "קרן מזכרת משה מונטיפיורי", שהמליצו להעסיק את יהודיה בייצור תשמישי קדושה לאחיהם שבגולה. הסופר והעיתונאי יחיאל מיכֶל פינס הציע לגדל אתרוגים, וטען שסוחרי קורפו גובים תמורת תוצרתם מחיר הגבוה פי 50 מזה הריאלי.
גדולי הרבנים באירופה נשאבו לתוך הוויכוח. מי שנחשב לפוסק הדור, הרב יצחק אלחנן ספקטור, אסר על בני קהילת קובנה להשתמש באתרוגי קורפו, אם כי נראה שמטרתו העיקרית הייתה להוריד את המחיר; זו הייתה גם עמדתו של הרב אלכסנדר משה לפידות, מחשובי הדור. הרב גימפל יפה, רבו של פינס, פסק שיש להעדיף את אתרוגי ארץ ישראל. עמדה דומה הביעו פרשן המקרא המלבי"ם (הרב מאיר לייבוש וייזר) והרב נתן אדלר, הרב הראשי של אנגליה.
אבל כעת התעוררה בעיה: האם כל מי שבירך בשנים הקודמות על אתרוגי קורפו לא יצא ידי חובתו, ואף חטא בברכה לבטלה? הפתרון היה לקבוע, כי הם רק ספק מורכבים - ולכן בדיעבד מי שנטל אותם קיים את המצווה ולא הוציא מפיו שם שמים שלא לצורך.