באפריל 1984 חטפו ארבעה מחבלים אוטובוס בקו 300 בדרכו מתל אביב לאשקלון, וכוחות הביטחון עצרו אותו ברצועה עזה. למחרת בבוקר הסתערה עליו סיירת מטכ"ל, בפעולה בה נהרגו נוסעת ולהבדיל שניים מהמחבלים. שני האחרים הורדו ממנו בחיים, אך נרצחו לאחר מכן. הציבור סער ושתי חקירות (ועדת זורע וועדת בלטמן) לא הצליחו לגלות מי אחראי למותם. יצחק מרדכי, שהיה אז קצין צנחנים וחי"ר ראשי, הועמד לדין משמעתי לאחר שהתברר שהיכה אותם, אך זוכה משום שהמעשה נועד לקבלת מידע חיוני.
בפברואר 1986 חשפו אנשי השב"כ ראובן חזק, רפי מלכא ופלג ורדי, כי השניים נרצחו בידי אנשיו של אהוד יתום בהוראת ראש השב"כ, אברהם שלום. איש השב"כ יוסי גינוסר, שהיה חבר בוועדת זורע, הדליף מידע בזמן אמת מן החקירה והשתתף בתדרוך העדים מטעם הארגון לפני שהללו מסרו לוועדת עדויות שקר. בידוי הראיות חזר על עצמו בפני ועדת בלטמן.
היועץ המשפטי לממשלה, יצחק זמיר, הורה לפתוח בחקירה – והוחלף בידי יוסף חריש (שעמד ממילא להיכנס לתפקיד). חריש הודיע שימשיך בחקירה, אך אז הועלה רעיון החנינה, מחשש שהמשך החקירה יפגע בשב"כ בעיצומם של ימי פיגועים קשים. ראש הממשלה, שמעון פרס, אישר את הרעיון וכך גם חריש. המעורבים הודו בכתב בחשדות שיוחסו להם, שלום התחייב לפרוש מיידית והנשיא חיים הרצוג העניק את החנינה.
לבג"ץ הוגשו מספר עתירות נגד החנינה והוא דן בהן בהרכב הבכיר ביותר: הנשיא מאיר שמגר, המשנה לנשיא מרים בן-פורת והשופט (ולימים הנשיא) אהרן ברק.
בפסק הדין באוגוסט 1986 הסכימו השלושה, שלא ניתן לתקוף במישרין את החלטתו של הרצוג, שכן הנשיא חסין מפני כל הליך משפטי הנוגע לתפקידו, אך ניתן לתקוף אותה בעקיפין – דרך ביקורת על הממשלה והיועץ המשפטי. שמגר ובן-פורת דחו את העתירות ואשררו את החנינות, בעוד ברק סבר שיש לבטל אותן.