בשלב מסוים בעדותה נדרשה גלאט-ברקוביץ' להתייחס לטענתה כי הטלפון שביצע קרא בבוקר שבו פורסמה הידיעה בעיתון הארץ תרם לחשיפתה. "השיחה שלו הייתה תמוהה בעיני", אמרה. "לא הבנתי למה הוא מצלצל אלי [...] עד לפרסום לא היה סביר שמישהו יחליט לצותת לטלפון שלו, כי אף אחד לא ידע שהוא הולך לפרסם את הכתבה. מרגע שהפרשה פורסמה בשמו קיים חשש שמישהו שמאוד כועס שהכתבה פורסמה יחליט להאזין לו כדי לברר עם מי הוא מדבר. כשהוא אומר לי בטלפון, 'נו, קראת את הכתבה, את מרוצה?', אפשר לדעת עם מי הוא מדבר, אז זה מאוד מטומטם לדבר איתי". "למה אתה יוצר איתי קשר", שיחזרה גלאט-ברקוביץ' את מחשבותיה כשקיבלה את השיחה מקרא, "מה אתה מצפה ממני, שאהיה מודיעה קבועה שלך? שאהיה גרון עמוק? איזו רומנטיקה אתה מפתח בראש שלך? מה עולה בדעתך, שלא קראתי את הכתבה? צריך להיות אוויל בקנה מידה אדיר לצלצל למקור שלך אחרי פרסום הכתבה. מה עולה בדעתך, מה הוא חשב שאגיד לו, 'ברוכ'קה, אדיר! קיבלת את סקופ חייך, אם אני שוקן אתן לך בונוס'?". בהמשך גידפה גלאט-ברקוביץ' את קרא וטענה כי אינו ראוי לעבוד כעיתונאי. היא נתבקשה להתנצל, אך התנצלה רק על כך שהיא כועסת. גלאט-ברקוביץ' העידה כי גם היא עצמה לקתה באותם ימים בקו מחשבה דומה לזה שבו היא מאשימה כעת את קרא. "הייתי רומנטית במחשבה שלי", אמרה, "הלכתי לעיתון 'הארץ' כי אני קוראת 'הארץ' מגיל עשר והייתי בטוחה שעיתון 'הארץ' לא יפקיר אותי". בתשובה לשאלת השופט אם היא עדיין מנויה על העיתון, אמרה כי ביטלה את המנוי בעקבות התנהלות הארץ בתיק הנידון בבית המשפט. כשנשאלה גלאט-ברקוביץ' איך ייתכן שפרקליטה בכירה כמותה תבצע פעולות שיסייעו להחשידה, אמרה: "לא בכדי אומרים שהסנדלר הולך יחף". בתשובה לשאלה מדוע, עוד לפני שנחקרה כחשודה, העבירה לצוות החקירה אותה טיוטת חיקור הדין שהדליפה לקרא, במקום להשמיד את המסמך שיכול להפלילה, אמרה: "חלפה בי המחשבה שאני אקח את המסמך הזה וארד לקומה שמתחתי ואגרוס אותו, או שאקרע אותו ואוריד אותו בשירותים. לא היה לי מושג שסופי יבוא בגלל החירורים של השדכן, אבל משהו אמר לי שהמסמך הזה יקבור אותי. אחרי אותו חלקיק שנייה, אני אמרתי לעצמי, 'את הדלפת, ולהדליף זו עבירה, אבל את לא תשמידי ראיות ולא תשבשי חקירה, את לא עבריינית ואל תתנהגי כעבריינית. אם תיתפסי, תיתפסי על עבירה שהיא עבירה של מוסר'".

"זה לא משפט רגיל", אמר עו"ד צבי בר-נתן, בא-כוחה של גלאט-ברקוביץ', כבר לאחר השאלה הראשונה של בא-כוח הנתבעים. "זה משפט שמתנהל כאשר יושב פה מר קרא ומנחה את עורכי-דינו לחקור מקור שלו. שיטתנו היא שהופר חוזה והייתה התרשלות, שיטתם היא שהייתה תקלה מצערת בלא אשם. לא ראוי שעיתון 'הארץ' ומר קרא ינחו את עורכי-הדין לנהל את החקירה ברוח שכבר נושבת". "הדרך שחברי מציג את הדברים פופוליסטית", השיב לו עו"ד ליאונד ואמר כי טענות מסוג זה מיועדות לתקשורת ולא לבית המשפט. "היא לא מקור. היא תובעת", הוסיף, "שנוהגת כמו כל תובע, שרוצה לשפר את מצבה". במהלך שבע השעות הראשונות של חקירתה (שתימשך בדיון הבא) נשאלה גלאט-ברקוביץ' עשרות שאלות על התנהלותה בימים שלפני ואחרי פרסום מסמך חיקור הדין של שרון בעיתון הארץ. התובעת טענה כי קרא התרשל בכך שיצר עימה קשר ממכשיר הטלפון הפרטי שלו, כי "בגד" בה כאשר הפר את הבטחתו שלא לפרסם את צילומי המסמכים שהעבירה לו, וכי הוסיף חטא על פשע כשהעביר את הצילומים הללו לכתב חברת-החדשות של ערוץ 2 משה נוסבאום, בניגוד להסכם ביניהם. הנתבעים מכחישים שכך סוכם בין המקור לעיתונאי וטוענים כי התובעת בודה סיפורים מלבה. חלק ניכר מהחקירה עסק בנוסח הגרסה שסיפרה גלאט-ברקוביץ' לחוקרי המשטרה ובפרטי הודאה שמסרה להם. ביחס לכך טענה גלאט-ברקוביץ' ש"על ההודאה הזו אני צריכה לתת נאום הסבר", והסבירה כי באותה עת הייתה שרויה במצב נפשי קשה, שגרם לה להגיד שטויות רבות שאין בינן לבין האמת דבר וחצי דבר. "הייתי אאוט לחלוטין", אמרה. גלאט-ברקוביץ' אמרה כי היא מכנה את ההודאה שמסרה לחוקרים "התנ"ך", שכן "אפשר למצוא בה הכל. בחקירה שלי יש באותו משפט גם שחור וגם לבן. כל אחד יכול למצוא שם מה שהוא רוצה. [...] אמרתי את כל השטויות האפשריות במצב בלתי קוהרנטי לחלוטין". בהמשך הוסיפה כי "באיזשהו שלב, כשצו המעצר נמצא לידי, אני נשברת. אני לא יכולה להרשות לעצמי להישבר כמו חוה יערי שנשברת, בוכה ומתחבאת מתחת לשולחן. אני צריכה לשמור איזשהו פאסון מטומטם, אבל בלב אני משתגעת. אני לא יודעת איך אני אחזור הביתה [...] כשישבתי בחקירה הזו לא הייתי פרקליטה בכירה, הייתי אפר ועפר". "אני לא מאחלת לאף אדם בעולם להיות בחקירה משטרתית", אמרה בשלב אחר של עדותה. "אין לכם מושג מה זה להיות בחקירה משטרתית, בפרט כשמציגים לי צו מעצר ואני יודעת שאם אני לא מודה הולכים לעצור אותי, ושלמחרת בבוקר מביאים אותי ככה [מחווה בידיה לסימן אזיקים] לבית המשפט, ותבוא איזה עיתונאית מטומטמת ותגיד: 'ליאורה! ליאורה! יש לך מה להגיד? למה עשית את זה?', ואני יודעת שיש לי בן בצבא, ושיש לי הורים שלא יעמדו בזה". גלאט-ברקוביץ' ציינה כי במהלך חקירתה אף עברה במוחה המחשבה כי אין ברשותה חגורה שבאמצעותה תוכל לשלוח יד בנפשה בתא המעצר, כדי שלא תיאלץ להיות מובלת למחרת כעצירה בבית המשפט. "זה הדבר שעיניין אותי", אמרה, "איך אני מצליחה להתאבד באותו לילה". בתשובה לטענת עו"ד ליאונד כי גם ברוך קרא היה נתון לחקירה תחת אזהרה ובכל זאת עמד בה ולא הסגיר את מקורותיו, אמרה גלאט-ברקוביץ': "אני מורידה את הכובע בפני מר קרא שהיה אמיץ. הוא שקרן הרבה יותר טוב ממני".

חלק אחר מהחקירה הנגדית עסק בטענת גלאט-ברקוביץ' כי קרא הבטיח לה שפעולותיו ייעשו תחת פיקוח העורך הישיר שלו, שמואל רוזנר, ותחת פיקוחו של מו"ל הארץ עמוס שוקן. "מנין העזת לכתוב בתצהיר ש[קרא] אמר לך שהכל ייעשה בפיקוחו של מר שוקן?", שאל אותה עו"ד ליאונד. "כך הוא אמר לי", השיבה התובעת, והסבירה שחשבה ששוקן מכהן כעורך-העל של העיתון, ולא כמו"ל, ועל כן טבעי שיהיה מעורב בפרסום רגיש שכזה. כששאל עו"ד ליאונד על טענת גלאט-ברקוביץ' כי קרא הבטיח לה שתצלומי המסמכים שהעבירה לו יושמדו או יינעלו בכספת של שוקן, עמדה התובעת על גרסתה. הנתבעים, נזכיר, הכחישו בתצהיריהם כי כספת כזו קיימת. "כשאמרתי לו שאני מבקשת שהמסמכים שאני נותנת לו לבקשתו יושמדו או יוכנסו לכספת של מר שוקן", אמרה גלאט-ברקוביץ', "הוא לא אמר לי, 'אין לי מושג מה זה הכספת של מר שוקן', הוא אמר לי 'בסדר'. מזה הבנתי שהוא כעיתונאי שעובד ב'הארץ' יודע מה זה המושג 'הכספת של מר שוקן', כמו שאני ידעתי באותה עת מה זה 'הכספת של מר שוקן'". גלאט-ברקוביץ' הסבירה כי למיטב ידיעתה, קיימת, או לפחות הייתה קיימת, כספת של ממש המכונה כך, שנמצאת בחדר מזכירתו של מו"ל הארץ. לדבריה, למדה על קיומה של הכספת מעבודתה בפרקליטות, עת טיפלה בתיק של העיתונאי איתן רבין, ששימש כתב בעיתון. "הביטוי 'הכספת של שוקן' לא היה רק של איתן רבין", הדגישה, "גם כל הנחקרים האחרים בסיפור דיברו על כך. המזכירה דיברה עליו, עיתונאים שדיברו בתיק, כולם דיברו על 'הכספת של שוקן'". כשנשאלה מדוע לא דאגה להגיש עדות תומכת מאף עיתונאי הארץ לקיומה של הכספת, אמרה כי הרעיון לא עלה בדעתה והוסיפה: "אני לא מאמינה ששוקן יעמוד וישקר". במשך שעות ארוכות חזר והפך עו"ד ליאונד בתצהיר התובעת, עד שבשלב מסוים פנה אליו השופט, אבי זמיר, ואמר לו: "אדוני לא משאיר אבן על אבן. אני לא אומר לא לחקור, אבל אולי אפשר טיפה להקל עליכם ולקצר". לדברי השופט זמיר, ניתן היה לקצר בחקירה הנגדית שכן בכל מקרה יגיע הדיון לסוגיית "המבחן האובייקטיבי של הסבירות" ולשאלה "האם הגורם המקצועי נקט בפעולות הסבירות המתבקשות בסיטואציה כזו". עו"ד ליאונד השיב לשופט כי בחקירתו כלל לא נגע במרבית תצהירה של התובעת.

במהלך העדות הקרין עו"ד ליאונד בפני בית המשפט כמה קטעי וידיאו מחקירתה של גלאט-ברקוביץ' במשטרה. באחד מהם נראים החוקרים שואלים אותה אם תרצה להתעמת עם קרא, שנחקר באותה עת בחדר סמוך, והיא מסרבת בטענה שהוא לא עשה לה שום דבר רע. "זה אחד הקטעים ההזויים בחקירה שלי", הודתה גלאט-ברקוביץ' והסבירה כי "בזמן החקירה לא העליתי בדעתי שברוך קרא בגד בי. [...] אני אומרת לחוקרים שזה לא יכול להיות שהמסמך של נוסבאום זה המסמך שלי. אם הייתי קולטת בזמן החקירה שברוך קרא בגד בי הייתי נכנסת לחדר ועושה את מה שלא עשיתי מאז שהייתי בת שלוש – הייתי יורקת לו בפנים". לדבריה, רק כשקראה בעיתון הארץ את הידיעה מאת צבי הראל על כך שאיש תקשורת המכונה "נשר" הוא שמסר לחוקרים את המסמך, הבינה את השתלשלות האירועים. בתשובה לשאלה מדוע היא בטוחה כי נוסבאום הוא אכן איש התקשורת המכונה "נשר" שמסר את המסמך לחוקרי המשטרה, סיפרה גלאט-ברקוביץ' כי הבינה זאת מהחוקר שחקר אותה, שלומי איילון. לפי גרסתה, לאחר שהסתיימה הודאתה במשטרה, ניגש אליה החוקר איילון, "עם קול סדוק ועיניים לחות", כלשונה, ואמר לה, "ליאורה, תגידי לי, מה יש לנוסבאום נגדך? למה הוא עשה לך את זה?". יתר על כן, גלאט-ברקוביץ' טענה מיד בהמשך כך: "יש לי סיפור נוסף, יש לי ראיה נוספת. יש לי הודאה ממר נוסבאום שהוא 'נשר'". "הו!", הגיב עו"ד ליאונד. "הודאה של מר נוסבאום?". "הסכת ושמע", אמרה לו גלאט-ברקוביץ', וסיפרה כי ב-4 בינואר 2006, ביום שבו קרס ראש הממשלה אריאל שרון, שוחחה עם נוסבאום והוא הודה בפניה כי הוא אכן אותו "נשר" (בתגובה לפניית "העין השביעית" מסר משה נוסבאום: "לא היה ולא נברא").