רבים מעמיתיו וידידיו של "אופי" ראו בו באותם ימים קורבן של ציד המכשפות המקארתיסטי. אחד העמיתים היה מדען הטילים הגרמני הנודע וורנר פון בראון, שבאותם ימים כבר הוביל בארה"ב את משימת פיתוח הטילים האסטרטגיים. הוא סיכם את כל הפרשה במשפט הבא: "אילו כל מה שקרה כאן היה מתרחש באנגליה, היה אופנהיימר זוכה לקבל תואר אבירות".
עשור לאחר שנשלל ממנו הסיווג הביטחוני זכה אופנהיימר ל"טיהור" כאשר הנשיא קנדי העניק לו את העיטור היוקרתי על-שם הפיסיקאי הנודע אנריקו פרמי.
2
אף כי מקומו של אופנהיימר בהיסטוריה נקבע כ"אבי פצצת האטום" נראה היה כי בנשמתו סערה דילמה עקרונית: אם בכלל היה זה נכון להשתמש בנשק גרעיני נגד יפן ואם טוב עשה כאשר המליץ על השימוש בנשק הגרעיני. עם הדילמה הבלתי פתורה הזו, שבאה לידי ביטוי במאמרים רבים שפירסם ובראיונות שהעניק לתקשורת, נאבק "אופי" עד סוף ימיו, אך היא הטרידה אותו מיד אחרי הפצצת הירושימה ונגסאקי. בראיון לתקשורת לאחר כניעת יפן, אמר "אופי" כי ארה"ב הייתה חייבת להציג בפני יפן את עוצמתה של הפצצה באורח מתון וחלש יותר ורק אחר-כך, אם זה לא היה מביא לסיום המלחמה, אפשר היה להטיל את הפצצה על עיר מאוכלסת. "האמת היא", הסביר "אופי", "כי כאשר הוטלה הפצצה על הירושימה, יפן למעשה הובסה והשימוש בפצצה היה מעשה של אגרסיביות, של הפתעה ושל טרור". וכאן הוסיף "אופי" אמירה שרדפה אותו שנים רבות: ייצור הפצצה היה "מעשה של השטן".
"אופי" הפך למוביל המאבק הציבורי נגד השימוש בנשק אטומי. "הפצצה הזו", חזר והדגיש כמעט מעל כל במה שניתנה לו, "מסמלת את חוסר האנושיות של המלחמה המודרנית". חלק ניכר מן המאבק הקדיש למלחמה נגד פיתוח פצצת המימן בטענה כי "בפצצת המימן טמונות סכנות לחיסול הציוויליזציה האנושית". וכדי שלא יהיה ספק לגבי חלקו הוא במעשה ה"נורא" של השימוש בנשק הגרעיני בהירושימה ונגאסקי, נהג להוסיף: "אני מרגיש שיש לי דם על הידיים".
"המהפך בעמדתו של אופנהיימר היה כל-כך גדול", סיפר לימים אחד מעמיתיו המדענים, "עד שלא יכולנו להבין כיצד אנו שומעים את כל הדברים הנוראים האלה מפיו של האדם שתמך בהטלת פצצת האטום שלו על אזרחים בהירושימה".
הדילמה שהסעירה את אופנהיימר הייתה מוזרה מעוד טעם. למרות כל טיעוני הנגד שלו חזר "אופי" וטען עד סוף ימיו, כי מה שעשה היה "המעשה הנכון". "מילאתי את התפקיד שקיבלתי על עצמי למלא", נהג להסביר. "אני לא קבעתי את המדיניות בלוס אלאמוס. עשיתי את מה שביקשו ממני לעשות. כולל ייצור הפצצה".
מומחים לאמונה ההינדית מסבירים את דבריו אלה של אופנהיימר כך: "לכל כת, לכל אדם, יש תפקיד שעליו למלא ביקום. חובה שעליו למלא. לכל אדם החבר בכת כלשהי יש חובה למלא לא רק את התפקיד האישי שיועד לו אלא גם את המחויבות של הכת שלה הוא משתייך".
באחד הראיונות שהעניק ניסה אופנהיימר להסביר לעיתונאי אגרסיבי-משהו את הסתירה-לכאורה בהתנהגותו. העיתונאי התרעם על התנהגותו הבוטה של "אופי" כלפיו ואמר: "אתה מצייר אותי כמין חיית טרף שייצאה לציד ומנסה להשיג את טרפה בכל מחיר". אופנהיימר השיב: "זו חובתך. כמו שזו חובתו של צייד מרגלים לחפש ולמצוא מרגלים, כמו שזו חובתו של המדען הרוסי לעשות ככל יכולתו כדי למלא את חובתו למולדתו".
בהרבה מקרים נהג אופנהיימר להביא דוגמאות הסבר מתורת ההינדו כשהוא מצטט את המשל הבא: "אופה מכין עוגה כהלכה לא כיוון שהוא רוצה לקבל פרס אלא מכיוון שעוגה טובה היא מה שאופה, כאופה, אמור לעשות; אם אדם ממלא תפקיד של לוחם-מקצוען הוא לא עושה את מה שהוא עושה כדי לזכות בעיטורי תהילה. הוא פשוט רוצה למלא את ייעודו, את שליחותו הארצית, על הצד הטוב ביותר".
למרות כל הסתירות בין המעשים לבין הדיבורים על אודות המעשים האלה, חזר תמיד "אופי" על עמדתו הבסיסית: "כל אחד מאיתנו עושה את מה שמוטל עליו לעשות. גם אני עשיתי את מה שהכתיב לי ייעודי. מעולם לא הצטערתי על מה שעשיתי. לא כאשר מילאתי את תפקידי במשימה שהוטלה עלי ב'פרויקט מנהטן' ולא היום".