אבל גולת הכותרת בפסיקתו של
אמנון כהן הייתה ככל הנראה במשפטם של האחים חלמיש בחורף תשס"ד (2004), אחרי הרצח של יאיר הר סיני ושל יהושפט תור הי"ד על-ידי רועים ערבים. המתח הביטחוני גרם לברוך פלדבאום, הרבש"ץ של שדה בר ומעלה רחבעם, להקפיץ את דן ואיציק חלמיש מכיתת הכוננות, לאחר שזיהה תנועות חשודות של רועים ליד שדה בר. הערבים החלו להיאסף ולהשתולל, לנופף במקלות, ליידות אבנים ולהקיף את האחים חלמיש שהחלו לחשוש לחייהם. במהלך ההתפרעות נאלץ איציק לירות כדור או שניים מאקדחו לצורך הרתעה. לטענת הערבים כדור אחד פגע ברצפה ונתזים ממנו שרטו אחד מהם. דן חלמיש טען שהוא עצמו כלל לא ירה ומסר את אקדחו לבדיקה. השוטר לקח את האקדח וירה בו במטווח "לבדוק שהוא תקין", וכך הכשיל יכולת לבדוק את הטענה שלא נעשה קודם לכן שימוש באקדח.
אמנון כהן, אז נשיא בית משפט השלום בירושלים, עשה לכאורה הכל כדי לצייר את האחים כאנשי מדון וכפורעים. הוא קיבל את טענת התביעה שהם הלכו לעורר פרובוקציות במקום המצוי במרחק של שלושה קילומטרים מהיישוב נוקדים וכשני קילומטרים מהיישוב מעלה רחבעם. אך נראה שהוא התעלם מהעובדה שהמקום נמצא סמוך מאוד לגדרות של היישוב שדה בר שממנו הם יצאו. בגזר הדין חזר כהן שוב על טענת המרחק מהיישוב, וזאת ככל הנראה מבלי שטרח לצאת לשטח ולראות את המקום, או לפחות לבקש מפה טופוגרפית כדי לבחון את הדברים בצורה אובייקטיבית.
בהכרעת הדין הגיע כהן למסקנה שלחברי כיתת הכוננות אסור בכלל לחצות את גדר היישוב. הוא הסתמך על פליטת פה של אחד הרבש"צים שאמר "בראש ובראשונה סמכויות הרבש"ץ הן בתוך היישוב", ונראה כי הוא התעלם מעדותה של עוזרת קצין אג"מ שטענה כי אירועים המתרחשים בסמיכות ליישוב הם בסמכותו של הרבש"ץ כאשר הסיור הצבאי אינו זמין.
כדאי להוסיף משהו על האווירה בבית המשפט. כל השוטרים ללא יוצא מן הכלל העידו במשפט לטובת הערבים ונגד הנאשמים, מה שמעלה חשש שהשוטרים הבינו מהר מאוד לטובת מי עליהם להעיד. הרב יעקב מדן, ראש ישיבת הר עציון, ערך תחקיר מעמיק ובדק את פסק הדין לפרטיו. בדוח מפורט ודקדקני הצביע הרב מדן על שורה ארוכה של עיגולי פינות, של התעלמות מפרטים חשובים, של מניפולציות ושל הטיות דין מקוממות שנעשו על-ידי אמנון כהן במשפט האמור (הדוח המלא שמור במערכת).
יש הטוענים שמשפטם של האחים חלמיש היה מבחינת הפרקליטות משפט ראווה סביב סוגיה שהעסיקה לא מעט את הצוות של שי ניצן - ההתערבות של הרבש"צים וצוותי הכוננות באירועים ביטחוניים מחוץ לגדרות היישובים. לטענתם, זו הסיבה להשקעת מאמץ כה רב בתיק הזה, ולנחישות להכניס את האחים לכלא.