מפכ"ל נוסף שמצא עצמו מתעמת עם השר הממונה עליו היה
אסף חפץ (1997-1994). השר לביטחון הפנים היה תת-אלוף (במיל.)
אביגדור קהלני. היחסים בין שני האישים היו מורכבים ולא פעם הגיעו לעימות. כך למשל היה כאשר אסף חפץ רצה למנות את ניצב
סנדו מזור לראש אגף החקירות וקהלני התנגד, עד שהתרצה, בגלל עמדתו התקיפה והבלתי מתפשרת של חפץ.
נקודת שבר נוספת ביחסים ביניהם נוצרה ככל הנראה בעטייה של החקירה בפרשת מינויו של
רוני בר-און ליועץ המשפטי ל
ממשלה. בפרשה זו נחקרו כחשודים מספר אישים רמי-מעלה וביניהם
אריה דרעי (שר לשעבר),
אביגדור ליברמן (מנכ"ל משרד ראש הממשלה),
צחי הנגבי (שר המשפטים) ו
בנימין נתניהו (ראש הממשלה). הנחרצות שגילתה המשטרה בחקירה זו הייתה כנראה לצנינים בעיני רבים. בתוך כך פנה השר קהלני לאנשי משטרה, ביניהם החוקרים בפרשת בר-און, ואמר להם כהאי לישנא: "האמת חשובה. אם אין כלום, אל תמציאו. אם יש - תחשפו".
ראוי להבהיר, השר לביטחון הפנים מצא לנכון להזכיר לחוקרים, שעמדו לקראת סיום החקירה בתיק שעסק בחשדות לשחיתות ציבורית חסרת-תקדים, כי האמת חשובה וכי אל להם להמציא אותה, היינו לבדות ראיות או לזייף מסמכים! במילים אחרות, מבחינת השר קהלני היתכנות כי צוות חקירה, הכפוף ישירות לראש אגף החקירות, יעשה מלאכתו פלסתר היא אפשרית בהחלט. לא זו אף זו, השר קהלני מצא לנכון להעביר את המסר הנואל הזה לא בפורומים פנימיים סגורים, אלא דווקא בכינוס אליו הוזמנו גם עיתונאים רבים. נראה כי חשוב היה לו כי מאזיניו יהיו גם כאלו שאינם משרתים במשטרה, אלא במקומות אחרים.
בהמשך יטען השר קהלני כי שמע על המלצות המשטרה בסיום חקירה זו אך מהתקשורת, והאשים את המפכ"ל בדיווח לא תקין אליו.
אסף חפץ, שקיווה כי כהונתו כמפכ"ל תוארך במספר חודשים, עד אחרי יום העצמאות ה-50, בדומה להארכה שזכה מקבילו בצה"ל, הרמטכ"ל רב-אלוף
אמנון ליפקין-שחק, אולץ לסיים כהונתו בסוף שנת 1997, מבלי שזכה להארכה של מספר חודשים שציפה לקבל.