בעקבות הגשת העתירה הוציא בג"ץ צו ביניים המורה על הפסקת מתן הסמכות בהליך המקוצר, ובו נאמר: "לא יעניקו המשיבים פטור מעמידה בבחינות לצורך כהונה ברבנות בכלל, וברבנות עיר בפרט, עד להכרעה בעתירה גופא". עוד קבע בג"ץ כי "המשיבים מתבקשים לעדכן את בית משפט זה ואת העותרים עם פרסומו של הנוהל החדש למתן תעודות כושר לרבנות".
עו"ד ירון קטן, היועץ המשפטי לרבנות הראשית ובעל תעודת 'יורה יורה', אשר עמד בשש הבחינות בעצמו, הנחה את הרבנות לגבש נוהל חדש למתן תעודות כושר. מצו הביניים עולה כי הנחיה זו ניתנה בתיאום עם הפרקליטות, והנוהל החדש יובא לאישור הרבנות הראשית ולאחר מכן יוצג בפני בג"ץ והעותרים.
"יצאה הנחיה בעניין מתן תעודות כושר בהתאם להחלטת בג"ץ, שלפיה ניתן לתת תעודות כושר רק למי שעבר את מלוא המבחנים בהתאם לרמת הכושר הנדרש - כלומר, רב עיר יידרש ל-12 בחינות, רב אזורי לתשע בחינות ורב מושב או רב שכונה לשש בחינות", אומר עו"ד קטן. "תקנות אלה אינן מבטלות את מסלול הפטור, שעדיין מופיע בתקנות ואשר מושעה כעת באופן זמני בלבד. במקביל נעשית עבודה בשיתוף עם משרד המשפטים, שמטרתה לגבש אמות מידה מסודרות להענקת פטור מבחינות. לאחר שיגובשו הנהלים וייכנסו לתוקף, תיפתח שוב אפשרות זו לתלמידי חכמים בעלי שיעור קומה, שיוכלו לקבל כושר לרבנות מבלי לגשת לבחינות". נכון להיום, ארבעה חודשים לאחר מתן צו הביניים, עדיין אין נוהל כזה.
עו"ד קטן מתאר את הרקע להיווצרות ה"מסלול העוקף": "במסורת היהודית תלמיד מוסמך מפי רבו, ובמשך אלפי שנים לא היה מוסד מסודר של בחינות הסמכה לרבנות. מי שרשאי להסמיך היום היא מועצת הרבנות הראשית, והבחינות משמשות ככלי עזר לרבני המועצה לקבוע מי ראוי לסמיכה. אם יש תלמיד חכם גדול שהמועצה מכירה בו כראוי לסמיכה, ניתן לסמוך אותו גם ללא בחינות.
"אגב, תקנות הסמיכה עברו שינויים והתאמות לאורך השנים. כך לדוגמה, עד לשנת 2007 לא הייתה דרישה שהבחינות יהיו בכתב, ורק בשנת 2007 נוספה דרישה זו. כפי שנמסר לי, בשנים האחרונות ממעטים אנשים לפנות אל המועצה בבקשה לפטור מבחינות, והמועצה ממעטת לתת פטורים אלו".
גם זיו מאור, דובר הרבנות הראשית, מאשר כי "הרבנים הראשיים הנוכחיים השתמשו במשורה ובזהירות בסמכותם לאשר רבני שכונות. בסמכות המועצה להסמיך את המינויים האחרים ללא בחינות, אבל אישורים כאלה ניתנו מפעם לפעם. מאז כניסתו של צו הביניים לתוקף אין דבר כזה בכלל".
ובכל זאת, יש כאלה שלא קונים את ההסברים של הרבנות. "השקיפות היא עיקרון חשוב בכל מערכת, קל וחומר כאשר מדובר ברב, שצריך לזכות לאמון הציבור", אומר ד"ר
אביעד הכהן. "בנוסף, ראוי שחברי הגוף שבוחר את רבני הערים ידעו מי מבין המועמדים זכה בכשירות לכהן כרב עיר בדין, לאחר שעמד בהצלחה במערכת הבחינות הקשה, ומי זכה בכושר רק בזכות קשריו או בשל עמידתו במבחן על פה".