עמידרור גם היה הרוח החיה מאחורי המדיניות המאופקת של ישראל במהלך "הצונאמי המדיני" של ספטמבר 2011. הוא אומנם הכין לנתניהו סל תגובות למהלך החד-צדדי של אבו-מאזן, אבל המליץ לעשות בו שימוש מינימלי, אם בכלל. ב-2011 זה עבד טוב. ב-2012, אולי בגלל הבחירות, החלו החריקות.
הפלשתינים העבירו בעצרת האו"ם החלטה הצהרתית על הקמת מדינה פלשתינית. עמידרור התנגד להודעה של נתניהו על בנייה ב-E1 ובהתנחלויות נוספות. הוא אומנם הגן על ההחלטה בפני השגרירים הישראלים, אבל בינו לבינו חשב שההכרזות הללו שגויות.
בהמשך הופיעו בעיתונות הדלפות נוספות בהן התבטא עמידרור נגד הבנייה ביו"ש. מאז סומן בסביבת נתניהו כ"שמאלן", ואף היה מי שהאשים אותו בפשע חמור עוד יותר של הדלפה לתקשורת. לאחרונה גם הואשם כמי שלא ביצע כראוי את תפקידו בנוגע להצהרת ראש הממשלה בפולין וכמי שאחראי לה.
במקרה זה ידוע כי פקיד במל"ל (המועצה לביטחון לאומי) הוא שאישר, בתיאום עם הפולנים, הצהרה שאינה משקפת את מדיניות הממשלה. "קיים צורך דחוף בהתקדמות לקראת פתרון של שתי מדינות לסכסוך הישראלי-פלשתיני, שתי הממשלות מסכימות על הצורך הדחוף בהתקדמות לקראת פתרון של שתי מדינות לסכסוך הישראלי-פלשתיני באמצעות משא-ומתן ישיר בין הצדדים, ללא תנאים מוקדמים", נאמר בהצהרה שראש הממשלה הגדיר כטעות והתנער ממנה. האחריות על התקלה הוטלה, כאמור, על עמידרור, ראש המל"ל.
נכון או לא נכון, זה כבר לא חשוב. אצל נתניהו, מרגע שדבק בך הכתם, כבר לא תוכל להסיר אותו. ככה זה עובד אצלו. הוא מביא יועץ חדש, מתלהב ממנו, מקשיב לו ומעמיס עליו שפע מטלות ותחומי אחריות. בחלוף הזמן, הקשר מחמיץ. על אחת כמה וכמה אם מתרחשת תקלה. הוא אומנם לא יפטר את היועץ, ואולי לא יאמר מילה רעה, אבל ייבש אותו, לא יזמן אותו לדיון, לא ישעה להמלצותיו, וודאי לא יטפח אותו כפי שעשה בתחילת הדרך.
ועם זאת, הפיחות במעמד לא חייב להוביל לעזיבה. מי שמספיק רוצה ומכיר את נפש הבוס, יודע שאפשר להישאר בתפקיד כל עוד העבודה מתנהלת כסדרה. ההמחשה הטובה ביותר לכך הייתה אחרי פרשת ר' ונתן אשל. נתניהו נזף בשלושת יועציו הבכירים, יוחנן לוקר, צביקה האוזר ויועז הנדל, שהתלוננו מאחורי גבו אצל היועץ המשפטי לממשלה.
בהדלפה מתוזמנת היטב, "אמר להם שאיבד את האמון בהם". הנדל התייחס לדברים כמו שהם, והתפטר. המזכיר הצבאי, יוחנן לוקר, ומזכיר הממשלה, צבי האוזר, שמעו ולא התרשמו. הם המשיכו בתפקידם עד סוף הקדנציה. נתניהו המשיך לקבל מהם שירות צמוד בלי להניד עפעף.
זה המצב גם עם עמידרור, והוא יכול להישאר עוד חודשים רבים. נתניהו מתקשה מאוד באיוש תפקידים. בגלל הקושי הזה, במקרים רבים הוא מבקש מהבכירים סביבו להמשיך עוד ועוד, אפילו, כמו במקרה דגן ודיסקין, אם הם עוינים אותו אישית.
נדרשה לו בכל פעם מחדש חצי שנה כדי לאתר מנכ"ל למשרדו, למצוא מזכיר ממשלה חדש או להחליף את נגיד בנק ישראל. כזכור, גם משרת היועץ המדיני פנויה מזה שלושה חודשים, ואין מחליף.