אחרי קרב יֶנה (1806) גברה איבת הקצינים השמרנים כלפי האיש שחזה את האסון מראש. הם לא היו מסוגלים להסכים ש"פרופסורים" ישלטו בצבא. ראש הוועדה שטיין נטה לקבל את הצעותיו של שרנהורסט אבל חברי הוועדה השמרנים דחו אותן וטענו שהשיטות הישנות של פרידריך הגדול – משמעת ברזל ולחימה לפי תרגולות-קרב קבועות – "הוכיחו את עצמן". נפוליאון, לעומת זאת, הבין את הסכנה. מרגלים ומלשינים דיווחו לו על הרעיונות של שרנהורסט, הוא כפה על מלך פרוסיה לפטר את שטיין מתפקיד ראש הממשלה ואת שרנהורסט מתפקיד שר המלחמה ולא ליישם את הצעות הרפורמה. אבל עבודת הוועדה לא הייתה לשווא. הרעיון חִלחל לתוך הצבא הפרוסי וגם יושׂם במלואו אחרי שנים אחדות; שרנהורסט הקים צבא גדול של אנשי מילואים, ואילו שֵרוּת החובה היה קצר. כל צעירי פרוסיה גויסו ואומנו בסתר כדי לא לעורר את רוגזו של נפוליאון. החוקים הצבאיים שונו ועונשי המלקות בוטלו. המלך פרידריך וילהלם השלישי תמך בשרנהורסט בגלוי וזאת כלשעצמה הייתה תופעה נדירה כי ראשי מדינות נוטים בדרך כלל לשמרנות.
בפקודת היום של המלך מ-6 באוגוסט 1808, כתוב שמקצין טוב נדרשים השכלה כללית, ידיעת תולדות המלחמות, כישרון טכני, כושר חשיבה תיאורטי, מהירות תפיסה, דייקנות, שחרור מוסכמות ופתיחות לרעיונות חדשים. הייתה זאת הצהרת-כוונות בלבד, אבל להצהרת-כוונות של המלך היה ערך רב בפרוסיה. ההיסטוריון הצבאי קרל דמטר כתב, שמסמך זה קבע את האופי של הצבא הגרמני למאה שנים. חמשת הרפורמיסטים, תלמידיהם (הֶלמוּט פון מוֹלטקֶה הזקן
1) ותלמידי תלמידיהם (הֵיינץ גוּדֶרִיאַן)
2 היו מפקדי הצבא הפרוסי והגרמני עד סוף מלחמת העולם השנייה והשפיעו אחר-כך על תורת המלחמה של ברית נאט"ו. הגנרל האמריקני נורמן שוורצקופף שפיקד על גייסות הקואליציה במלחמת המפרץ הראשונה הוא אחד מצאצאיהם.
אחרי תבוסת נפוליאון ברוסיה התכוננו פרוסיה ובעלות בריתה להבסתו הסופית. ב-1813 מינה המלך את שרנהורסט לשר המלחמה והסמיך אותו לבצע את הרפורמה: הוא הקים מטה כללי מקצועי ואקדמיה צבאית שהכשירה מפקדים בעלי חשיבה אינטלקטואלית, ארגן את הצבא בדיביזיות עצמאיות וצירף למפקדי השדה הבכירים ראשי מטות מאנשי המטה הכללי. ברוב הצבאות עד היום ראשי המטות מצייתים למפקדי השדה הבכירים. בצבא הפרוסי של שרנהורסט הם היו עצמאיים וסייעו למפקדים. הוא הפיק בכך לקחים משגיאתו הפטאלית של נפוליאון שאצלו אנשי המטה היו עושי-דברו וראש המטה הצרפתי הגנרל לואי אלכסנדר בֶּרטִייֵה לא היה מסוגל להפעיל את יחידות הצבא שעליהן פיקד בצפון גרמניה כששהה נפוליאון בספרד ודיכא שם את המרד. ברוסיה לא הצליח נפוליאון להפעיל את צבאו הגדול והֶעדר מטה כללי מקצועי היה מִסּיבות הכישלון.