ב-2013 כאשר ערך עבד אל-פתאח א-סיסי הפיכה נגד משטרו של מורסי איש האחים המוסלמים, החלה רדיפה שיטתית של פעילי התנועה במצרים ובסיני. במסגרת הלחימה באחים המוסלמים, הכריז א-סיסי גם על חמאס כארגון טרור והאשים את הארגון בהברחת נשק ובסיוע לדאעש סיני. הצבא המצרי הציף את מנהרות חמאס המובילות לסיני ב-2015 ומאוחר יותר אף האשימו גורמים בחמאס כי מצרים החדירה גזים רעילים למנהרות.
ב-2017 פורסמו ידיעות בתקשורת הערבית על סיוע של דאעש בהעברת חלקי טילים ונשק מאירן לרצועה, בתמורה לקבלת חלק מהנשק המוברח. בין השמות של האחראים בחמאס לשת"פ בין ארגוני הטרור עלה שמו של איימן נופל מבכירי גדודי עז א-דין אל-קסאם, שנעצר בעברו במצרים. לא פעם פרסמו בכעס עיתוני מצרים כי פצועים של דאעש-סיני מטופלים בבתי החולים של עזה.
אולם המשטר המצרי מיתן בהדרגה את יחסו לחמאס, על-מנת להישאר מתווך משפיע בינו ובין ישראל וכדי להגיע עם שליטי עזה להסכמות שיבטיחו מידה של יציבות בגבול. כתבי אל-ג'זירה שסיירו בגבול בין עזה לסיני טענו בזמנו כי אין שום סיכוי כביכול לחדירה מגבול זה שאורכו רק 12 ק"מ ופרוס על שני צדיו באנשי ביטחון של חמאס ושל צבא מצרים. משלחות של חמאס שהגיעו לקהיר מאז 2017 הבטיחו כי ידאגו לאבטח את הגבול לשמירת ביטחונה של מצרים בסיני. אלא שבשטח גבר זעמם של הפלגים הפלשתינים ברצועה על החנק הכלכלי המתגבר, בעקבות חסימת המנהרות על-ידי הצבא המצרי וגם על שיתוף הפעולה הביטחוני המתמיד בין צה"ל וצבא מצרים.
ישראל התאמצה להוכיח למצרים כי טענת בכירים בצבא המצרי נכונה, ואכן קיים שיתוף פעולה בין חמאס לדאעש, למרות הכחשות הנהגת חמאס. לטענת חמאס, דאעש הינו אויב אידיאולוגי מסוכן המנסה לחדור לעזה במטרה להשתלט על הרצועה. בעבר אכן חיסל חמאס התארגנויות סלפיות שקדמו להופעתו של דאעש, בעיקר באזור רפיח. אלא שהחשיפה האחרונה מוכיחה כי המעבר מחמאס לדאעש אכן קיים, ואף בלב ליבו של חמאס - בקרב משפחתו של המנהיג יחיא סינואר.
כעת החשש בחמאס כפול. מצד אחד, קיים פחד שחמאס ימצא את עצמו מאוים בשתי חזיתות, ישראלית ומצרית. מצד שני, קיים גם איום פנימי - חשש כי ארגונים סלפים המשתייכים לדאעש יירו מתוך הרצועה ללא תיאום עם חמאס ויגררו את הארגון למלחמה כאשר הוא לא מוכן אליה.