הקריטריון לקיומו של המשטר הנדון, עומד על משמעות המילה המתארת אותו בשפת האפריקאנס - 'הפרדה'. משטר האפרטהייד מפריד בין שתי קבוצות אתניות שונות (או יותר) על בסיס מוצאן האתני או הגזעי. הקבוצה האתנית של הריבון מקבלת אזרחות מלאה, זכויות פוליטיות מלאות וחופש תנועה, בעוד שכל הדברים הללו נמנעים מהקבוצה האתנית השנייה. במקרה של דרום אפריקה, המצב היה מעט מורכב יותר. חוק רישום האוכלוסין משנת 1950 חילק את התושבים ל-4 קבוצות: הלבנים היו הקבוצה העליונה; תחתיהם היו 3 מעמדות נחותים בהשוואה ללבנים, אך אינם שווים בינם לבין עצמם: שחורים, הודים ו'צבעוניים' (מעורבים). לכל אחת מארבעת הקבוצות, למשל, הוקמה אוניברסיטה משלה. הדבר נועד בין היתר לקבוע את מעמד השחורים כמעמד פועלים, בעוד שנאסר עליהם ללמוד בכל אוניברסיטה שאינה מיועדת להם. המשטר הפריד בין התושבים בכל תחום בחיים שניתן להעלות על הדעת, במיוחד בין לבנים ושחורים. בשנת 1949 חוקק למשל החוק בדבר איסור נישואי תערובת בין ארבעת הגזעים. חוק שמירת השירותים האזרחיים הנפרדים חוקק בשנת 1953, והוא ביסס את מה שידוע כיום כ'סגרגציה'. לכל גזע יועדו לא רק אוניברסיטאות שונות, אלא גם אוטובוסים, בתי ספר, בתי חולים, חופים, שירותים ומסעדות, ולא פחות חשוב - אדמות. בזמן שהשחורים חיו סביבם, הלבנים חיו ממש כאילו השחורים לא נמצאים בסביבה. מיותר לציין שרמת השירותים האזרחיים של השחורים לא התקרבה כהוא זה לזו של הלבנים. בנוסף, אי-אפשר לדבר על משטר האפרטהייד בדרום אפריקה בלי לדבר על מערכת המשפט. כל קבוצה אתנית הייתה כפופה למערכת חוקים שונה ולפיכך גם נשפטה באופן לא שווה. שחור ולבן שנשפטו על אותה עברה קיבלו שני עונשים שונים, כל אחד על-פי אמות המידה שנקבעו לגזע שלו. היות שהמדינה גם כך הותירה את השחור בעוני ובסבל, סיכוייו לבצע פשע היו די גבוהים, כך שהמדינה הייתה אחראית גם להידרדרות שלו לפשע וגם לעונש החמור שקיבל ביחס ללבנים.

משטרי הפרדה שכאלה התקיימו לא רק בדרום אפריקה. ברודזיה-זימבבואה למשל התקיים משטר דומה שעבר תהפוכות ושינויים רבים, למרות שהוא היה דכאני פחות בהשוואה למשטר בדרום אפריקה. דוגמה אחרת היא תקופת חוקי ג'ים קרואו בארצות הברית, שבה המשטר האמריקני היה משטר אפרטהייד מובהק. התקופה החלה מסוף מלחמת האזרחים, שנות ה-70 של המאה ה-19, ועד שנות ה-60 של המאה העשרים, כמאה שנים לערך. גם במקרה זה לא הייתה לשחורים גישה לשירותים אזרחיים, כולל תחבורה ציבורית (ע"ע רוזה פארקס). גם בארצות הברית בתקופה זו נערכה הפרדה בבתי הספר, נישואים בין גזעיים היו אסורים, ואף נאסר על שחורים להיכנס למסעדות ולהשתמש בברזיות ציבוריות. דוגמה נוספת ומוכרת יותר בנוף המקומי היא חוקי נירנברג שחוקקו נגד יהודים בגרמניה הנאצית, בספטמבר 1935. על היהודים בגרמניה חלה סגרגציה, הדומה מאוד לזו שחלה על שחורים בדרום אפריקה ובארצות הברית בתקופות האפרטהייד שלהן. היהודים היו כפופים לחוקים שונים מאשר האוכלוסייה הכללית, היו עליהם הגבלות עסקיות ונאסרה בפניהם הכניסה למקומות ציבוריים שיועדו לגזע הארי. מעניין מאוד לציין, שהיהודים שנאבקו בחוקי נירנברג וניסו להילחם על מעמדם בגרמניה היו אלו הלא-ציונים, שראו עצמם בני המולדת הגרמנית. דווקא היהודים הציונים קיבלו עליהם את החוקים בהכנעה, משום שקיבלו את זרותם כעובדה מוגמרת שאי אפשר להילחם נגדה.

אחת הטענות שעולות תכופות בישראל, בעיקר מהצד השמאלי של המפה הפוליטית, היא שרק אם מדינת ישראל תספח את השטחים היא תיהפך למדינת אפרטהייד. ליאור שליין למשל חוזר על הטענה הזאת כל הזמן. אך הטענה הזו מופרכת לגמרי. משטר האפרטהייד בדרום אפריקה הוקם עוד לפני הפלישה הבריטית, על-ידי האפריקנרים (בורים), מתיישבים שהגיעו במקור מהולנד במהלך המאה ה-17. מפלגת השלטון שלהם, 'המפלגה הלאומית', ייסדה את משטר ההפרדה סביב שנות ה-20 של המאה ה-20 באופן לא רשמי, כאשר המשטר כונה 'אפרטהייד' והפך לרשמי החל ב-1948. המדינה 'איחוד דרום אפריקה' בהנהגת המפלגה הוקמה כדומיניון - מדינה בעלת מידה מסוימת של שלטון עצמי, ששייכת לאימפריה הבריטית. מכאן שהאפרטהייד התקיים בשטח שמחד הוא כבוש, מאידך הוא מעין מדינה חצי-עצמאית. לעומת זאת, במקרה של ארצות הברית וגרמניה משטר האפרטהייד התקיים בתוך שטחי המדינה המוכרים בחוק הבינלאומי, ולא בשטח כבוש. כלומר, משטר אפרטהייד מתקיים על גבי שטח מסוים בלי שום קשר לשאלה אם הוא שטח כבוש או חלק ממדינה. לכן כל האזהרות על פיהן ישראל תיהפך למדינת אפרטהייד אם השטחים יסופחו, הן חסרות כל יסוד.

האפרטהייד הישראלי קיים כבר עכשיו, בעיקר בשטחים הכבושים. למתנחלים יש זכויות אזרח מלאות, זכויות פוליטיות וחופש תנועה, בעוד שהפלשתינים הם נתינים ולא אזרחים. אין להם שום זכויות, ובפועל אפילו אין להם זכות להפגין הפגנה בלתי אלימה (ע"ע צו 101). אין להם גם שום חופש תנועה, בגלל משטר ההיתרים והמחסומים, הסיורים העקביים בתוך השכונות, הצ'קפוסטים, נוהל אלמנת קש והמעצרים הליליים. למתנחלים יש מוסדות ושירותים אזרחיים המיועדים אך ורק להם, והשירותים האלה אינם מיועדים לפלטשתינים - תושב פלשתיני רשאי למשל ללכת ללמוד באוניברסיטת ביר-זית שברמאללה, אבל הוא אינו רשאי ללמוד באוניברסיטת אריאל המיועדת רק ליהודים. ממש כפי שלתושב שחור בדרום אפריקה לא הייתה גישה לאוניברסיטה לבנה. בדיוק כמו בדרום אפריקה המתנחלים והפלשתינים כפופים לשתי מערכות חוק שונות. במקרה הישראלי, אלו כפופים לחוק אזרחי ואלו לחוק צבאי. אם מתנחל ופלשתיני יבצעו אותה עברה פלילית, יעמדו לרשותם זכויות משפטיות שונות לגמרי. המתנחל יעמוד בפני שופט אזרחי וייגזר עליו עונש מסוים, בעוד שהפלשתיני יעמוד בפני בית משפט צבאי וייגזר עליו עונש חמור יותר. האפליה העיקרית במקרה הישראלי היא כמובן השליטה על הקרקעות. מפעל ההתנחלויות ממשיך לצמוח באישור ממשלות ישראל בעוד שהפלטשתינים מתקשים לקבל היתרי בניה ולעמוד בריבוי הטבעי. זה עוד סביר בהשוואה לטיהור האתני האיטי אך עקבי שנעשה בבקעה, בצורת הכרזה על שטחי אש. בימים אלו עומדת קהילת מוסאפר יאטה בפני אותה סכנת פינוי בדיוק, חרף תיעוד היסטורי מובהק לזכות היסטורית על המקום (במובן המשפטי של המילה). לעומת זאת, למעט כמה מקרים חריגים, ממשלת ישראל לא מעזה לגעת במאחזים שבשטחים. המאחזים הללו אינם חוקיים אפילו לפי ספר החוקים הישראלי, מה גם שלא פעם הם יושבים על קרקע פרטית פלשתינית. מדיניות אחת כלפי יהודים - מדיניות שונה כלפי פלשתינים.

אין ספק בכך שגם בתוך גבולות ישראל המוכרים בחוק הבינלאומי ("גבולות הקו הירוק") יש אלמנטים של אפרטהייד. החוק הישראלי אוסר על נישואים בין דתיים, שמשמעם הרבה פעמים נישואים בן-גזעיים, בדיוק כפי שהיה בדרום אפריקה. גם ברישום האוכלוסין מדינת ישראל ממחזרת את עקרונות האפרטהייד - במשרד הפנים מפורטים יותר מ-130 לאומים אתניים בטבלה, על פיהם ממוינים האזרחים ברישום האוכלוסין. הלאום היחיד שלא נמצא ברשימה הזו הוא לאום ישראלי הכולל את כל האזרחים יחדיו, כפי שקיים בכל מדינה דמוקרטית מתוקנת. בישראל, כמו בדרום אפריקה, נושא האדמות הוא מרכזי. העקרון המארגן הוא שליטה יהודית על הקרקעות. כאשר רוב האדמות הן בבעלות המדינה (93%) ותקנון קק"ל אוסר במפורש על השכרת אדמות לערבים. האפליה קיימת מאז קום המדינה ועד היום - בשנים האחרונות, למשל, המדינה מנסה לגרש את תושבי אום אל חיראן מאדמותיהם. זאת, למרות שהמושל הצבאי בכבודו ובעצמו הורה לבני שבט אבו אלקיעאן להתיישב במקום, סביב שנת 50', לאחר שגורשו מאדמותיהם בח'רבת זובאלה במלחמת 48'. כיום המדינה מנסה לשכנע את השבט לעבור לעיר, אבל זהו בדיוק המאפיין המובהק של משטר אפרטהייד - המדיניות היא שרק ליהודים יש זכות לחיים חקלאיים בנגב, בעוד שלערבים אין שום זכות כזו. האזרחים היהודים-ישראלים כמובן בולעים את התעמולה של השלטון נגד הבדואים, אבל העובדה היא שכל השבטים יחדיו תובעים בסה"כ 5% מאדמות הנגב, הרבה פחות ממה שהיה בבעלותם לפני 48'. זה כל מה שהמדינה צריכה להכיר בו כדי להסדיר את הכפרים הבלתי מוכרים, אך המדינה דוגלת בהפרדה ובאפליה. אין זה אומר שישראל בגבולותיה החוקיים היא מדינת אפרטהייד פר אקסלנס - יש בה גם יסודות דמוקרטיים ברורים שלא היו קיימים בדרום אפריקה. אם נתעלם לרגע מהאפליה נגדם (שמתבטאת בעיקר בנושא הקרקעות) הערבים מקבלים ביטוח לאומי, חופש התנועה שלהם לא מוגבל והם שווים בפני החוק במידה מסוימת. מערכת המשפט הישראלית היא חזקה ועצמאית במידה לא מבוטלת, והיא עשויה להגן על זכויותיהם של אזרחים ערבים. בג"ץ קעדאן למשל לא היה יכול להתממש במדינת אפרטהייד כמו דרום אפריקה. יש מקרים נוספים בהם בית המשפט פוסק לאור עקרונות הצדק האוניברסלי. מצד שני, לא כך הוא כשמדובר למשל בהכשרת משטר האפרטהייד עצמו בשטחים הכבושים. אם כן, על-פי הסקירה שנערכה כאן מדינת ישראל מקיימת משטר אפרטהייד מלא בשטחים הכבושים. בנוסף קיימים אלמנטים מובהקים של משטר אפרטהייד גם בשטחיה הלגיטימיים, לצד אלמנטים מובהקים של משטר דמוקרטי. לבסוף ניתן להזכיר את תקופת הממשל הצבאי, 1948 - 1966, שהמשטר בה לא היה שונה באופן מהותי מזה הנהוג כלפי הפלשתינים בשטחים הכבושים היום. משטר זה התקיים בתוך שטחי המדינה, אבל כאמור, קיומו של משטר אפרטהייד אינו תלוי בשאלה האם המשטר חל בשטח כבוש או לא. מכאן שמדינת ישראל הנהיגה משטר אפרטהייד בצורה כזו או אחרת, בין אם בשטחיה ובין אם בשטחים שכבשה, מאז תקומתה ועד עצם היום הזה.