אולם גפני, שאיש לא יקח ממנו את מסירותו ומאבקיו בכל הקשור לשמירת השבת, כולל חקיקה בנושא, טעה פעמיים - ואיפשר בעל-כורחו חילולי שבת. בשני המקרים הוא עשה זאת כתוצאה מחוסר מודעות או חוסר תשומת לב, שגרמה לתקלות שנפלו תחת ידו. הפעם הראשונה הייתה בשנת 2013, ערב הפעלת שלושת קווי המטרונית הראשונים במרחב חיפה. התכנון של משרד התחבורה בתקופתו של השר ישראל כ"ץ היה להפעיל את שלושתם בשבת. בזכות שדלנותו של גפני, בשיתוף נציגו בעירייה, הצליח למנוע את פעילותם של קווים 2 ו-3. אולם לא התנגד לפעילותו של קו 1, מה שאיפשר את הפעלתו 24/7. גפני לא ידע אז את מה שהוא יודע היום - שהפעלת קו זה היא עבירה על החוק - ובהעדר מי שיתריע בפניו בזמן אמת, לא עשה דבר בנושא. הוא גם הוטעה ע"י אנשי משרד התחבורה ששיקרו לו כאילו קו זה מחליף קווים קיימים. הפעם השנייה הייתה בתקופת הממשלה הפריטטית של נתניהו וגנץ. בין שלל גדול של סעיפים תקציביים, שהגיעו לאישורה של ועדת הכספים לא הבחין היו"ר דאז גפני בסעיף בעייתי, שהגיע ממשרד התרבות בראשות חילי טרופר. תחת הכותרת התמימה "שבת ישראלית" הסתתר סעיף תקדימי למימון ממשלתי לפתיחת מקומות תרבות הפתוחים בשבת, באופן שתתאפשר אליהם כניסה חינם. גם הפעם, ניתן להעריך שאם היה יודע בזמן אמת על הסעיף שחמק מבין אצבעותיו לא היה מאפשר את המימון.