יום כיפור כשמו כן הוא, יום שנקבע במסורת היהודית כיום המוקדש לעבודת התשובה, יום של תיקון המידות, יום של כפרה וטהרה במעגלים השונים של יחסים בין אדם לבוראו ובין האדם לחברו.
יום הכיפורים הוא יום בעל ערך רוחני רב. אנחנו מנסים להתעלות מעל הטבע האנושי והצרכים הגשמיים שלנו. אם במהלך השנה ובכל שנה אנו אוכלים כשעז רצוננו לאכול, ביום כיפור אנחנו צמים. אם בכל השנה אנחנו מתייחסים בצורה מכובדת לצורכי הגוף, ביום כיפור אנו מחשיבים את הצרכים (רחיצת הגוף) בצורה פחותה יותר. גם בתפילה בא הדבר לידי ביטוי. אם במשך כל השנה אנו קוראים את הפסוק אחרי קריאת שמע "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד" בלחש, ביום כיפור אנו קוראים אותו בקול גדול.
בשעתו, כאשר בית המקדש היה קיים, ליום כיפור הייתה משמעות יותר עמוקה ויותר רחבה. ביום זה היה הכהן הגדול נכנס לאזור מיוחד במקדש שנקרא קודש הקודשים, שם היה מתפלל בעבורו ובעבור כל כלל עם ישראל. את המעמד הזה ליווה מתח קבוע, מכיוון שכהן שלא היה ראוי לתפקיד מת בו במקום. לכן, הכוהנים נכנסו ברעד וביראה, כאשר רגליהם כבולות בשרשרת. אם הכהן הגדול נמצא מת בקודש הקודשים, היו מושכים את גופתו באמצעות אותה שרשרת. זאת מהסיבה שלאף אדם מלבד הכהן הגדול אסור היה להיכנס לקודש הקודשים.
יום כיפור אינו מציין אירוע היסטורי, ניצחון במלחמה או מועד לידה ופטירה של אדם מסוים. יום כיפור כשאר חגי ישראל ניתן לנו על-ידי הקב"ה כאשר לכל חג יש את הביטוי הייחודי שלו. הימים הנוראים מיוחדים הם שלא נקבעו בעקבות מאורעות או ניסים שאירעו לעם. כל חגי ישראל הנם ימי זיכרון לניסים ולנפלאות שעשה הקב"ה עם אבותינו. ולכן שאר החגים נקראים "זמן". "זמן חרותינו", "זמן מתן תורתנו", זמן שמחתנו" - ואילו לימים הנוראים אנו קוראים "יום", "יום תרועה", "יום הכיפורים", כי ימים אלו לא באו בעקבות זיכרון היסטורי.
תפקידו של יום כיפור הוא כיום שבא לעורר אותנו להתבוננות עצמית ולחשבון נפש, כי "הכול בידי שמים חוץ מיראת שמים" (ברכות ל"ג, ע"ב). כל החגים באים מכוח אתערותא דלעילא (השפעה מלמעלה), שפע של קדושה יורדת משמים לחגי ישראל, ואילו ימי ראש השנה ויום הכיפורים הינם היפך העניין. בימים אלה אנו זקוקים במיוחד לאיתערותא דלתתא (השפעה מלמטה). מצדנו כפי המתבקש מאתנו בימים הנוראים: "אמרו לפני מלכויות, כדי שתמליכוני עליכם" (ראש השנה דף ל"ד, ע"ב). הרהורי התשובה אין להם מוצא אחר אלא מאיתנו בלבד כפי שקבעו חז"ל: "גדולה תשובה שמגעת לכיסא הכבוד" (חולין צ"א, ע"ב).
זו גם הסיבה לכך שבכול מועדי ישראל אנו אומרים: "וידבר משה את מועדי ה' אל בני ישראל" (ויקרא כ"ג, מ"ד). המועדים באים מכוח של מעלה, לכן נקראים מועדי ה' אשר השפעתם כלפי מטה "אל בני ישראל". ולעומת זאת בימים הנוראים אנו אומרים: "כי חוק לישראל הוא משפט לאלוהי יעקב" (תהילים פ"א, ה'). התשובה נמסרה רק לעם ישראל ולכן בא המשפט "משפט לאלוקי יעקב". מ"אתערותא דלתתא" מגיעים ל"משפט לאלוקי יעקב". יום הכיפורים מציין בפנינו את ההשפעה של היחיד וכוחו כלפי הקב"ה.
ויפה אמר הבעל אוהב ישראל מאפטא: "אילו הייתי יכול הייתי מבטל כל תענית ציבור, משום שדורנו דור חלוש ותשוש הוא. אבל שני צומות הייתי משאיר, את יום ט' באב יום חורבן המקדש, שהרי מי יכול לאכול ביום זה? ואת יום הכיפורים, שהרי מי צריך לאכול ביום זה?".