שני חוקרים של המכון הישראלי לדמוקרטיה, ד"ר ערן שמיר-בורר ופרופ' עמיחי כהן, פרסמו מאמר שכל כולו קריאה לעצמאות של השב"כ ממרות הממשלה. בין היתר הם כתבו כי למרות שצריכים לשרור יחסי עבודה מבוססי אמון מקצועי בין ראש הממשלה לבין ראש השב"כ, לראש השב"כ "מידה מסוימת של עצמאות אל מול ראש הממשלה" וכי "עצמאות זו היא המבטיחה כי השב"כ לא יהפוך למכשיר פוליטי נגד מתנגדי המשטר, דוגמת ה'משטרות החשאיות' של דיקטטורות". וכדי להבטיח שהמסר יועבר, הם הוסיפו כי "אכן, לממשלה סמכות לקצר את משך הכהונה, ולהעביר את ראש השב"כ מתפקידו. אך בסמכות זו בוודאי צריך לעשות שימוש מצומצם, ורק משיקולים ענייניים". אין מה לומר, דברים מאוד משכנעים, אבל פתאום נזכרתי בעמדתו המסורתית של המכון הישראלי לדמוקרטיה ביחס ליחסי שב"כ ודרג מדיני - עמדה שסותרת מניה וביה את העמדה הנוכחית של המכון. בשנת 1997, כשחוק השב"כ נידון בממשלת נתניהו הראשונה, עוד לפני הגעתו לכנסת, פרסם המכון מסמך הערות לחוק שבו קבע כי "סכנה חריפה - כך מגלה הנסיון במדינות אחרות - הינה כי הגורם המיניסטריאלי הממונה על השירות לא יהיה אלא אחראי 'פורמלי', כאשר בפועל מואצלות לראש השירות הסמכות לנהל את השירות כראות עיניו". בשנת 1998, אחרי שהחלה חקיקת החוק בכנסת, הוזמן פרופ' מרדכי קרמניצר מהמכון הישראלי לדמוקרטיה לישיבה של ועדת הכנסת שהוקמה לעניין חוק השב"כ, והסביר לחברי הכנסת כי "זה טוב שהשירות כפוף לשלטון האזרחי". אפילו כשראש הממשלה נפתלי בנט עמד לפני מינוי ראש השב"כ הנוכחי, פרסמו שני חוקרים של המכון קריאה לבצע חשיבה מוקפדת על אמצעי הפיקוח של הדרג המדיני, המשפטי והפרלמנטרי על השב"כ. השניים הזכירו כיצד בעבר ראש השב"כ העז "להמרות את פיו של ראש הממשלה", עקב עוצמת השב"כ וחולשת מערכת הפיקוח המוסדית של הדרג המדיני על הארגון, וקבעו שהדרג המדיני חייב להפעיל פיקוח הדוק על השב"כ ודרכי פעולתו. אחד מאותם חוקרים שכתב את הקריאה הזו הוא לא אחר מאשר פרופ' עמיחי כהן שעכשיו מטיף לעצמאות ראש השב"כ ממרום הדרג המדיני. אבל זה לא מקרה שפרופ' כהן הנכבד, ויתר חוקרי המכון, שינו את עמדתם ב-180 מעלות בסוגיית כפיפות השב"כ לממשלה. בשנים האחרונות, כל עמדותיו של המכון הישראלי לדמוקרטיה נקבעות על-פי עקרון היסוד "האם זה רע לנתניהו או טוב לנתניהו" - והאמת, היושרה וגם הדמוקרטיה יכולים ללכת לעזאזל.