אחת הטענות המגוחכות ביותר נגד מינויו של האלוף זיני לתפקיד ראש השירות היא התנגדותו לעסקות חטופים הכוללות שחרור סיטונאי של מחבלים. שימו לב לעמדת שב"כ ביחס לעסקות חטופים בעבר:
1. עסקת ג’יבריל (1985) - פרטי העסקה: שחרור 1,150 אסירים פלשתינים בתמורה לשלושה חיילי צה"ל שנשבו בלבנון. השב"כ התנגד בחריפות לעסקה. ראש השב"כ דאז, אברהם שלום, התריע מפני השפעות חמורות של העסקה על ביטחון ישראל.
2. עסקת רגב וגולדווסר (2008) - פרטי העסקה: השבת גופותיהם של אהוד גולדווסר ואלדד רגב (שנהרגו כבר ביום חטיפתם), בתמורה לשחרור המחבל סמיר קונטר ועוד ארבעה פעילים של חיזבאללה וגופות של 200 מחבלים. לפי דיווחים, ראש השב"כ דאז יובל דיסקין התנגד לעסקה אך העדיף שלא להתעמת ישירות עם הממשלה ושר הביטחון (אהוד ברק) שתמך בה.
3. עסקת שליט (2011) - פרטי העסקה: שחרור גלעד שליט בתמורה ל-1,027 אסירים פלשתינים, כולל מאות מחבלים עם דם על הידיים. ראש השב"כ דאז, יובל דיסקין, התנגד נחרצות למתווה המקורי של העסקה. הוא התריע שהשחרור ההמוני, בעיקר של בכירי חמאס, יוביל להתחזקות הארגון ולגל טרור מחודש.
השב"כ גילה לאורך ההיסטוריה התנגדות עקבית לעסקות שכוללות שחרור של מחבלים מסוכנים, ובמיוחד כאלו עם "דם על הידיים". זה חלק מתפקידו כאשר הדרג המדיני מאזן בין הסיכונים הביטחוניים לשיקולים אחרים.
בר הוא הראשון מבין ראשי השירות לתמוך בשחרור של מאות אסירי עולם ארכי מחבלים מבתי הכלא ואין לשלול השפעה כבדה של תחושת האשם האישית שלו על עמדתו זו.