חשוב לציין, שלאורך השנים באי-כוח המדינה החליטו עקרונית לאפשר את הבחינה השיפוטית גם בנושאים ביטחוניים, וכפי שעולה מפסקי הדין עצמם, נמנעו על-פי רוב מהעלאת טענות של חוסר שפיטות. מדיניות זו תאמה את התפיסה המסורתית הרואה בבית המשפט שותף לדרך, שיכול לסייע בהתוויית כיווני הפעולה הנכונים בסוגיות סבוכות המחייבות איזון בין צורכי הביטחון למגבלות הנובעות מזכויות אדם ודרישות המשפט הבינלאומי הפומבי. ואכן בפועל, בעת העיסוק של בית המשפט בנושאים ביטחוניים, ניתן לראות שהוא נוקט בעקביות עמדה שנותנת משקל רב לשיקולים הביטחוניים, מנהל שיח מתמשך עם באי-כוח המדינה, ומציג עמדות המפרשות את המשפט הבינלאומי באופן התומך בעמדותיה של ישראל.
דוגמה בולטת היא אופן ההתנהלות של בג"ץ בעתירות שנגעו להקמת גדר ההפרדה. בית הדין הבינלאומי בהאג קבע, כי בניית הגדר ביהודה ושומרון נוגדת את המשפט הבינלאומי, אך בית המשפט העליון אישר (בבג"ץ בית סוריק ובג"ץ מרעאבה) את חוקיות בנייתה.
אמנם בית המשפט בחן חלקים ספציפיים של הגדר על-פי מבחני המידתיות, ובמספר פסקי דין דרש מהמדינה לשנות את התוואי כאשר מצא, כי פגיעתו באוכלוסייה האזרחית הפלשתינית עולה על הנדרש ואינה מוצדקת בהתאם לתכלית צבאית, אך מדובר בהתערבות שולית יחסית לקביעה העקרונית החשובה. ניתן לראות בכך מהלך של בית המשפט, המבהיר לרשויות את גבולות הדין, אך זאת רק באשר ליישום מדיניותן.
דוגמה נוספת היא פסק הדין התקדימי, שאישר את החוקיות של "סיכולים ממוקדים" נגד פעילי טרור, אשר יצר בסיס משפטי שאומץ גם על-ידי מדינות אחרות. כמו-כן, בג"ץ אישר מעצרים מינהליים והריסות בתים, למרות שמדובר בצעדים מורכבים מבחינת המשפט הבינלאומי. הוא אישר הריסת מאות בתים, למרות שפסיקה זו עומדת בניגוד לעמדה המקובלת בעולם.
בנוגע למדיניות ההתנחלויות ולטענות כאילו בית המשפט בולם מדיניות זו, הרי שמדובר בטענה בלתי מבוססת. בית המשפט נמנע מהכרעה עקרונית בשאלת חוקיות ההתנחלויות, תוך קביעה שמדובר בשאלה שאינה שפיטה. אשר למקרים בהם הורה בית המשפט לפנות התנחלויות שהוקמו על קרקע פרטית של פלשתינים או ללא היתרי בנייה, על-פי רוב לא היה מדובר בדחיית העמדה של המדינה, מאחר שלא היה ויכוח עקרוני על עצם אי-החוקיות. במילים אחרות: המדינה לא טענה נגד חובת הפינוי, אלא הציגה במקרים רבים נסיבות פרטיקולריות שונות המונעות ממנה למלא חובה זו. הדיון לא היה עקרוני אלא יישומי (מתי וכיצד תבוצע החובה), ובמקרים רבים אף הוביל להארכות חוזרות של המועדים לביצוע, לבקשת המדינה.
עוד קבע בג"ץ, כי ההחלטה העקרונית בעניין ההינתקות מרצועת עזה היא שאלת מדיניות, שאין לו כוונה להתערב בה. עם זאת, בית המשפט בחן לגופה את שאלת חוקתיות חוק ההינתקות והפיצויים לנפגעיה וקבע, כי על המדינה לעמוד על חובותיה מכוח חוק יסוד חוק האדם וחירותו, כאשר היא פוגעת בקניינם של אזרחי המדינה שישבו באזור זה.
דוגמאות אלה מצטרפות להחלטות רבות בנוגע למדיניות הביטחון והאמצעים שבהם רשויות הביטחון מעוניינות לנקוט, שבאות לפתחו של בית המשפט. ברוב המכריע של המקרים הם מאושררים על-ידי בית המשפט – מפינוי אוכלוסייה פלשתינית לטובת שטחי אש, דרך מדיניות הפתיחה באש ובאמצעי הנשק שבשימוש צה"ל, וכלה בכליאת לוחמים בלתי-חוקיים. במקרים מסוימים בית המשפט מציב בפני רשויות הביטחון דרישות פרוצדורליות שונות המתחייבות מכללי המשפט הבינלאומי הפומבי או מכללי המשפט המנהלי – דוגמת גירוש פעילי טרור – אך מתיר את המדיניות עצמה.