נושא לאישה את מרים לוצ'ינסקי מקיבוץ אפיקים
בתום פעילותו של יאיר בחטיבת "בני הקיבוץ המאוחד" שנמשכה קרוב לשנתיים הוא חוזר ליגור. באוקטובר 1954 והוא בן 22 הוא נושא לאישה את חברתו מרים לוצ'ינסקי מקיבוץ אפיקים אותה הכיר עוד בשירותו בנח"ל, ומקבל על עצמו את ריכוז חברת הילדים ויוצר כדרכו פעילות יוצאת דופן כמו למשל מרוצים, הדרכות בני נוער, טיולים לכל קצוות הארץ, הקמת משק חי של בית הספר, טיולי אופניים, פיקניק על הכרמל ועוד.
ראוי לציין שיאיר יצר ביגור אירועים ומפעלים שהפכו במשך הזמן למסורת ושאפשר לכנותם "מורשת יאיר". כך למשל, יאיר יזם ואירגן את "מרוץ הר הכרמל" לזכרו של האלוף יהושע גלוברמן שהיה בזמנו מבין המרוצים הגדולים בארץ. "מרוץ הכרמל" היה מרוץ שליחים תחרותי שהקיף את הר הכרמל שהתחיל ביגור והסתיים ביגור. אורכו היה מעל 80 ק"מ והשתתפו בו קבוצות מיגור ומקיבוצים אחרים. יאיר עצמו השתתף במרוצים.
מפקד סיירת חטיבת הצנחנים
אחרי ארבע שנות פעילות ביגור ונישואים למרים, מגיעה פנייה מהצבא לגייס את יאיר לסיירת הצנחנים כמפקדה. יאיר היה מעוניין להתגייס. קודם לכן פנה יאיר למזכירות קיבוצו יגור וניסה לברר אם המזכירות תסכים לאשר גיוסו וזו השיבה לו בשלילה. סוכם לבקשת יאיר כי העניין יובא לדיון והחלטה באסיפת הקיבוץ.
בקיבוץ פורץ ויכוח אידיאולוגי חריף. היו חברים לא מעטים שהתנגדו לגיוס וטענו כי יאיר הוא בעל יכולות גבוהות וכישורים רבים והקיבוץ זקוק להמשך שירותו בקיבוץ. חברים אחרים בקיבוץ טענו כי חשוב לתרום למדינה והמדינה קודמת לקיבוץ ועל כן יש לאשר גיוסו. אל אסיפת הקיבוץ המתוחה מגיעים מח"ט הצנחנים מנחם אבירם וסגנו מוטה גור במטרה לשכנע את החברים להסכים לגיוסו של יאיר. האסיפה מקבלת בסופו של דבר החלטה לאשר את גיוסו של יאיר אולם למשך שנה אחת. יאיר חוזר ומתגייס, בהסכמת הקיבוץ, כמפקד סיירת צנחנים בדרגת סרן והוא בן 26 בלבד.
השנה היא 1958 יאיר מגיע לסיירת הצנחנים כמפקד הסיירת ומנהיג שיטות שעד כה לא היו מקובלות בצבא. בהתחלה היה קשה מאוד ללוחמים הצעירים עם מפקד כמו יאיר שאינו מקל עליהם בדרישותיו. גיורא נגרי מעין חרוד חייל פקודו של יאיר מספר, כי כשיאיר לא היה מרוצה מביצוע משימה כלשהי הוא נזף בהם ואמר: "ילדי כיתה ז' ביגור עושים זאת טוב מכם".
הייתה זו, תקופת הרגיעה היחסית שאחרי מבצע קדש, יאיר כמפקד הסיירת העביר את הדגש מפעולות תגמול אל עבר שיפור יכולות הסיור והניידות הנדרשות מסיירת במלחמה. כחלק מכך הוא הנהיג בסיירת מסעות אופניים, אופנועים וגמלים בשטח מדברי, במטרה לשפר את ניידות הלוחמים. ביזמתו של יאיר נסלל כביש הפטרולים לאורך גבול מצרים, ונפרצה דרך "מעלה היעלים", שחיברה לראשונה את רמת המדבר עם אזור סדום. לשם פריצת הדרך "גייס" יאיר עשרות נערים מקיבוצים ובשלושה ימי עבודה מאומצים ועבודת כפיים משותפת של חיילי הסיירת והנערים נפרצה הדרך.
מותו ו"מבצע הגר"
ביום שני 7 בספטמבר 1959 יצא סרן יאיר פלד מפקד סיירת חטיבת הצנחנים עם חוליה מהסיירת לאימון ותרגיל ניווט באזור הר הנגב. היה זה כאמור יומו האחרון. האימון היה בזוגות ובמהלכו יצא יאיר לבדו לתרגיל ניווט בדד באזור הר שגיא ונרצח מן המארב על-ידי כנופיה בדואית בשליחות מצרים.
מייד אחר הרצח הורה אלוף פיקוד הדרום, אברהם יפה, על "מבצע הגר", במסגרתו גורשו מאות בדואים מבני סראחין-פלג של שבט אל עזאמה שישבו באזור הר הנגב לשטח מצרים. הגירוש בוצע כאשר חיילי צהל משתלטים על מקורות המים של הבדואים באזור ומונעים מהבדואים שימוש במקורות המים דבר שאילץ את הבדואים לעבור למצרים. כמו-כן ננקטו צעדים נוספים לגירוש הבדואים מהאזור. חלק מהבדואים משבטי סראחין-אל עזאמה ששיתפו פעולה עם ישראל פונו לאזור דימונה. המשטרה פתחה בחקירה לגילוי רוצחיו של יאיר, אולם בתום החקירה הודיעה כי לא הצליחה לפענח את רצח יאיר פלד.
מזה שנים לא מעט מסתובבות שמועות שחלק מבני השבט הבדואי אל עזאמה שגורשו מאזור הר הנגב הסגירו את שני רוצחיו של יאיר פלד וכי השניים הובאו ללב מדבר והוצאו להורג ללא משפט. אף מועלים במסגרות שונות שמות של "מבצעי גזר דין המות" אולם הדבר הוא בגדר שמועות ואין אישור רשמי על כך ולא ארחיב בנושא זה.
"מעלה יאיר"
באוקטובר 1959 כחודש לאחר נפילתו של יאיר הוקם גלעד לזכרו ב"מעלה היעלים" שהפך ל"מעלה יאיר". דרך זו, שהוכשרה לאחר-מכן על-ידי חיל-ההנדסה, ונקראת "דרך יאיר" מקצרת את הדרך מבאר-שבע לאזור ים-המלח ועוברת בנוף מרהיב-עין בין צוקים מתנשאים על פני ים-המלח.
מספרת איה פלד-הדרי, אחותו הצעירה של יאיר: "היינו משפחה גדולה ומאושרת עד אותו יום בו באו נציגי הצבא ליגור להודיע להורי ולכל חברי יגור, הקיבוץ שלנו - על מותו של יאיר. המכה הייתה נוראה. הורי נשאו את שברם וכאבם עד מותם והתקשו מאוד לשתף, לדבר על תהום צערם ועצרו את בכיים. יאיר היה כל כך מוערך ואהוב על בני הנוער והחברים ביגור, על חייליו וחניכיו שהרבו לספר בשבחו ובחרו לקרוא לילדיהם על שמו. להורי היה רצון שנכד שייוולד להם יקרא יאיר.
מוסיפה איה פלד: "12 שנים חלפו ממותו של יאיר ונולד לנו בן מקסים וקראנו לו יאיר על שמו של אחי כמובן. אימי זכתה לחבק את יאיר התינוק אבל.... אבי נפטר מהתקף לב פתאומי וקשה ביום בו נולד יאיר שלנו. האושר העצום שלנו ושלה היה אפוף באבל, בכאב וגעגועים."