חיפושים נרחבים אחר הצוללת
לאחר שאבד הקשר עם הצוללת, הוחל ביום שישי 26 בינואר בבוקר במבצע חיפושים נרחבים אחריה. לימים, תמתח ועדת החוץ והביטחון של הכנסת שדנה בפרשת "דקר" ביקורת על חיל-הים וצה"ל שרק כעבור יממה לאחר שאבד הקשר עם "דקר" הועלו מטוסים לחפש אחריה.
כוחות גדולים של חיל-הים הישראלי וציים אחרים עסקו לאורך מספר ימים בחיפושים אחר הצוללת הנעדרת באזור הטביעה המשוער. בחיפושים נטלו חלק, בין השאר, הצוללת האחות דולפין, המשחתת אח"י יפו, ספינות סוחר ישראליות וכן ספינות הצי השישי המשייטות באזור ואניות יווניות ובריטיות. חיל-האוויר ביצע עשרות גיחות וסיורים בניסיון לאתר הצוללת. המחפשים סרקו מאות אלפי ק"מ. משלא נמצא דבר הוכרזו באופן רשמי הצוללת ו-69 אנשי צוותה נעדרים. הסברה שרווחה אז הייתה כי הצוללת טבעה על נתיב הפלגתה ארצה בעומק של אלפי מטרים מתחת לפני הים וכי לא ניתן לאתרה.
כשנה לאחר היעלמות ה"דקר" בפברואר שנת 1969 התגלה מצוף הצלה של הצוללת בחוף חאן יוניס ברצועת עזה. עקב מציאת המצוף שם סברו רבים (בטעות) שהצוללת טבעה מול חופי מצרים ולכן בשנים הראשונות החיפושים התמקדו באזור החוף המצרי ואחר כך הורחבו גם לאיי יון שהיו קרובים לנתיבה. כיום משערים כי המצוף ניתק מהצוללת בתהליך טביעתה וקריסתה ונסחף כשנה בים עד הגיעו לחוף.
31 שנים חיפש חיל-הים את הצוללת ורק בשנת 1999 בסיוע אמריקני ובטכנולוגיה חדשנית נמצאה הצוללת טבועה בעומק 2,950 מטרים. על נתיב הפלגתה המתוכנן.
דוח האלוף שלמה אראל
השערות, שמועות וספקולציות אין ספור הועלו בקשר לגורלה של הצוללת הישראלית. היו שטענו כי היא הותקפה על-ידי צוללת או אוניית מלחמה רוסית וכי אנשי ציוותה מוחזקים בשבי הרוסי במקום נידח. היו שהעלו סברה שאולי הצוללת טובעה בידי צבאות אויב, בעיקר צבא מצרים ועוד כהנה וכהנה שמועות וספקולציות. ב-1 במרס 1968 מפקד חיל-הים, האלוף שלמה אראל, הוציא דוח בהיקף של 90 עמודים, שהוגש לשר הביטחון משה דיין ובו הוא הציג את כל הנושאים הקשורים ל"דקר" ואת כל העובדות שהיו ידועות. הדוח לא פורסם בזמנו לציבור. בדוח מועלים מספר תרחישים-אפשרויות שהיו יכולים להביא לאובדן הצוללת:
התנגשות בכלי שיט - ייתכן שהצוללת טבעה עקב התנגשות בכלי שיט אחר. אפשרות זו הוגדרה כפחות סבירה מאפשרויות אחרות.
תקלה טכנית - על-פי תרחיש זה הצוללת טבעה עקב תקלה חמורה באחת מהמערכות החיוניות: הידראוליקה, לחץ אוויר, או מערכת החשמל, שהביאה לאובדן השליטה בצוללת.
תקלה תפעולית - על-פי תרחיש זה לא הצליח הצוות לשמור על העומק בים הסוער או להתיישר ממצב של צלילה כלפי מטה.
ב-2015 פורסם דוח רשמי של חיל-הים הקובע כי כשל טכני או פגיעה בכלי שיט אחר: אחד מאלו גרם ככל הנראה לטביעת הצוללת דקר. הדוח שולל בסבירות גבוה חבלה בצוללת או פגיעה מצד כוח עוין.
גם היום בחלוף 58 שנים מאז אסון טביעת "דקר" טרם נקבע בוודאות מה הוביל לטביעתה של "דקר" אך רוב הסימנים מעידים שתקלה טכנית או התנגשות מקרית בליל סערה גרמו לטביעת הצוללת ולאחד האסונות הטראומטיים בתולדות המדינה.