המדרשיה נוסדה בשנת 1945 על-ידי ישראל סדן (אז קוז'ניצקי) ומיכאל צור (ליברמן) לימים מנכ"ל משרד התעשיה והמסחר, שהקימו ב-1941בברכת הרב מאיר בר-אילן נשיא המזרחי את תנועת "נוער המזרחי" (נע"ם) ועמדו בראשה. אחד המוטיבים המרכזיים של "נוער המזרחי" היה הרצון לשמור על הזהות הדתית והתורנית ועל הקשר לעולם התורה ולרבניו. באותן שנים, שנות ה-40 של המאה הקודמת, צעירים התביישו ללכת כשכיפה לראשם, ו"דתי" היה לכינוי גנאי ונתפס כאדם גלותי ו"מיושן". לא רבים מבוגרי התיכונים הדתיים המשיכו את דרך החינוך הדתי. מגמת חילון פשטה בקרב הציבור בארץ והובע חשש שהציבור הדתי יתמעט מאוד עד כי יהפוך לשולי. ישראל סדן שעמד אז בראש תנועת "נוער המזרחי" חשב, עוד כשהיה נער בתיכון על פתרונות לבעיה זו, ועלה במוחו הרעיון להקים מוסד ישיבתי תיכוני לנוער דתי איכותי שיושתת על לימודי קודש ברמה גבוהה וישלב בו השכלה כללית מתוך מטרה לטפח דור של בני תורה משכילים ולתת גאווה לנוער הדתי באמצעות חינוך ערכי ומעמיק ברמה גבוהה ולהכשיר את הנוער של הציונות הדתית לחיי המעשה בחברה ובמדינה. סדן, שעמד בראש תנועת "נוער המזרחי" פעל רבות בשיתוף עם חבריו בתנועת "נוער המזרחי" להגשמת רעיון המוסד החדש. בין השאר דיבר על חזון המדרשיה בפורומים שונים, וכתב מאמרים על כך ב'חזון', ביטאון 'נוער המזרחי' אותו ערך. מספרים כי סדן הוא שכנראה הגה את השם מדרשיה. הוא אף תיכנן את המטרות, את סדר היום ואת תוכניות הלימודים של המוסד אותו חזה, ותר אחרי אפשרויות למימון הקמת מוסד כזה. כשביקרו סדן וחבריו מארגון "נוער המזרחי" במושבה פרדס חנה שם ערכו סמינריון למדריכי התנועה מצא חן בעיניהם המקום והם החליטו להקים את המדרשיה במושבה זו, "הרחק משאונה של העיר הגדולה". סדן נפגש עם הרב צבי יהודה מלצר רב המושבה פרדס-חנה וסיפר לרב על תוכניותיו ופעולותיו להקמת מדרשית נע"ם (נוער המזרחי"). הרב מלצר הביע תמיכה בהקמת המדרשיה וסייע בהשגת תקציב-סכום נכבד לשנה הראשונה לפעולתה. מלצר אף היה חבר הנהלת המדרשיה בשנותיה הראשונות. ב-1947 עבר לכהן כרב העיר רחובות.

בתחילת אפריל 1945 נערכה בתל אביב הוועידה השנתית הרביעית של ארגון "נוער המזרחי" בה אושרה וסוכמה ההחלטה על הקמת מדרשית נעם בפרדס חנה. הוועידה קראה לחברים ולראשי תנועת "המזרחי" לסייע במימוש חזון המדרשיה. שלושה חודשים לאחר מכן באוגוסט 1945 נערך בחורשת בית הספר המקומי בפרדס-חנה טקס צנוע של פתיחת מדרשית נעם. פתח את מסכת הנאומים והברכות ישראל קוז'ניצקי (סדן) שעמד על שלבי יסודה של המדרשה. הרב יעקב ברמן יו"ר המרכז הארצי של המזרחי הביא את ברכתו האישית של נשיא "המזרחי" הרב מאיר בר-אילן. דברי נעילה וסיכום נשא הרב צבי יהודה מלצר רב המושבה ו"נשיא המדרשה". האירוע הסתיים בשירת "שיר המעלות" ו"התקווה".

באותה שנה תש"ה הזמין ישראל סדן את הרב יהושע יגל אותו הכיר מתל אביב כמחנך מוצלח לשמש כראש ישיבה של המדרשיה שעומדת לקום. הרב יגל שהיה מקורב לחזון אי"ש ומבאי ביתו קיבל את ברכתו לפתיחת המדרשיה. בתחילת דרכה המדרשיה התאכסנה בבית הכנסת הגדול במושבה ואחר-כך בבית הספר אלישבע .המחזור הראשון מנה 17 תלמידים, רובם חניכי תנועת "נוער המזרחי" - נע"ם ומכאן השם מדרשית נעם. מספרים שישראל סדן, ביקר בבתי חניכיו מ"נוער המזרחי" ושכנע את ההורים שיתנו בו אמון וישלחו את ילדיהם למדרשיה, וכך נאספו תלמידי המחזור הראשון. המחזור הראשון של המדרישיה סיים לימודיו בשנת תש"ט 1949. בין בוגרי מחזור זה עו"ד אביגדור משאלי שהיה לימים שופט מחוזי בתל אביב ובנצרת. עוד בין תלמידי המחזור הראשון היה הנער רפאל בשן (בלומנשטיין) חניך "נוער המזרחי" לימים עיתונאי ומראיין במעריב ואחר כך בידיעות אחרונות, שבלט בעיתונות הישראלית בראיונותיו הייחודיים. בשן לא סיים את לימודיו במדרשיה ולא מופיע ב"תמונת המחזור" של המדרשיה. מתוך 17 תלמידים שהחלו לימודיהם סיימו - מופיעים בתמונת המחזור הראשון 14. בין המורים במדרשיה בשנותיה הראשונות, היה הרב שאול ישראלי הרב הראשון של מושב כפר הרא"ה, לימים חתן פרס ישראל למדעי היהדות, מן הרבנים הבולטים של הציונות הדתית.

בשנת 1949 חברת פיק"א הקציבה שטח אדמה לבניית המדרשיה צמוד לשכונת התימנים (רמב"ם) בפרדס חנה ובשנות ה-50 עברה המדרשיה לשכון בשטח זה שהיה אז בפאתי המושבה, בקרבת שדות חקלאיים ופרדסים. את טקס יריית אבן הפינה לבנייני המדרשיה הראשונים חגגו באפריל 1953 בהשתתפות אורחים חשובים מרחבי המדינה. על מלאכת תכנון הקמפוס של המדרשיה הופקדו האדריכלית הנודעת ג'ניה אברבוך והמהנדס זלמן ברון. ג'ניה הייתה אדריכלית בולטת בשנות ה-30. תכנוניה התאפיינו בסגנון הבינלאומי הבאוהוס ורבים מהבניינים שתכננה ובראשם כיכר דיזנגוף בתל אביב מוכרים כיום כמבנים לשימור המהווים חלק מן "העיר הלבנה" בתל אביב. במאי 1956 נערך טקס חנוכת המבנים הראשונים של הישיבה במעמד הרבנים הראשיים הרבנים יצחק הרצוג ויצחק ניסים, שר הדתות משה שפירא ואורחים חשובים מהארץ ומחו"ל.

שמה של המדרשיה כמוסד חינוכי איכותי יצא למרחוק ורבים התדפקו על שעריה כדי להתקבל אליה. באפריל 1964 כ-20 שנה לאחר שהוקמה מנתה הישיבה כ-450 תלמידים. "קריית המדרשיה" השתרעה על שטח כ-45 דונם וכללה שלושה בנייני פנימייה, בניין בית ספר וכיתות, חדרי אוכל ושירותים, מגרש ספורט, בניין מרפאה והייתה מקריות החינוך הגדולות בחינוך הדתי. הקריה טבלה במרחבים ירוקים והייתה בעלת אופי כפרי. בדצמבר 1966 נחנך במדרשיה בניין בית כנסת ובית מדרש מפואר פרי תכנונה ועיצובה של האדריכלית ג'ניה אברבוך. בניין זה בעל כיפה שטוחה בחלקו העליון ייחודי בעיצובו הפך לסמלה של המדרשיה וצילומו ומראהו מופיעים תדיר בפרסומיה. באולם בית הכנסת במבנה המפואר הותקן ארון קודש פרי עיצובו של הפסל האמן דב פייגין. ארון הקודש מתנשא לגובה שלושה מטרים. על חזיתו נכתב: "דרכיה דרכי נעם", ובחלקו השני "וכל נתיבותיה שלם".

שתי דמויות מרכזיות ליוו את המדרשיה מאז יסודה והיו חלק בלתי נפרד מנופה: ישראל סדן שהיה המנהל הכללי במשך יובל שנים עד מותו ב-1996 ושימש גם כמורה לספרות והיסטוריה במדרשיה בשנותיה הראשונות, והרב יהושע יגל ששימש כראש הישיבה והמנהל החינוכי של המדרשיה מאז הקמתה ובשנותיו האחרונות עד מותו ב2006 היה נשיא הישיבה. דמות נוספת שלה חלק לא מבוטל בהקמת המדרשיה היה מיכאל צור (ליברמן) שותפו מזה שנים של סדן בהקמת "נוער המזרחי" ובהקמת המדרשיה בשנותיה הראשונות. בהמשך סייע מיכאל צור להתפתחותה של המדרשיה כמנכ"ל משרד התעשיה והמסחר וכאיש אמונו של שר האוצר פנחס ספיר. חלקו של צור בהקמת המדרשיה ותרומתו להתפתחותה מוצנע - הושכח כמעט לגמרי בשל חלקו בפרשת "החברה לישראל". הנהלת המדרשיה ומוסדותיה שכנה במשרדים בתל אביב. לידה פעל חוג ידידי המדרשיה שעסק בארגון וקידום אירועי ומפעלי המדרשיה ומוסדותיה ובהתרמת כספים לפעילותה. בין התורמים להקמת מבני הישיבה ולפיתוחה נדבנים יידועי שם ובהם הנדבן אייזיק וולפסון מבריטניה וישראל פולק מבעלי תשלובת פולגת. הנהלת המדרשיה הייתה מקושרת לבכירי המדינה לנשיאים, ראשי ממשלות, שרים, חברי כנסת וזכתה ליחס חם ומחבק ממוסדות השלטון וממשרדי הממשלה ומן הסתם גם זכתה לתקציבים, להקלות ולהטבות. ראשי המדינה, שרים, חברי כנסת שגרירים ואנשי אצולת ממון התארחו באירועי הישיבה ובהם הנשף השנתי המסורתי של המדרשיה שנערך בהיכל התרבות בתל אביב בהשתתפות אומנים יידועי שם. מפעל נוסף מסורתי במדרשיה היה השוק השנתי של חוג ידידות המדרשיה. במשך שנים הוציאה המדרשיה את כתב העת "ניב המדרשיה", שהכיל מאמרים תורניים, הגותיים וחינוכיים.

ראש המדרשיה לשעבר הרב יעקב מרגלית מספר כי סדר היום של התלמידים במדרשיה היה דחוס ואינטנסיבי. לתלמידים נערכה השכמה בשעה שש וחצי בבוקר. לאחר תפילת שחרית וארוחת בוקר למדו התלמידים בחלקו הראשון של היום גמרא בהדרכת ר"מ בכיתות. לאחר ארוחת צהריים ותפילת מנחה למדו התלמידים עד שעות ערב מקצועות לימודי תיכון כללים, ולאחריהם, בסביבות השעה 18:00 החל "סדר ערב" שכלל לימוד בחברותא בבית המדרש. יום הלימודים שכלל הכנת שיעורי בית הסתיים לעיתים קרובות בשעה 22:00 ואף יותר מאוחר. התלמידים במדרשיה התגוררו בתנאי פנימייה 4-3 תלמידים בחדר. פעם בשלושה שבועות יצאו הביתה. שכר הלימוד במדרשיה היה יקר יחסית אולם לרשות תלמידים שהוריהם התקשו לשלם את שכר הלימוד הועמדו מלגות. המדרשיה קלטה בהצלחה עוד משנות ה-70 תלמידים רבים מערי ועיירות פיתוח שהשתלבו בה היטב. רבים מהם מספרים שלא חשו בהתנשאות מצד חבריהם שהגיעו מבתים מבוססים. תלמידי ובוגרי מדרשית נעם בפרדס חנה מכנים עצמם מדרשיסטים. לרוב רובם יחס חם למדרשיה והם מגדירים את תקופת שהותם במדרשיה כתקופה היפה בחייהם ורואים במדרשיה כזו שעיצבה את אישיותם אולי יותר מכל ותרמה רבות להתפתחותם. גם בחלוף שנים רבות, ואף עשרות שנים מאז סיימו לימודיהם במדרשיה רבים מהם שומרים על קשר ביניהם ונפגשים תדיר לפגישות מחזור.

בין תלמידי-בוגרי המדרשיה, כאמור, רבים בעלי תפקידים בולטים בחברה הישראלית. אמנה כמה מהם: הפרופסור יעקב נאמן שכיהן כשר משפטים ושר אוצר. איתן כבל לשעבר ח"כ ומזכ"ל מפלגת העבודה, שי באב"ד שכיהן כמנכ"ל משרד האוצר, אלוף שי קלפר מפקד פיקוד העורף, אל"ם דרור וינברג מפקד חטיבת יהודה שנהרג ב-2002 בחברון, הפובליציסט דרור אידר, חוקר ספרות ותרבות, שימש שגריר ישראל באיטליה. כך גם יורם כהן ראש השב"כ לשעבר, יאיר שלג עיתונאי וסופר, עופר רגב חוקר תולדות ישראל, חיים זיסוביץ יועץ תקשורת ובעברו כתב ומגיש בקול ישראל, בני טיטלבוים כתב עורך ומגיש תוכניות בתאגיד השידור כאן. הד"ר יחיאל לסרי רופא וראש עיריית אשדוד. יעקב ברדוגו מגיש ופרשן פוליטי. נתן אשל שהיה מנהל עיתון "הצפה" ובהמשך ראש הסגל בלשכת ראש הממשלה בנימין נתניהו, תא"ל צביקה פייראייזן שהיה קצין חינוך הראשי והעיתונאי והעורך אדם ברוך והרשימה עוד ארוכה.

מדרשית נועם היא למעשה הישיבה התיכונית הראשונה בארץ, ויש אומרים אף בעולם. כבר בשנותיה הראשונות הונהגו בה לימודי הגמרא עם לימודי תיכון, הדומים לאלה של בתי ספר תיכוניים ממלכתיים עד לתעודת הבגרות. ישיבת בני עקיבא כפר הרא"ה שהשתייכה לתנועת "הפועל המזרחי" אומנם הוקמה (1939) כשש שנים לפני המדרשיה אולם הייתה מושתתת בשנותיה הראשונות על לימודי קודש ועבודת אדמה בלבד. רק בסוף שנות ה-40, עקב דרישת ההורים, ובעקבות הקמת מדרשית נעם, הוכנסו לישיבת כפר הרא"ה לימודי בית ספר תיכון. כך שלמעשה מדרשית נועם היא הישיבה התיכונית הראשונה בארץ ולא ישיבת כפר הרא"ה כפי שרבים נוטים לחשוב.

הדמות שהשפיעה מאוד על התפיסה החינוכית במדרשיה, היה ראש המדרשיה ומנהלה החינוכי פדגוגי הרב יהושע יגל. הרב יגל, איש ערכי, מוערך ואהוב על התלמידים היה - על-פי עדויות תלמידיו ומכריו - אנרכיסטי בנשמתו, דגל בשיטה החינוכית של "חנוך לילד על-פי דרכו" לפיה יש לתת לתלמידים להתנהל בחופשיות ולתת להם מרחב חופשי גם אם הם מכופפים פה ושם את הכללים והמוסכמות המקובלים כדי לאפשר לתלמיד למצוא את העצמי האמיתי שלו. בהשראת הרב יגל המדרשיה שמה פחות דגש על מצוינות לימודית ופחות על חשיבות משמעת ויותר על טיפוח החברותא ערבות הדדית ופיתוח היחיד באמצעות עידוד לעצמאות.

ב-2023 הוקרן בפסטיבל דוקאביב ושודר בערוץ "כאן 11" סרט תיעודי בשם "המדרשיה" שיצרו הבמאי טל בכר בוגר המדרשיה ויאיר אגמון. מהסרט עולה כי תלמידים במדרשיה לקחו את החופש שניתן להם ואי ההקפדה על המשמעת במדרשיה רחוק מדי לרמה קיצונית של התפרעויות אלימות, ונדליזם ואנרכיה. הסרט מתאר תופעות זובור שהפכו למסורת במדרשיה. תלמידי כיתות גבוהות נהגו לבצע זובורים בתלמידי כיתות נמוכות יותר שכללו מכות והשפלות קשות. כן תלמידים רבים במדרשיה חוו זובורים אלימים. תלמידים סיפרו כי התחבאו בשירותים שעה ארוכה רועדים מפחד כדי להינצל מהזובורים.

אירוע אלים "מסורתי" נוסף שהונהג במדרשיה נקרא "ליל הבדולח" במסגרתו נהגו התלמידים לשבור דברים וחפצים שבירים במדרשיה, לזרוק מנורות "פלורוסנט מקומה גבוהה ולהתרגש מרעש ניפוצן ולהבעיר אש. באחד המקרים מדריך שבר את רגלו כאשר נס מחדר בו הבעירו התלמידים אש, ואף מסופר בסרט על תלמידים ששרפו מכונית במתחם המדרשיה. בסרט "המדרשיה" מתוארים מעשי ונדליזם שהפכו לנורמה במדרשיה. החל בכתובות גרפיטי על הקירות ועל הארונות ועד שבירת חלונות, ניפוץ אסלות, והשחתת חדרי שירותים, ממש תיאורי "קן הקוקייה". מקרה חמור המתואר בסרט ואף מלווה בצילומים הוא סיפורו של ראש הישיבה במדרשיה הרב דוד בלוך שבאחד הימים ביקש מהתלמידים לדחות תאריך אירוע כלשהו שתיכננו. בתגובה קנו השיגו התלמידים ספריי בכמויות גדולות וריססו את קירות מבני המדרשיה ואת מכוניתו של הרב בלוך בכתובות ענק "הרב בלוך בן זונה". כמו-כן, תלו תמונה בה נראה תלמיד מטיל את מימיו מול דגם של קבר עם שמו. בלוך מתראיין בסרט וכאבו ותחושת ועוגמת הנפש ניכרים בראיון.

תופעת אנרכיה נוספת במדרשייה המתוארת בסרט הייתה נוהג קבוצות תלמידים ואף כיתות שלמות לברוח מבית הספר לחופי כנרת, לנחלי רמת הגולן והיו אף שהרחיקו עד סיני ואילת, ושם לא פעם שהו - "נזרקו" התלמידים הבורחים אף למשך מספר ימים. היו תלמידים שהתחזו לחיילים בלובשם מדי צה"ל כדי לתפוס טרמפים. בריחת תלמידים מהמדרשיה אך לכמה ימים הייתה נורמה מקובלת במדרשיה. לא פעם נאלצו ראשי הישיבה והורים מודאגים לפנות למשטרה ולבקש את סיועה באיתור הילדים שנעלמו מבלי להודיע. ב-26 ביוני 2005 אירע אסון כאשר קבוצת תלמידים יצאה מהמדרשיה ל"חוף נופשונית" בקיסריה שם נכנסו ארבעה מהתלמידים לרחצה בים גלי סוער אף שלא היה מציל. בים הגלי והסוער נסחפו שני תלמידים, ליאור דהן תושב צפת וניצן סלע שמצאו את מותם בטביעה. דהן הוכרז כנעדר וגופתו התגלתה למחרת, כ-500 מטרים מהחוף. ניצן סלע נמשה מהמים במצב קשה כשהוא מונשם ומורדם והועבר לטיפול נמרץ לבית החולים הלל יפה בחדרה וכעבור כשבועיים מת בבית החולים.

תופעת אנרכיה נוספת שהתרחשה במדרשיה בהעדר ענישה ראויה הייתה שביתות מחאה מצד התלמידים. לעיתים הסיבות לשביתות היו בשל זוטות קטנוניות ומשחקי כבוד אבל ברגע שהתלמידים התאספו והחליטו שהם שובתים מלימודים כל התלמידים יישרו קו וסירבו להיכנס לכיתות. ראשי הישיבה ניסו לשכנע את התלמידים להפסיק את השביתה אך ללא ההצלחה. כך למשל ב-25 באפריל 1991 קיימו 120 תלמידי כיתות י"א במדרשיה שביתת רעב ליום אחד בתביעה להחזיר ללימודים את אחד מחבריהם שההנהלה החליטה להשעותו. דבר השביתה הגיע לידיעת עיתון "חדשות" שפרסם על כך ידיעה בגיליונו. על-פי הידיעה. הפרשה החלה לאחר שהתלמיד שרף כיסא. ישראל סדן ביקש להרחיק את התלמיד מבית הספר. לעומת זאת המנהל הפדגוגי הרב יהושע יגל התנגד להשעיית התלמיד. התלמידים הפסיקו שביתתם רק לאחר שהובטח להם כי התלמיד יחזור ללימודים תוך ימים ספורים.

ב-7 במרס 1984 נשמע פיצוץ עז במתחם המדרשיה. שני תלמידי המדרשיה נפצעו. אחד תלמידים נפצע בעינו והרופאים הביעו חשש לראייתו בעין שנפגעה. הפיצוץ אירע בעת שהתלמידים ערבבו חומרים כימים כדי להכין זיקוקין די-נור לפורים. משטרת חדרה הוזעקה למקום. בחקירת המשטרה עלה חשד שאחד התלמידים פרץ למעבדת הכימייה וגנב משם חומרי פיצוץ כדי להכין את זיקוקים לפורים. כשצפיתי בסרט "המדרשיה" בפעם הראשונה חשבתי שיש הגזמה בתיאורי הוונדליזם האלימות והאנרכיה שתוארו בו, אולי במטרה לעלות את העניין הצהוב והרייטינג בסרט. אבל משיחות עם כמה בוגרי המדרשיה אני למד כי הסרט מתאר די נאמנה את מה שהתרחש במדרשיה בשנותיה האחרונות. מעניין אם משרד החינוך ידע על מה שהתרחש במדרשיה. תלמידים מספרים כי התבקשו לא להוציא דברים החוצה כדי לא לפגוע בשמה הטוב של המדרשיה. בוגרי המדרשיה ממהרים להגן על שמה הטוב ומציינים כי האמור בסרט מתייחס לשנים האחרונות של המדרשיה ומדובר במדרשיה מפוארת שהצמיחה תלמידים מוצלחים רבים. למען הדיוק והאמת יש לומר כי תופעות האנרכיה וחוסר המשמעת היו במדרשיה עוד שנים רבות טרם סגירתה, אם כי לרוב, הדבר היה בשליטה ובוודאי לא בהיקף או בקיצוניות כמו בשנותיה האחרונות.

האנרכיה במדרשייה נוע בפרדס חנה הלכה והתעצמה בעיקר בשנים האחרונות ולפני סגירתה מעמדו של בית הספר ירד. ב-2007 נסגרה המדרשייה בפרדס חנה סופית והועברה לחטיבת הביניים של המדרשייה בקריית הרצוג בכפר סבא. מבני הפנימיה במדרשייה הועברו לרשות "בית אקשטיין" ואילו בניין בית הכנסת ובית המדרש אותו תיכננה האדריכלית ג'ניה אברבוך הועבר לשימוש חב"ד ולגופים נוספים. אדריכלית השימור ענת אסתרליס מספרת כי יש כוונה לשמר את מבנה בית הכנסת בשל ערכו האדריכלי וההיסטורי.