ארגון אל-קאעידה צמח מרחם תנועת "האחים המוסלמים" אולם זה לא מפריע למנהיג הארגון השיח' איימן אל-זוואהירי לתקוף בחריפות את התנועה ואת מנהיגיה בעבר ובהווה. כידוע, את ארגון אל-קאעידה ייסד ב1989 השיח' הפלשתיני עבדאללה עזאם, מבכירי תנועת "האחים המוסלמים" שלמד שריעה בסוריה ובמצרים והיה מורהו של
אוסאמה בן-לאדן.
לימים, נקלע אוסאמה בן-לאדן לחילוקי דעות קשים עם מורהו ועד היום יש המאשימים אותו בחיסולו של השיח' עזאם. מחודש יוני 2011 ועד היום עומד בראש הארגון השיח' איימן אל-זאווהירי, פעיל טרור ידוע ממוצא מצרי, שירש את אוסאמה בן-לאדן לאחר שהאחרון חוסל בידי חיילי ארצות הברית בפעולת קומנדו במקום מחבואו בפקיסטן.
אל-זוואהירי ממשיך באותה האידיאלוגיה של בן-לאדן השואפת להקים ח'ליפות איסלאמית בכל מדינות העולם על-פי האסכולה הסלפית באיסלאם הסוני הגורסת כי על כל מוסלמי חלה החובה להשתתף ב"ג'יהאד" (מלחמת קודש) כדי להחזיר את האיסלאם למקום הראוי לו. ארגון אל-קאעידה גם מותח ביקורת קשה על משטרים ערביים ומוסלמים שאינם פועלים בדרך האיסלאם הנכונה.
הקשר בין " האחים המוסלמים" לארגון אל-קאעידה איננו סוד בעולם הערבי,השיח' יוסף אלקרדאווי, המנהיג הבולט של תנועת "האחים המוסלמים" העולמית סיפר כמה פעמים בראיונות לתקשורת הערבית כי אוסאמה בן-לאדן היה תלמידו.
לפני כמה ימים, ב-14 באוגוסט, הפיץ איימן אל-זוואהירי סרטון וידאו ובו התקפה קשה על תנועת "האחים המוסלמים" במצרים ועל מייסדה השיח' חסן אלבנא שאותו הוא כינה במילים "צבוע ורמאי".
בסרטון הוידאו סוקר מנהיג אל-קאעידה כיצד מאז הקמתה שיתפו מנהיגיה של תנועת "האחים המוסלמים" במצרים פעולה עם שליטי מצרים החל מהמלך פארוק ועד לנשיאים, גמאל עבד אלנאצר, אנוור סאדאת ו
חוסני מובארק. אולם הוא ממקד את הביקורת שלו בנשיא מצרים לשעבר מחמד מורסי, אחד ממנהיגי "האחים המוסלמים" שהודח בהפיכה צבאית על-ידי הגנרל עבד אלפתאח א-סיסי, מורסי עצור כיום בכלא ואף עומד לדין בפני בית משפט מצרי.
אל-זווהירי טוען כי תנועת "האחים המוסלמים" הפכה לאויבת של מהפכת ה-25 בינואר 2011 שהביאה לנפילתו של הנשיא חוסני מובארק ועלייתו של מחמד מורסי לשלטון בבחירות ב-2012.
הוא מתח בדבריו ביקורת נוקבת על מחמד מורסי וטען כי אין הבדל בינו לבין הנשיא לשעבר חוסני מובארק מכיוון שמחמד מורסי הפך גם הוא ל "שליט חילוני של מדינה חילונית".
מורסי הכיר לדבריו בלגיטימציה הבינלאומית וב "הסכמי הכניעה" עם ישראל והשותפות עם ארה"ב ועד למעצרו לא עשה שום דבר כדי להילחם בתופעת השחיתות במצרים.
אל-זוואהירי מתח בדבריו גם ביקורת על תופעת "האביב הערבי" אשר לדבריו נכשלה במצרים, תוניסיה ותימן. דברי הביקורת הנוקבים של אל-זוואהירי עוררו תגובות חריפות של מנהיגי "האחים המוסלמים" במצרים ובעולם ורבים מהם תקפו אותו בדפי הפייסבוק שלהם, הם טענו כי איננו ראוי לתואר "אמיר המוסלמים" ודחו על הסף את ההאשמות שהפנה כלפי מייסד התנועה השיח' חסן אלבנא שהוצא להורג במצרים ב-1949.
מה דחף את מנהיג אל-קאעידה דווקא כעת לצאת במתקפה נגד תנועת "האחים המוסלמים" שממנה צמח ארגונו?
נראה כי יש לכך כמה סיבות, הסיבה העיקרית הינה העובדה שתנועת "האחים המוסלמים" העולמית תפסה מרחק בשנים האחרונות מכל הארגונים הג'יהאדיסטים ובראשם דאעש ואל-קאעידה מחשש מתגובת מדינות המערב וכדי שלא תואשם בתמיכה בטרור.
לכן החליט אל-זוואהירי לתקוף אותה בגלל צביעותה.
הסיבה השנייה קשורה לתחרות בין ארגון אל-קאעידה לבין ארגון דאעש. ארגון "המדינה האיסלאמית" האשים אל אל-קאעידה בסטייה מקו ה"הגיהאד" לאחר שהארגון הביע בעבר תמיכה והזדהות עם תנועת "האחים המוסלמים".
ארגון דאעש האשים בפרסומיו את הנשיא המצרי לשעבר מחמד מורסי כי הינו "כופר" בגלל שהשתתף בבחירות לנשיאות מצרים ב-2012. סיבה נוספת קשורה לאכזבתו העמוקה של מנהיג אל-קאעידה מתנועת "האחים המוסלמים", הוא סבר שיוכל למצוא בה בת ברית כדי לפעול נגד המשטר המצרי של הנשיא עבד אלפתאח א-סיסי הוא גילה כי היא חלשה ומפוצלת, לכן פתח במתקפה עליה.