הסעיף הבעייתי ביותר בהצעה הוא: "בית הדין המיוחד רשאי לסטות מדיני הראיות ומסדרי הדין המקובלים, בין השאר בשים לב לצורך בהגנה על נפגעי העבירה ובני משפחותיהם, בהקלה על שמיעת ראיות בהליכים מרובי נאשמים, בצמצומם של הליכי ביניים והליכים מקדמיים, בפומביות הדיון ובהנגשתו לקהלי יעד שונים בארץ ובעולם, ובנקיטת ההליכים ביעילות במטרה לעשות צדק; שר המשפטים רשאי לקבוע בתקנות, באישור ועדת החוקה, חוק ומשפט של הכנסת, הוראות לעניין זה".
הצעה זו היא הרחבה של ההקלה הקיימת בחוק לעשיית דין בנאצים ובעוזריהם, ולפיה "בית המשפט רשאי לסטות מדיני הראיה, אם הוא משוכנע שהדבר יועיל לגילוי האמת ולעשיית משפט צדק" ומחויב לנמק את החלטתו. אבל באותו חוק הסיבה ברורה: חלוף הזמן והרצח השיטתי של משפחות וקהילות שלמות, יצרו קושי ניכר בהבאת עדים וראיות. זה לא המצב ב-7 באוקטובר; יש שפע עצום של תיעוד מזמן אמת ועדויות לאחר מכן.
יתרה מזאת: החוק לעשיית דין מאפשר את הסטייה רק לצורך "גילוי האמת ועשיית דין צדק" ומחייב את השופטים לנמק מדוע, למשל, הם מכשירים עדות שמיעה או הגשת מסמך בידי מי שלא כתב אותו. ההצעה הנוכחית מעניקה אפשרות לסטות מדיני הראיות בשל שורה ארוכה של סיבות ואינה מחייבת הנמקה.
הדבר החמור ביותר הוא היכולת לסטות מסדרי הדין המקובלים, כולל "צמצום הליכי ביניים והליכים מקדמיים" ולשם "נקיטת ההליכים ביעילות", ללא כל נימוק. (אגב: רוטמן ומלינובסקי כנראה אינם יודעים שהם מאמצים דווקא את העיקרון של יצחק עמית, הטוען שההליכים המקדמיים בתיקים הפליליים חייבים להתקצר, ולא את גישתו של יוסף אלרון התומך במיצוי שלהם).
מה זה אומר? החוק, אם יתקבל, יסמיך את שר המשפטים לפרוט זאת לפרוטות. האם תישלל הזכות להעלות טענות זוטא נגד קבילות הודאות? האם ההגנה לא תוכל לדרוש גילוי מסמכים מעבר לאלו שתמסור לה התביעה? האם תורחב יכולתה של המדינה להטיל חיסיון על ראיות? האם בית המשפט יוכל לקבוע מראש כמה זמן יוקצב להגנה? האם עדויות שמיעה יוכשרו בצורה גורפת?
עוד מרכיב חסר תקדים בהצעה נוגע להליכים שלפני ההעמדה לדין: יוקם צוות היגוי של נציגים ממשרדי הביטחון, המשפטים והחוץ, אשר יקבעו את מדיניות התביעה בהעמדה לדין על-פי החוק - בניגוד לבלעדיות שיש לפרקליטות בנושא ההעמדה לדין. גם השיקולים יהיו חריגים: "הצוות יתחשב, בין היתר, בשיקולים הנוגעים לביטחונה של מדינת ישראל וליחסי החוץ שלה, לנסיבות העבירה, לזכויות נפגעי העבירה ולאינטרס הציבורי".