המסלול האחר, שלכאורה קל יותר, הוא מתן חנינה בידי נשיא המדינה, יצחק הרצוג. אלא שכאן נחזור לנשיא הרצוג הקודם – חיים הרצוג, בפרשת קו 300. בפרשה זו אנשי שב"כ רצחו מחבלים שבויים וראשי הארגון בידו ראיות במטרה להאשים בכך את האלוף יצחק מרדכי. הרצוג העניק על-פי המלצת הממשלה חנינות לראש הארגון, אברהם שלום, לבכיר יוסי גינוסר ולשני היועצים המשפטיים שלו – וזאת לפני שנפתחה חקירה נגדם.
בג"ץ אשרר את החלטתו, למרות שהייתה זו הפעם הראשונה (והיחידה עד כה) בתולדות המדינה בה ניתנה חנינה לא לאחר הרשעה, אלא כאמור עוד לפני שנפתחה חקירה. הנשיא מאיר שמגר והמשנה לנשיא מרים בן-פורת קבעו שאין מקום להתערבות חריגה ביותר בשיקול דעתו של נשיא המדינה, וכי במקרים חריגים ונדירים ניתן להעניק חנינה לפני חקירה; במקרה זה, ביטחון המדינה מצדיק אותה. השופט אהרן ברק סבר שלא ניתן להעניק חנינה בשלב זה.
במקרה של נתניהו, מדובר על חנינה בעיצומו של משפט – שוב מהלך חסר תקדים – דהיינו הרבה אחרי חקירה, אבל לפני הרשעה. האם בשלב זה ניתן להעניק אותה? את פסק הדין בפרשת קו 300 ניתן לפרש לשני כיוונים מנוגדים. האחד: אם אפשר להעניק חנינה לפני חקירה וכאשר אין כמעט שום ראיות, ודאי שנשיא המדינה יכול להעניק אותה כאשר יש לפניו חומר עצום כמו זה שבמשפט נתניהו. השני: לנשיא אין שום אפשרות להגיע למסקנות משלו, ודאי שלא לפני פסק דין; מעמדו של נאשם חמור בהרבה משל חשוד, ולכן לא ניתן להעניק לו חנינה.
התסבוכת אינה מסתיימת כאן. כאמור, בפרשת קו 300 קבעה דעת הרוב בבג"ץ, כי ביטחון המדינה (מניעת חשיפת המתרחש בשב"כ) מצדיק את הצעד החריג של חיים הרצוג. האם יש הצדקה ביטחונית למהלך דומה של בנו? על פניו, לא די באמירה כללית על מלחמה או דיפלומטיה, אלא יש להצביע על פגיעה ספציפית בביטחון המדינה אם לא תוענק החנינה – וזה אחרי שנתניהו עצמו הצהיר שיוכל לנהל את ענייני המדינה במקביל למשפטו. עם זאת, ברור שבית המשפט העליון אינו כבול לתקדימיו ויכול לקבוע כעת הלכה מרחיבה יותר.
ועוד נקודה: הנשיא רשאי להציב תנאים למתן החנינה. בדרך כלל הוא מקבל בנושא זה – כמו בסוגיית החנינה בכלל – את עמדת מחלקת החנינות במשרד המשפטים. אולם, יש לו סמכות מלאה להציב תנאים משלו. הרצוג יוכל לדרוש מנתניהו להביע חרטה וצער על מעשיו, כי אחרת – קשה להבין מדוע הוא מקבל חנינה חסרת תקדים בעיצומו של משפטו. האם נתניהו יסכים לאמירה שכזאת, אחרי דבריו בחקירתו הראשית? האם הוא יסכים לחנינה בתנאי שיפרוש מהחיים הפוליטיים? בכלל לא בטוח.
כל זה אינו אומר שאין היתכנות לסיום מוקדם של המשפט; מוחות יצירתיים, בקיאים ומבריקים – למשל של אהרן ברק – בהחלט יכולים למצוא פתרון. מבחינת השוויון בפני החוק – עקרון יסוד במדינה דמוקרטית – מה שעשוי להצדיק סיום שכזה הוא פרישה של נתניהו כחלק מרכזי ובלתי נפרד בהסדר. הוא אומנם יקבל הקלה שכמעט איש אינו מקבל, אך גם ישלם מחיר שרק הוא מסוגל לשלם. בהנחה שיהיה בכך כדי להתחיל לאחות את הקרע בעם, ובמיוחד להורות מעל סדר היום מהלכים אנטי-דמוקרטיים לפגיעה במערכת המשפט ובתקשורת, מן הראוי לעשות זאת.