התהליך הטיפולי שואף לתיקון מצב התזונה והמשקל, להשגת נורמליזציה של התנהגות האכילה ולבניית הגנות יעילות מול מכלול הקונפליקטים הרגשיים שהחולה נתונה בהם.
סיכונים פיזיולוגיים לעיתים גוררים התמקדות במצב הרפואי ובתיקון המשקל. אבל הטיפול בהפרעות אכילה מאופיין בשיעור נשירה גדול. ברוב המקרים, החולות שפונות למיון על-רקע עילפון, הפרעת קצב או דופק נמוך מיוצבות ונשלחות לביתן. רובן מוותרות על המעקב המומלץ במרפאה קהילתית, ומעגל הטיפול אינו אפקטיבי.
כישלון הטיפולים בהפרעות אכילה נובע במקרים רבים מטיפול שנותן מענה חלקי בלבד (רק פיזיולוגי או רק פסיכולוגי) למכלול הבעיות של הפרעה מורכבת זו. יש הסכמה בעולם כי להפרעות אכילה נדרש טיפול כוללני מידי צוות רב-מקצועי שנותן מענה להיבטים הפיזיולוגיים והפסיכולוגיים כאחד.
כיום נוטים לשלב שיטות ממגוון גישות טיפוליות. טיפול דינמי, טיפול דיאלקטי התנהגותי, טיפול התנהגותי-קוגניטיבי, טיפול נרטיבי, טיפול המתמקד בפתרון בעיות, טיפול משפחתי וכדומה.
במהלך הטיפול עוזרים לנערה ולמשפחתה לזהות את הדרכים שבהן המחלה משפיעה על תחומים פיזיים ורגשיים, חשיבתיים והתנהגותיים.
ההכרה בהשתלטות המחלה על חיי הקורבן ומשפחתו מאפשרת לפרט לפתח עוינות כלפי המחלה וליצור ברית כנגדה. למרות הגישות האינטגרטיביות, הצוותים הרב-מקצועיים והמשאבים הרגשיים העצומים שמשקיעים החולות ובני משפחותיהן, שיעור ההחלמה חלקי. החולות מתקשות להצטרף לקואליציה כנגד הפרעת האכילה. מבחינתן, ויתור על המחלה הוא בבחינת ויתור על ההגנות שאימצו לעצמן, גם אם אינן יעילות. החרדה מפני תחושת התרוקנות, התפרקות, דיכאון, חוסר אונים וקונפליקטים נפשיים בלתי פתורים אחרים; הצורך בשליטה, בפרפקציוניזם ובהגנות כפייתיות - כל אלה מסבירים את התנגדות החולות לוותר על התסמינים. הפעלת עימות, שבו החולה נדחקת לקבל הנחיות, תגרום התנגדות לשינוי. בשל המאבקים הנערה מפנה את תוקפנותה לסביבה, והמחיר - אובדן האמון באחר ותחושת בדידות.