ישנם מחקרים רבים המנסים מזה שנים להבין את דרך הפעולה של אכינצאה על-ידי הבנת החומרים הפעילים ומנגנוני פעולתם ואכן ישנה התקדמות משמעותית בתחום זה בשנים האחרונות.
מתוך הניסיון הקליני הנצבר בברא צמחים, הצמח הוא ללא ספק מהחשובים ביותר לחיזוק יכולת העמידות של הגוף על-ידי חיזוק וויסות פעולת מערכת החיסון ומערכות נוספות בכמה רמות:
קו הגנה ראשון - בריריות השונות בגוף:
ברמה הפשוטה ביותר, הצמח מעצים את האפקט הכללי של מערכת החיסון על-ידי הגברת פעילותם של התאים הפגוציטים, כקו הגנה ראשון של מערכת החיסון Phagocytosis והנעה של זרימה לימפטית.
בניגוד לצמחים אחרים, הוא אינו משמש כמשקם ריריות, אלא מעלה את רמת התנגודת החיסונית שלהן, כאשר ידוע כי הריריות הן ברוב המקרים אזור החיץ המפריד בין הגוף הסטרילי כביכול, לסביבה החיצונית ה"מזוהמת" - במערכות הנשימה, העיכול, עיניים, גרון וחלל הפה וגם במערכת השתן. ברוב המקרים (למעט זיהומים עוריים), כאן פוגש המזהם לראשונה את הגוף. המערכה המתנהלת תקבע בסופו של דבר אם תתפתח מחלה סיסטמית, כאשר המזהם פורץ את הקו הראשון ואם לאו.
לכן, האכינצאה יעילה לשימוש במצבים זיהומיים של אותם האזורים, במיוחד במצבים של זיהומים חוזרים, המעידים על רמת תנגודת נמוכה של הרקמה.
לדוגמא: ילדים/מבוגרים הסובלים מנזלת תמידית או שיעול תמידי, ה"תופסים" כל וירוס שעובר בסביבה וגוררים את הזיהום לשרשרת בעיות ומעגל חולי המתמשך תקופה ארוכה. האכינצאה יעילה במיוחד בקרב ילדים ותינוקות למגוון גדול של בעיות זיהומיות, כאשר קו הגנה זה עדיין פרוץ, עד להשלמת ההתפתחות הביולוגית.
כהמשך ישיר לכך, לשורשים פעילות אנטי בקטריאלית ישירה (בכל הזנים) ופעילות אנטי ויראלית ישירה, בעיקר של הפרחים (במיוחד ב-E. purpurea). החשיבות של אפקט זה היא אומנם נמוכה יותר ויעילה במיוחד בשימוש מקומי, אך אף היא מוסיפה מבחינת ההחלשה והמיגור של הגורם המזהם ליכולת העמידות של הקו הראשון, בסינרגיה כללית של מגוון פעילויות האכינצאה.