ספר יונה הוא סיפור סירובו של הנביא למלא את שליחותו, בריחתו ממנה והתכחשותו לה. קביעה זו אינה מצריכה התבוננות מעמיקה בכתוב: מיד בפתיחת הספר, עם הוראת ה' ליונה ללכת לנינוה ולהינבא עליה, נמצא כתוב: "ויקם יונה
לברח תרשישה מלפני ה' וגו'" (פרק א', פס' 3). יונה אינו מעוניין לקבל עליו שליחות שעם תוכנה אינו יכול להזדהות. לפי שהוא מכיר את מידות ה' ויודע כי ה' מגביר את מידת הרחמים על מידת הדין ו"ניחם על הרעה" (ד,2), ומשום שאין הוא יכול להשלים עם אפשרות של מחילת ה' לאנשי נינוה, מעדיף יונה לברוח מן המשימה שהוטלה עליו ולו גם יהא מחיר הבריחה מוות.
חלקו הראשון של פס' 3 הינו אמירה כללית אשר החל מחלקו השני ועד סוף פרק א' הולכת ומתפרטת בסיפור ניסיון הבריחה והמאורעות שנקרו בדרכו של יונה בנסיונו זה. ובכן, יונה מבקש לברוח תרשישה: "...
וירד יפו וימצא אניה באה תרשיש ויתן שכרה
וירד בה לבוא עמהם תרשישה מלפני ה'" (א,3). הבריחה, ההתנכרות לשליחות, מבטאת תהליך של דקאדנס. עובדה זו מצוירת על-ידי הסופר - הממחיש הגיגיו בסיפור מעשה - באמצעות השימוש החוזר בפועל 'וירד'. מבחינה פיזית, יונה יורד לנמל יפו (מירושלים?) ומשמצא אונייה המפליגה למחוז חפצו, הוא ממשיך ויורד אליה מן הרציף. פעם נוספת מופיע אותו שורש בפס' 5, לאחר פרוץ הסערה שהטיל ה' בים והתקפת האמוק שאחזה במלחים: "...ויונה
ירד אל-ירכתי הספינה וישכב
וירדם". מבחינה נפשית, החל מן הרגע בו מחליט יונה לברוח משליחותו, ולפיכך במידה מסוימת אף מעצמו, הוא שוקע בתהליך גובר של פיחות ערך עצמו, תהליך המצויר במוחש בתמונות של 'ירידה'. והנה, לאחר הציון הכללי בדבר הבריחה ושלושת שלבי הירידה, מצטרף אלמנט חדש המחזק ומבטא היטב את תהליך ההידרדרות הנפשית, שהוא כאן הנושא המופשט הניצב בבסיס ההתארעות, מעבר לעיצוב האמנותי הפרוזאי-מוחשי, המתאר את דבר הירידה הפיזית. אלמנט זה הוא כמובן ההירדמות (וכן פס' 6: "...מה לך נרדם וגו'"). ובכן, עד כדי כך ירד יונה: בעוד מסביב הומה הסער, משתוללת סופה, הספינה בסכנת טביעה, אנשיה אחוזי האמוק כמעט נטרפים בדעתם, ואילו יונה יורד לבטן הספינה, שוכב ונרדם. דומה כי אין לו עוד כל עניין בנעשה סביבו והוא מאבד קשר עם המציאות החיצונית. הסירוב לה', ההתנכרות לשליחות, הביאו עמם בריחה וזו מגבירה את הניכור.
הירידה הפיזית אינה אלא סמל לירידה רוחנית ולפיחות ערכם וחשיבותם של החיים. הבריחה מן השליחות כמוה כבריחה מן החיים בכלל והחיים האישיים בפרט. לנוכח הסערה, מתנכר יונה לכל הסובב ומפגין אפתיה מוחלטת. ההירדמות מסמלת כי נשלמה בריחתו מן המציאות. והרי ברור כי אין הירדמות זו תוצאה של תשישות גופנית בשל השקעת מאמץ רב בניסיון לחלץ הספינה מן הסכנה אליה נקלעה. להפך, הירדמות זו, על-אף התנאים החיצוניים שכלל אינם אופטימאליים לשינה, נובעת מהירידה הנפשית המתמדת שהביאה את יונה לכדי דלדול מוחלט של מאגרי תעצומות הנפש, עדי ויתור על נטילת חלק פעיל בהתרחשויות, במציאות החיצונית. לפי עצם העניין, הרי שבהירדמותו זו בשעה של סכנת חיים מוחשית, מודה למעשה יונה כי אין לו עוד כל חפץ בחיים. הפאטאליזם של האישיות הנבואית מתואר כאן כאשר הוא מופנה אל אותה אישיות עצמה בעוד היא מתנכרת לשליחותה. כלומר לא כלפי פשעי הגויים זה כנגד זה ולא כלפי חטאי ישראל, כי אם זאת הפעם כלפי האישיות הנבואית עצמה. וככל מאבק, גם מאבק זה של האישיות הנבואית מתנהל בלא פשרות: במידה שהחליטה אישיות זו לסרב ולברוח, הרי היא מקצינה סירובה ובריחתה עד הסוף, עד אובדן, עד מוות.
יונה מוצג כאן בניגוד גמור לאנשי האונייה. הנוכרים תאבי-החיים מוכנים לעשות כל דבר ובלבד שימנע את אובדנם ואילו יונה בורר מבין האפשרויות הניצבות בפניו דווקא את האבדון. ואולם יונה אינו מעוניין להתאבד אלא מעדיף בהחלט להיאבד באמצעות פעולתם של אחרים (וכן שאול, שמ"א לא,4. ואבימלך, שופ' ט,5-4).
בשלב זה נערכת בספינה התארגנות והערכת מצב מחודשת במסגרתה עובר יונה תחקיר מקיף בדבר מוצאו, אמונתו ועיסוקו. יונה אינו מסתיר דבר ואנשי האונייה למדים כי בשל מנוסתו מפני ה' באה עליהם הרעה הנוראה בדמות סערת ים וסכנת מוות. אומר יונה: "
שאוני והטילני אל-הים וישתק הים מעליכם, כי יודע אני כי בשלי הסער הגדול הזה עליכם" (א,12). בזאת נותן הנביא ביטוי חד וחלק לרצונו להמשיך ולרדת והפעם לשקוע לעד במצולות הים, לרדת למקום הנמוך ביותר שממנו לא יוכל עוד לעלות. אכן כבר בין חז"ל היה זה רבי יונתן שהבחין נכונה בכוונתו האמיתית של יונה: "לא הלך יונה אלא לאבד עצמו בים" (מכילתא דרבי ישמעאל, בא, הקדמה). אומנם הגויים לא ששו לבצע את עצת יונה ואולם לאחר שכל ניסיונותיהם לחתור חזרה לחוף עלו בתוהו לנוכח הים הסוער, הם נושאים תפילה לה' ומבקשים להזכיר כי את רצונו הם עומדים לקיים: "
וישאו את-יונה
ויטלהו אל-הים, ויעמד הים מזעפו" (א,15). בשימוש החוזר באותם הפעלים - 'שאוני והטילני' (פס' 12), 'וישאו... ויטלהו' (פס' 15) - מסיר המחבר את האחריות מאנשי האונייה ומטילה על יונה כנושא דבר ה': המלחים ביצעו במדויק את אשר דרש מהם יונה לבצע.
לכאורה, עד כאן השיג יונה את מבוקשו. תהליך הירידה הביאו עד השלכתו למצולות הים, עד ויתור מוחלט על החיים. אולם למעשה מתברר שוב כי העניינים מנוהלים בידי ה' המזמן "דג גדול לבלע את-יונה, ויהי יונה במעי הדג שלשה ימים ושלשה לילות" (ב,1). שם נושא יונה תפילתו לה' ובין השאר מכנה את המקום בו הוא נמצא כעת "בטן שאול" (ב,3), כלומר בתחתית התחתיות, בעולם התחתון ביותר.
אם כן, זהו תהליך ירידתו המתמדת של יונה הנובעת מסירובו למלא את השליחות שהוטלה עליו. "יונה נאבק על זכותו שלא למלא את אשר זר לרוחו שכן אז תסתלף מהותו... הסירוב למלא את השליחות הוא אפוא המאבק לשמירת האותנטיות שלו" (ש. אברמסקי, "התנכרותו של יונה ותשובתו", בית מקרא, כד (ד), עמ' 380). אולם יש לציין כי במאבק זה כנגד קבלת השליחות מאת ה', כפי שלמדים מהידרדרותו של יונה, המוצא היחיד הוא פתרון האבסורד של ההתאבדות ואל מוצא זה נדחק-נדחף יונה. "שלילת חייו היא לו הפתרון לשלילת עצמו כשליח ה', כנביא" (שם, 376).
במסגרת הסיפור ולפי מהלכו עד כאן, נראה לכאורה כי פתרון ההתאבדות היה תואם ואמין יותר. אולם מובן שהמחבר בונה כל זאת על-מנת ליצור תשתית למפנה שיחול עם הופעת היסוד הניסי, הלא רציונאלי, שיבטא באופן נחרץ את התערבות ה' ברצף המאורעות. וכך, פתרון ההתאבדות נשלל במוחלט ונדחה, ותחתיו נשלח למערכה 'דג גדול' אשר הופעתו בסיפור מגבירה בכוונת מכוון את היסוד הניסי כיאה להשפעת התערבות ה'.