את סימני השאלה הראשונים באשר לגרסה הרשמית של הפרשה העלה הפיסיקאי הישראלי נחום שחף, חתן פרס משרד המדע ליצירתיות מדעית (1997), המתמחה בבליסטיקה ובאלקטרו-אופטיקה. לאחר שפירט באוזני אלוף פיקוד הדרום, יום-טוב סמיה, את השערותיו הראשונות, הוא מונה לעמוד בראש ועדת חקירה מטעם הצבא לבחינת האירוע, שהתרחש בצומת נצרים בסוף ספטמבר 2000. חקירתו התמקדה בניתוח גיאומטרי ובליסטי של צילומי האירוע, סרטי מזל"ט, ושחזור של התרחיש במתחם שנבנה במיוחד לשם כך, לאחר שהזירה המקורית פורקה מסיבות ביטחוניות. תוצאות התחקיר העניקו את ההוכחות הראשונות לכך, שאם אכן נפגעו א-דורה ובנו מאש חיה, זו לא יכולה הייתה להגיע אלא מכיוונם של צלפים פלשתינים שהתמקמו בזווית ישרה מולם.
ממצאי התחקיר הוצגו במסיבת עיתונאים (27.11.2000), אבל זה היה מעט מאוחר מדי. התקשורת הישראלית כבר הפנימה את הנרטיב הפלשתיני, בפרט בעקבות הודאתו התמוהה של צה"ל באחריות. המיתוס כבר הספיק להכות שורש ולזרוע זעם ושאיפות נקם במוקדי אלימות בעזה ובגדה. אולם חמור מכך, מהימנותו של התחקיר בכלל, ומעמדו של נחום שחף, ספגו מכה תדמיתית קשה. הארץ הקדיש לנושא מספר מאמרים בראשית נובמבר 2000, שבהם הטיל דופי במקצועיותו של שחף ובמהימנות הוועדה, שלגביה התנסח במונחים כמו "איוולת נמשכת" או "דרכו המשונה של צה"ל לחקור את הריגת הילד בנצרים". באווירה זו, ממצאי התחקיר התקשו מאוד להתקבל בציבור כאמינים.
שחף המשיך בתחקיר באופן עצמאי, אולם בדרך כלל לא זכה לחשיפה תקשורתית אצלנו, למעט מקרים בודדים, כגון סדרת מאמרים שפרסם אמנון לורד ב"מקור ראשון" בשנת 2002. בחו"ל הוא דווקא עורר עניין. למחקרו הוקדשו מאמרים ב"וול סטריט ג'ורנל" (26.11.2004) וב"אטלנטיק" (יוני 2003), שם פרסם מאמר מקיף ג'יימס פאלווס, מבכירי העיתונאים בארה"ב ומי שהיה מחבר הנאומים של הנשיא ג'ימי קרטר ומקורבו של הנשיא ביל קלינטון. בראשית 2005 הוזמן שחף להרצות בפני הוועידה השנתית של האקדמיה האמריקנית למדעים פורנזיים (AAFS) – אחת הבמות המדעיות המובילות בתחום מדעי המשפט, וכן בפני פורומים מקצועיים דומים באוניברסיטאות אמריקניות. לתחקיר הצבאי שניהל התווספו עם הזמן פרטים וממצאים חדשים רבים.
להתפתחויות אלה כמעט שלא היו הדים בישראל, עד שנת 2007. בשנה זו הגיעה לשיאה בצרפת דרמה משפטית, שהחזירה את הדיון בפרשת א-דורה לכותרות גם בארץ.
דווקא בצרפת, שם שודרה העלילה לראשונה, התנהל המאבק המהותי ביותר על חשיפת האמת. פיליפ קרסנטי, פוליטיקאי צרפתי, נבחר ציבור (המשנה לראש עיריית נואיי) וחוקר תקשורת עצמאי, התבסס על ממצאיו של שחף, אסף עוד ראיות, גבה עדויות ונועץ במומחים נוספים. משסיכם את מסקנותיו, קבע באתר האינטרנט שלו (22.11.2004) כי רשת הטלוויזיה "פראנס 2" שידרה אירוע מבוים, וכי כתב הרשת בישראל, שארל אנדרלן, לא דיבר אמת כשקבע באופן חד-משמעי כי הילד מוחמד א-דורה מת מאש חיילי צה"ל. קרסנטי נתבע, נמצא חייב בהוצאת דיבה, הגיש ערעור על פסק הדין וזכה בו.
בשיחת טלפון שהתקיימה לפני חודשים אחדים, הוא מספר על תחושה של אכזבה מתמשכת. כמרצה מבוקש בעולם וכמי שזכה בבית משפט צרפתי בתביעה נגדו על הוצאת דיבה, הוא עדיין מתקשה להשיג חשיפה הולמת לממצאיו, בעיקר בישראל. דלתות הממסד הישראלי סגורות בפניו. דיפלומטים בכירים ונציגי משרד החוץ מתנערים מפניותיו, על-אף שבידיו התחמושת הנחוצה למלחמה ברדיפת ישראל המתמשכת מצד המדיה המערבית. גם התקשורת הישראלית מגלה היסוס ביחסה לסיפורו. "הקושי הגלום בחשיפת האמת בפרשת א-דורה הוא, שאמת זו אינה משרתת שום אינטרס", הוא אומר לי באירוניה, "זולת האינטרס הכללי וההיסטורי של העם היהודי ושל מדינת ישראל".
בעקבות המשפט המתוקשר, שידר הערוץ הראשון בישראל את סרטו של יורם שפר – "ספין או סמל" (3.3.2008), שהביא לראשונה בפני הציבור בישראל סקירה ממצה של הממצאים, ואת סיפור המאבקים שניהלו שחף וקרסנטי. אולם גם זכייתו של קרסנטי בדין לא הועילה: שחף הוסיף להיות מתויג כ"תמהוני", וההסברה הישראלית הוסיפה להתעלם מגילוייו. ואילו קרסנטי, למרות שהפך לאייטם מבוקש ולנושא הדגל במאבק בכלי התקשורת בצרפת, לא מצא עדיין את הדרך להפוך את עמדותיו לעמדה הרשמית של הדיפלומטיה הישראלית. מדוע את המאבק התקשורתי בגרסה המופרכת של מות הילד מוחמד א-דורה מנהל אזרח צרפתי ולא איש משרד החוץ הישראלי? ומדוע סרט ישן של אזרחית גרמנייה על הפרשה נחשף בישראל רק לאחרונה? האם אף עיתונאי ישראלי אינו מסוגל לנוח לרגע מחשיפת "פשעי" צה"ל בשטחים, כדי לחשוף את השקר הפלשתיני הגדול?