עיקר המהומה נסב על המתרחש במעבדה צנועה למראה, אשר שייכת לרשות העתיקות. מלבד שבע המגילות המוצגות בהיכל הספר שבמוזיאון, נמצאים עוד אלפי קטעים בידי רשות העתיקות. מדובר בכ-15 אלף קטעי מגילות המשתייכים ל-600 חיבורים שונים לכל הפחות. "המגילות כוללות את כל ספרי המקרא חוץ ממגילת אסתר, יותר מעותק אחד מכל ספר, כמו גם מזמורים, תפילות, כתבים חיצוניים וכתבים כיתתיים", מסבירה פנינה שור, מנהלת תחום טיפול ושימור ברשות העתיקות.
שור מפרטת את תהליכי השימור השונים שעברו על מקטעי הקלף מאז נמצאו במערות: בתחילה, בשנות ה-50 של המאה העשרים, ניצבה קבוצת חוקרים נחושה מול אלפי הפיסות שהובאו אליהם למוזיאון רוקפלר בתוך קופסאות סיגריות ושאר מכלי אחסון מזדמנים. החוקרים ערכו עבודת מיון ראשונית, אך דקדקנית. "כל שני קטעים שנראו להם קשורים זה לזה הם הדביקו בסלוטייפ, ומקטעים קשורים הונחו בתוך זוג לוחות זכוכית שהודבקו אף הם בנייר דבק. כך נוצרו 1,267 לוחות עם קטעי מגילות", היא מתארת. "הם כמובן עשו את הטוב ביותר שידעו בתחום השימור, ומבחינת המיון הם היו גאונים - כי כדי ליצור את הלוחות הללו היה צורך בידע עצום בכתבים היהודיים ובתיאולוגיה. אך יחד עם זאת, עם השנים התברר שזה פשוט הרסני, כי הדבק שבתוך הטייפ נכנס לקלף ומכלה אותו".
בשנות ה-70, לאחר מלחמת ששת הימים, הועברו הלוחות שהיו שמורים במוזיאון רוקפלר למוזיאון ישראל. "כבר אז ידעו שנעשו שגיאות. אז התחילו לפתוח את הלוחות, והחליפו את הסלוטייפ בדבק פרספקס ונייר, אבל אחרי 400 לוחות נגמר להם התקציב", אומרת שור. שאר לוחות הזכוכית נשארו לשכב באותו מצב שבו הונחו בשנות ה-50, עד להקמת רשות העתיקות ב-1990. זמן קצר אחר כך, החלו שוב לטפל במגילות.
"כשהוחלט להקים את מעבדת השימור, הדבר הראשון שעשו זה לחפש את המומחה בה"א הידיעה לשימור כתבי יד", ממשיכה שור. "גייסו את אסתר בויד-אלקלעי, מומחית לשימור נייר, שבחרה את ארבע הנשים שעובדות עד היום כמשמרות במעבדה. הן היחידות בעולם שמורשות לגעת במגילות עצמן. יחד עם לנה ליבמן, לימים ראש המעבדה, הן ערכו במשך שנה בדיקות וניסיונות בשיטות טיפול ושימור שונות".
בינואר 1993 הגיע למעבדה צוות מומחים בינלאומי: משמרים מספריית הקונגרס בוושינגטון, מומחים ממכון גטי לשימור בארה"ב ומומחים מאנגליה. "כולם", מספרת שור, "ישבו פה ועזרו לנו להחליט איך לטפל במגילות. על סמך הפרוטוקול שהצוות הזה כתב עובדים עד היום".
תהליך העבודה, המתמשך כבר 18 שנים, כולל הסרה של שרידי נייר הדבק וניקוי של קטעי הקלף. "אנחנו לוקחים לוח לוח, קטע קטע, ומטפלים. זה הליך ארוך, מייגע, דקדקני וסיזיפי כמעט. העבודה על כל סנטימטר מרובע נמשכת כשלוש שעות. גם הלכלוך שמורידים במהלך הניקוי נשמר ומסומן, כדי שיהיה אפשר לשייך אותו לקטע הספציפי. בינתיים, 95% מהלוחות נפתחו כבר וטופלו", היא אומרת. "הקטעים המטופלים מונחים לאחסון בין לוחות קרטון נטולי חומצה וחומרים 'נושמים', במקום לוחות הזכוכית שהפעילו לחץ ומנעו אוורור – ואז נשמרים במחסן מבוקר אקלים, התואם את תנאי החושך והטמפרטורה שנמדדו במערות".
תהליך השימור נשמע מיטבי למאזין הפשוט, אך מתברר שהתהליך הספציפי של ניקוי הדבק נמצא תחת ביקורת קשה של כמה מומחי שימור, הטוענים שבעצם ממשיכים לגרום כאן נזק חמור למגילות. ד"ר רבין מספרת שפנתה בעניין גם למבקר המדינה. ממשרד המבקר נמסר ל'מקור ראשון' שבעקבות הפנייה הם ביקשו בזמנו תשובות מהרשות לעתיקות, ואלו נמצאו מספקות בעיני המשרד.