לא רק אור היה ביחסי העם היהודי והרוסי. גם חשכה רוויית אלימות ורדיפות. בסוף המאה ה-19 ובראשית המאה ה-20 נמצא הקיבוץ היהודי הגדול ביותר של יהודים בגבולות האימפריה הרוסית הצארית. ובשנת 1914 נאמד מספרם של יהודי רוסיה ביותר מ-6 מיליון. רוסיה שימשה באותה תקופה מרכז חברתי, דתי ולאומי ליהודים. בימי הצארים אלכסנדר השלישי וניקולאי השני נערכו פרעות ופוגרומים רבים ביהודים, שהגיעו לשיאם במשפט בייליס וקודם לכן בפרעות קישינב שזכו לביטוי כואב ומצמרר בשירה העברית.
הדחת הצאר ניקולאי השני והקמת ממשלה דמוקרטית הביאה ליהודים אמנציפציה: חופש תנועה ומגורים, ביטול ההגבלות בקניין וברכוש,
חופש העיסוק, קבלת משרות בשלטון ובצבא, אפשרות ללמוד בבתי ספר כלליים, ועוד. היהודים החלו לנצל את זכויותיהם החדשות: התנועה הציונית התחזקה ברוסיה, קמו בתי ספר עבריים, קמו מפלגות יהודיות, עיתונים וספרים עבריים ועוד.
היהודים היו גם בין מובילי המהפכה הבולשביקית מתוך אמונה כי השלטון הקומוניסטי החדש, הקורא לשוויון, יצליח למחוק את ההבדלים בין יהודים לגויים. המהפכה הקומוניסטית הבטיחה שוויון זכויות ליהודים ברוסיה כיחידים ולא כאומה נפרדת.
ואכן, הממשל הבולשביקי פרסם ב-1918 פקודה לחיסול האנטישמיות ומאבק בפוגרומים, משום שהאנטישמיות סימלה את ימי שלטון הצאר. הפקודה קבעה כי גילוי אנטישמיות הוא פשע פלילי, והממשלה הסובייטית נקטה בשיטות הסברה ואף באמצעי ענישה נגד הפורעים. לנין הבין כי הפרעות ביהודים מסכנות לא רק את היהודים, אלא את עצם קיומו של המשטר הסובייטי. על-אף זאת סירב לנין להכיר בלאומיות היהודית. הוא טען כי היהודים אינם מהווים לאום, אלא שריד היסטורי שכל קיומו נובע מן האנטישמיות. על כן התנגד השלטון הקומוניסטי לשורה של גילויים לאומיים: הוא התנגד לטיפוח הלשון העברית והתרבות העברית הלאומית, מנע שמירה על ערכי הדת והמסורת היהודיים ושלל את השאיפה לתחייה לאומית של העם היהודי בארץ ישראל.
השלטון הקומוניסטי נאבק נגד היהדות כדת וכלאום, ונגד התנועה הציונית, וסגר את שערי בריה"מ בפני יציאת יהודים למולדתם. משפטי ראווה מבוימים, הוצאות להורג, מאסרי שווא ורדיפת התנועה הציונית בבריה"מ ליוו את ימי השלטון הסובייטי עד לנפילת האימפריה הסובייטית ב-1989.
יחסים מורכבים
לטוב ולרע
במהלך השנים ידעו גם יחסי ישראל בריה"מ ורוסיה עליות ומורדות. בישראל לא ישכחו את הצבעתה של בריה"מ בעד הקמתה של מדינת ישראל ב-29 בנובמבר 1947. כמו-כן את העובדה כי בריה"מ הייתה בין שלוש המדינות הראשונות שהכירו בישראל. הכרה זו התחלפה בצללים רבים לאורך השלטון הסובייטי. אספקת נשק בהיקפים עצומים ותמיכה פוליטית למדינות ערב עד כדי משלוח מטוסים וטייסים קומוניסטים לחזית נגדנו.
עם נפילת הקומוניזם נפתח עידן חדש בין שתי המדינות. עובדת הימצאותם של יותר ממיליון יוצאי חבר המדינות בישראל הפכה אותנו לכמעט מדינות אחיות. הסנטימנט האישי הפך להיות מרכיב חשוב ביחסי המדינות. אך לא רק הוא. האיומים בפניהם עומדות שתי המדינות, ובראשם ההכרח להתמודד נגד טרור הרוצח אזרחים תמימים ללא אבחנה בבתי ספר, במרכזי קניות ובתחנות רכבת, זהים ויוצרים זהות אינטרסים בין המדינות.
הקשר בין המדינות אינו רק בתחום ההגנה אלא גם במדע, בתרבות ובאמנות. קרנות משותפות לקידום מחקרי ננו טכנולוגיה הוקמו בעצם ימים אלו. שיתוף הפעולה בתחום החקלאות, בדגש על ייצור מזון, הולך ומעמיק. ערבי תרבות של מיטב אמני רוסיה ממלאים אולמות בישראל בדומה לערבים ישראלים במוסקבה, בסנט פטרבורג ובערים אחרות.
ב-9 במאי 2010, כאשר הנשיא הישראלי עמד לצידו של עמיתו הרוסי וסקר את המצעד הצבאי של הצבא האדום בכיכר האדומה לציון יום הניצחון על הנאצים, ניתן ביטוי גם למערכת היחסים המיוחדת בין העם היהודי לאומה הרוסית במשך מאות שנים.