בעוד שעלות מערכות "נאוטילוס" היא אפסית, עלות הרכישות בתוספת עלות התפעול המבצעית של מערכות "כיפת ברזל" עלולה לשבש תקציבית את מדינת ישראל ומסכנת את התמורות הנדרשות מהמחאה בקיץ האחרון. גם במישור הטכנולוגי למערכת האמריקנית יש יתרונות רבים לעומת "כיפת ברזל". אשר על כן, כמה אירועים המתפרשים גם כהכשלה בהבאת המערכת האמריקנית אינם מובנים ויש בהם הרבה תהיות שהרבה שאלות שכמה מהן בונות יחד פסיפס מוזר:
כשקוראים למשל בעיתונות כי ממשלת הודו מונעת מהתעשיה הצבאית הישראלית למכור שם 10 שנים ציוד ישראלי, עקב חשד לשוחד, נשאלת השאלה הכיצד? ובעניין אחר, מדוע דרשו האמריקנים את פיטורי מנכ"ל משרד הביטחון עמוס ירון? דבר נוסף, בראיון לעיתונאי
יועז הנדל, אמר ח"כ הפרופ'
יצחק בן-ישראל:
"בניסויים שנערכו בניו מקסיקו, על-ידי צוות הפיתוח, הוכיחה המערכת (נאוטילוס) 100% הצלחה. משנת 2000 ועד להקפאת הפרויקט בשנת 2004, הביאו איתם המדענים הישראלים עשרות קטיושות תוצרת המזרח התיכון וכולן ללא יוצא מן הכלל הופלו בזמן מעופן". פורסם ב 'מקור ראשון' ביום 29.12.2006.
פרופ' בן-ישראל אדם מכובד מומחה לטילים והיה גם ראש מפא"ת במשרד הביטחון עד סוף שנת 2002. אלא, שלאחר מכן שינה בן-ישראל דעתו ויצא נגד המערכת האמריקנית. מה קרה? מדוע?
באחת מפגישות שר הרווחה דאז בוזי הרצוג, ושל סגן השר וילנאי ועוזריהם, שאלו אנשי עוטף עזה האם "כיפת ברזל" תגן עליהם? בתגובתם המוזרה הזהירו המשיבים כאילו המתנגדים ל"כיפת ברזל" והמצדדים במערכת "הנאוטילוס" האמריקנית, קשורים עסקית עם היצרן האמריקני של מערכת נאוטילוס. רצה לומר, יש לאלה אינטרס כלכלי. האם התכוונו המשיבים גם למפקד חיל האוויר לשעבר, מנכ"ל משרד הביטחון לשעבר, שגריר ישראל בארה"ב לשעבר, דויד עברי? אין ספק שאלו הם דיבורים הגובלים ברשעות ובלשון הרע. ובכל זאת, מה הייה הצורך לכך?
ועוד תמוה, מדוע בעת הויכוח על פיתוח "כיפת ברזל", העיתונות הזרה והאינטרנט שרבבו את ממשלת סינגפור לתוכו? האם יש קשר? מאידך עלתה השאלה, האם התקבלה דווקא הצעת רפא"ל לחידוש הפרויקט "כיפת ברזל" כיוון שעמדה בפני מיעוט פרויקטים וסגירת מחלקות? ואז, האם הופיע בפני רפא"ל, מזכ"ל ההסתדרות לשעבר, בלבוש שר הביטחון,
עמיר פרץ, והחליט לחדש את הפרויקט לטובת "העובדים"? ללא שיקול אסטרטגי ממשי? ללא שיקול כלכלי ממשי? האם בכול התשובות הנחוצות לאלה השאלות מתבהרת לפנינו סוג של "תרבות" מסוימת? זו שוב העת, פעם נוספת לשאול, האם לפנינו "כיפת ברזל" כשמאחוריה מסתתר גם סיפור של "כיפה אדומה" בסגנון מודרני? אז מי כאן הזאב?
מאידך, אילו לא היו "מטרפדים" את הבאת נאוטילוס, אזי ייתכן כי היא הייתה כאן כבר ב-2004 במתכונת מבצעית. כך אולי היה נחסך הרבה אבדן יקר בנפש, ברכוש, וסבל ונזק לתושבים ולמדינה. יש הטוענים שגם מלחמת לבנון השנייה הייתה כבר אז נראית אחרת לגמרי, או אולי נמנעת, אילו.... ואולי לא היו ספקות כלכליים ליכולת המימוש של המלצות ועדת טרכטנברג.