לתנועה יש חמישה זרמים במצרים, הנבדלים ביניהם בהשקפותיהם. אחד הנושאים שבהם הם חלוקים הוא יחסם לסוּפיות.
א. הסלפית המסורתית
הזרם הסלפי מקורו עוד בתקופת הביניים האיסלאמית, ויוצג על-ידי ארגונים וקבוצות רבות מאז תחילת המאה ה-20, כמו ארגון "אלהדאיה" שהוביל מוחמד ח'דר חוסיין. ארגונים וקבוצות אלו, שקמו והתפרקו במהירות במהלך השנים, התמקדו בטקסים ובתפילות האיסלאמיים השונים, תוך טיהורם מהאלמנטים האסתטיים. הם מטיפים לקיימם לפי מה שהיה נהוג בתקופות הראשונות של האיסלאם, בעיקר בעידן מוחמד וחבר מרעיו ובתקופת ח'ליפות הראשדים. כמו-כן פעל זרם זה למען מה שהוגדר ההטפה לחיצוניות נאותה, כלומר לנהוג על-פי "סונת מוחמד" - הנחיות מוחמד - בכל הקשור למלבוש, לשער הראש, לזקן לגברים והחיג'אב והסתרת הקישוטים אצל נשים.
ב. הארגון השרעי לשיתוף בין הנוהגים לפי הקוראן והסונה
השייח' מחמוד ח'טאב אלסבקי, שהיה מבכירי אוניברסיטת אלאזהר, הוא מייסד "הארגון השרעי לשיתוף בין הנוהגים לפי הקוראן והסונה" שנוסד בשנות ה-90' של המאה ה-19, וכאשר חוקק במצרים חוק העמותות והארגונים, נרשם הארגון ב-1913 את הארגון בהתאם לחוק והוא ממשיך לפעול עד עצם היום הזה בכל רחבי מצרים. בדרך כלל מנהיגיה הם מבכירי אלאזהר. אומנם יש בו מטיפים שלמדו במוסדות חילוניים, אך התנאי לשילובם היה שיעברו הכשרה של שנתיים במכללה להכנת מטיפים השייכת לארגון, לפני שיוכרו כמטיפים ויורשה להם להטיף וללמד במוסדותיו.
תנועה זו עקרונית אינה מתערבת בפוליטיקה, אינה דנה בנושאים פוליטיים ואינה נוקטת עמדה פוליטית. אך מסיבות שונות היא הוציאה לאור, באמצעות חאג' עיסא עאשור, עיתון בשם "אלאעתסאם" שהוחלט כי הוא הביטאון הרשמי של הארגון. ביטאון זה כתב על נושאים פוליטיים כביטאון אופוזיציה, דבר שהביא את סאדאת להוציא אותו אל מחוץ לחוק, כפי שנהג עם כל כוחות האופוזיציה. בספטמבר 1981, לאחר חיסול סאדאת, חזר הביטאון לצאת לאור, עד למות מייסדו עיסא עאשור.
בשנים האחרונות הוציא הארגון לאור ביטאון חדש בשם "אלתביאן", הנוקט קו פוליטי דומה לזה של "אלאעתסאם", אך נותן ביטוי מועט יותר לגישתם של "האחים המוסלמים", למרות שעדיין ניתן לראות בו את טביעת אצבעותיהם. הוא אינו מקפיד על עיקרון היסוד של הארגון שלא לעסוק בפוליטיקה, ובכך פועל בניגוד לעמדותיו של מייסד הארגון אלבסקי.
הארגון השרעי, המונה עשרות אלפי חברים, התעמק בסוגייה הפוליטית, שכן היה עסוק בתקיפת חסרונותיו של המשטר במצרים, אך לא הציג פתרונות וחלופות. התמקדותו העיקרית היא בטיהור הדת מהאלמנטים האסתטיים ומסיפורי הבדיות. הוא נאבק בקבלת הברכות וכן בהשתטחות על קברי צדיקים, בנדרים ובתפילות בקברי הצדיקים. אומנם הארגון אינו מטיף לזרם דתי מסוים, אך חלק מחכמי הדת שלו נטו לזרם מסוים בהשפעת לימודיהם באלאזהר, ומטיפים המרכזיים שלו התבססו כמקור על ספרו של אלסבקי "הדת הטהורה", שהוא מעין אנציקלופדיה גדולה הנותנת מענה לכל הרעיונות הדתיים באיסלאם.
השקפתו של "הארגון השרעי לשיתוף בין הנוהגים לפי הקוראן והסונה" היא כי בעיית האומה האיסלאמית טמונה באלמנטים האסתטיים כן בטקסים הסוּפיים. טענתם היא, כי אם תטוהר הדת מכל אלה, יחזור האיסלאם לעוצמת כוחו וגאוותו. אך עמדתם היא כי הסופיות אינה מהווה זרם נפרד, בשל הסביבה הסוּפית שבה התחנך אלסבקי באלאזהר. זאת, אף שניתן להבחין בסוּפיות בשני זרמים: המתון - המחויב לחוקי הסונה, והקיצוני - שיש בו סטיות דתיות וערכיות מהאיסלאם.
ג. קבוצת תומכי הסונה המוחמדית
זהו זרם של התנועה האיסלאמית שהוא קיצוני מאוד בעמדותיו כלפי הסופים והסופיות. זרם זה הוקם על-ידי השייח' מוחמד חאמד אלפקי בשנת 1926 שקרא לו "קבוצת תומכי הסונה המוחמדית" והוא פעיל עד היום. אלפקי היה אחד מבכירי אלאזהר והיה מחברי "אלג'מעייה אלשרעייה", אך התגלעו חילוקי דעות בינו ובין אנשי אלאזהר באחת מן הסוגיות של הגדרת האלהים שהיא חלקיק ממדעי האמונה והיא מהמהות המבדילה בין פלגי האיסלאם השונים (מועתזלה, האשערים, הסונים, השיעים ואחרים). לכן הקים אלפקי את "קבוצת תומכי הסונה המוחמדית", שהיא בדעותיה הדתיות קרובה יותר לסונה מאשר ל"אלג'מעייה אלשרעייה", ומתמקדת במאבק נגד ייפוי המסגדים וקברות הצדיקים ובסוּפיות וטוענת כי הריחוק מן האיסלאם הטהור הוא אחד הגורמים לפרימיטיביות של האומה האיסלאמית. כמו-כן דוגלת הקבוצה בהחלת השריעה במישור השלטון המרכזי, דבר המצוי על סדר היום ובמצע של הארגון. אף על-פי שהם דורשים זאת בהטפותיהם ובשיעורים במסגדיהם, אין הם מקיימים שום פעילות פוליטית ליישום רעיונותיהם. חכמי דת רבים של קבוצה זו הם מבכירי אלאזהר עד היום, ויש לה סניפים במרבית המחוזות במצרים, אך היא פחות אקטיבית מ"אלג'מעייה אלשרעייה" למרות שעמדותיהם הדתיות הן דווקא יותר אקטיביות.
מורגשת חדירה של הסלפיות המסורתית והסלפיות הארגונית לארגון תומכי הסונה המוחמדית, כפי שמורגשת חדירתם של "האחים המוסלמים" לקבוצת "אלג'מעייה אלשרעייה". מספר חברי הארגון נאמד רק בכעשרת אלפים איש, אך כוחם מורגש בשל ריבוי עמותות הצדקה, המכללות הדתיות והמסגדים שלהם, ויש תנועות המשך של תומכי הסונה המוחמדית במספר מדינות ערב. אך אלה אינם כפופים אליה ארגונית, וההתארגנות החשובה ביותר שלהם מחוץ למצרים היא זו הנמצאת בסודן, שבה הם הקימו ארגון שהוא גדול וחזק מארגון האם שבמצרים. ככל הנראה זה נובע מחופש הפעולה שלו זוכים חברי הארגון בסודן בהשוואה לעמיתיהם במצרים. כמו-כן, יש לארגון תומכים במרבית מדינות אירופה. עם הזמן הפערים שבין הסלפים לבין תומכי הסונה אלמוחמדיה הולכים ונעלמים, בשל הדמיון הרב בין דעותיהם ועמדותיהם האידיאולוגיות דתיות.
ד. הסלפיות המסורתית המודרנית
זרם זה התפתח במתכונתו הנוכחית באמצע שנות ה-70' של המאה שעברה. חסידי פלג זה המכנים עצמם סלפים, אינם מאוגדים בארגון מסוים, אך הם מתגודדים סביב מספר שייח'ים שמהם הם לומדים. כל שייח' עם קבוצת תלמידיו מהווים ישות נפרדת. מספר החניכים שיש לכל שייח' משמש מדד להצלחת השייח' ולמוניטין שלו בתחום ההסברה. יש שייח'ים שמספר חסידיהם נאמד בעשרות אלפים ויש שייח'ים שעם חסידיהם נמנים עשרות בודדות בלבד. השייח' המפורסם והפופולרי ביותר של הזרם הזה, ד"ר אוסמה עבדל עזים, הוא פרופ' למשפטים באוניברסיטת אלאזהר, וטוענים כי יש לו למעלה מ-150 אלף חסידים הפרוסים ברחבי מצרים. זהו מספר גדול בהשוואה למספר החברים במרבית המפלגות במצרים, למעט מפלגת השלטון. למספר זה של חסידים יש חשיבות אם כולם פעילים ואינם מאזינים פסיביים בלבד. השייח' מוחמד מוסטפה אלדביסי מוגדר כסגנו של עבדל עזים והוא החשוב ביותר מבין עוזריו מאז הקמתו של זרם זה, על-אף שעד היום לא הוכרז כגוף ארגוני מוגדר.
זרם זה בדרך כלל אינו מתערב בפוליטיקה, מנהיגיו אינם מתבטאים בפומבי ואינם נוקטים עמדות פוליטיות בפומבי. אך הם נאלצים לשוחח על נושאים פוליטיים במענה לדרישות חסידיהם הקרובים ביותר. את זאת הם עושים במסגרת של דיונים סודיים בהשתתפות מספר מצומצם של חסידים מקורבים, וההתייחסות הפוליטית מצטמצמת רק להסברת גישתם למציאות הפוליטית ובעיותיה. היות שדיונים אלה מוגדרים סגורים, נאסר על הנוכחים לחשוף את תוכנם.
החזון לשינוי פוליטי וחברתי כלכלי של פלג זה מתמצה בפרשנותם לפסוק "אלוהים לא משנה את מצבם של אנשים עד שהם חותרים לשנות את המציאות של עצמם". על-פי תפישתם, שינוי המציאות של האומה האיסלאמית לטובה ייעשה רק כאשר כל מוסלמי ישנה את עצמו בהתאם לפרמטרים של האיסלאם, וישפיע על סביבתו הקרובה ועל שכניו וחבריו לשנות את אורח חייהם לפי מנהגי האיסלאם, ולטהר את הדת ממה שמוגדר כאלמנטים אסתטיים, בעיקר אלה הקשורים בסוּפיות ובקברי צדיקים. לשיטתם, יש למנוע ממוסלמים להתקרב לציוויליזציה המערבית ולתרבותה המנוגדות לערכי האיסלאם. שיטת ההשפעה לעשיית השינוי מוגבלת לדרשות יום שישי ולשיעורי דת במסגדים, בנוסף להטפות אישיות. כמובן, לאחר כניסתם של ערוצי לווין ואתרי אינטרנט לתמונה, החלו אנשי הזרם לשכנע עוברי אורח ויושבי בתי-קפה לבוא להתפלל במסגד ולשמוע את ההטפות של השייח'ים. כוחות הביטחון נהגו להעלים עין מפעילות זו בשנות ה-70' של המאה הקודמת, אך בשנות ה-80' הגבירו את לחצם, ובעקבותיו - פסקה הפעילות.
ה. ארגון אלדעווה ואלתבליע'
"ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע'" (קבוצת ההטפה והבשורה) הוא זרם משמעותי של "התנועה האיסלאמית המסורתית" במצרים ונחשבת לשנייה בחשיבותה לאחר התנועה הסלפית המסורתית. "ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע"' נכנסה למצרים באמצע שנות ה-70' של המאה שעברה, אף על-פי שמייסדה, ואליי אלדין אלקאנדהולי, הגיע מהודו ולא היו קשור כלל לאלאזהר. אך אלקאנדהולי הוא אחד השייח'ים הסוּפיים בהודו, והסוּפיות היא עיקרון מרכזי של אלאזהר.
כשנכנסה לעולם הערבי קבוצת "אלדעווה ואלתבליע'", השתלט עליה הצביון הסלפי כמו על מרבית הפלגים של התנועה האיסלאמית השונים, המחייב את כל הפלגים, ולו למראית עין, לנהוג לפי דברתו של הנביא מוחמד. הקבוצה גם הושפעה משייח' עיזאת איברהים שנכנס אליה, שהוא עצמו היה בעל נטייה סלפית.
"ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע'" הייתה ועודנה אחת הקבוצות האיסלאמיות הגדולות. מספר פעיליה במצרים נאמד בלמעלה מ -250 אלף איש, הצלחתה נובעת מאופיה הפשטני והנגיש, סגנונה האינטלקטואלי הפשוט, האפקטיביות של פעילותם והמוטיבציה של חבריה, כמו גם הימנעותה מהתנגשות עם הממשל, כך שכוחות הביטחון לא מנעו את התחזקותה.
שיטת הפעולה של הפעילים היא לצאת למסגדים הרחוקים מעיר הולדתם או אפילו מחוץ לגבולות המדינה, לשליחות של בין שלושה ימים עד לארבעה חודשים. זוהי יציאה למען אללה הכוללת שהייה במסגד מבלי לצאת ממנו מלבד לסיורים שמטרתם לקרוא לאנשים מהרחובות ובתי קפה לבוא אל המסגד.
"ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע'" דורשת מחסידיה לא לדבר על פוליטיקה או על קבוצות איסלאמיות שונות, על הבדלי פרשנות, או על הלא-מוסלמים. כמו-כן חסידיה נדרשים לא ללמוד לימודים חילוניים, כי הדבר מסית אותם מהדבר החשוב ביותר מנקודת מבטם - ההטפה הדתית.
ראוי לציין כי ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע' מהווה זרם רחב שעדיין פועל במרץ בכל רחבי העולם. יש להם תפקיד מרכזי ובולט במדינות שאינן מוסלמיות, בעיקר באירופה ובארצות-הברית, ודרכם מתאסלמים רבים במדינות המערב.
במצרים של שנות ה-70' של המאה ה-20, רבים מאלה שנטמעו בשורות התנועה האיסלאמית על כל פלגיה היו כאלה שהובאו למסגדים מן הרחובות, המועדונים ובתי הקפה על-ידי חברי "ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע'". לאחר שעברו סדרת הטפה והתחייבו לפעול לפי דרכי האיסלאם, כל אחד מהם בחר להצטרף לאחד מהפלגים - בין אם התנועה הסלפית או "האחים המוסלמים" או הג'יהאד האיסלאמי. זאת, בנוסף על האנשים הרבים שהחליטו לפעול בשורות "ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע'".
במהלך החקירה הנרחבת שהתנהלה לאחר הירצחו של סאדאת, שכללה את מרבית המנהיגים של כל פלגי התנועה האיסלאמית, התגלה כי רבים מחברים ומנהיגיהם, בעיקר ארגון הג'יהאד, החלו את התקרבותם האיסלאמית באמצעות "ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע'", ובין המפורסמים ביותר הוא עבוד אל זומור, אחד המנהיגים המוכרים ביותר של הג'יהאד האיסלאמי. כמו-כן הוכח כי השייח' איברהים עזת רמז למוחמד עבד אלסלאם פרג' תומך בדרכו של ארגון הג'יהאד האיסלאמי, ואף על-פי שהוא לא הצטרף אליו מסיבות השמורות עמו, לא התנגד לכך שהג'יהאד יפעלו לגיוס חברי "ג'מאעת אלדעווה ואלתבליע"' בסתר וייכנסו באופן פרטני לפעילות בשורות ארגון הג'יהאד. הציטוט המדויק של דבריו היה, "תפקידי להביא לכם את האנשים מהרחוב למסגד. עליכם לטפל בכל השאר".
לאחר שנחשפה עובדה זו לשירותי הביטחון המצריים, לא אפשרו הללו לארגון לפעול עד מותו של עזת, החל בסוף שנת 1981 ועד מותו. מותו של עזת לא איחר לבוא, והתעוררו ספקות רבים באשר לנסיבות מותו. נטען כי הוזרקה לו זריקה כאשר היה על ספינה שהפליגה לערב הסעודית, למרות שלא סבל ממחלה כלשהי.
לפי עדויות שלא זכו לסיקור תקשורתי, המהלך של השתלטות "האחים המוסלמים" על כיכר תחריר תואם לפרטיו עם נציגיו של
ארדואן, שביקרו במצרים שבועות אחדים לפני פרוץ ההפגנות ההמוניות.