הרב עובדיה הוא פוסק בעל רגישות עדתית מובהקת. הן בשבתו בבית הדין, והן על כס הרבנות, הוא נאבק לשמור את מנהגי העדות. אולם המושג "עדתי" אצלו הוא מושג יחסי: מחד-גיסא, "עדת הספרדים" צריכה להיות מובחנת מהעדה האשכנזית במבנה הלכתי מלוכד; וכדי להגיע לפסיקה עדתית-ספרדית מובהקת, הוא פועל לזקק את מסורת הפסיקה על-פי ר' יוסף קארו מסיגים שנקשרו בה במהלך השנים. מאידך-גיסא, בדרך הילוכו הוא מערער מסורות רבות, של בני כל העדות.
שאיפותיו של הרב עובדיה "להחזיר עטרה ליושנה" (לקבוע את הפסיקה הספרדית לפי ר' יוסף קארו, מחבר "שולחן ערוך", במקום לפי ר' חיים יוסף מבגדד, בעל "בן איש חי") נמצאות בתחום מאוד מציאותי, והאופק שלו אינו מגיע לכלל חזון של אחרית הימים. הוא שואף לחיות חיי הלכה מוצקים, המבוססים על אדני ההלכה המזוקקת ביותר, קרוב ככל האפשר למסורת התלמוד הבבלי, הגאונים, הרי"ף [ר' יצחק אלפסי] והרמב"ם. את המסורת הזו הוא מוצא בדמותו של ר' יוסף קארו, שזכה שפסיקותיו התקבלו בכל התפוצות.
הרב עובדיה מכיר באשכנזים כעדה נבדלת ואינו מתיימר לפסוק בעבורם. ייתכן שפה ושם, בחזון רחוק, מעבר לאופק הפעילות האנושית - מבטא הרב עובדיה שאיפה לחברה אחת בעלת מנהיגות ומנהג אחד, תחת דגלו של ר' יוסף קארו. אבל זוהי אמירה טריוויאלית, הנאמרת כשגרת לשון בכתבים של הרבה פוסקים, ואינה יכולה ללמד על מגמה פרגמטית של הפוסק המעשי - הרב עובדיה. בשום מקום לא הורה הרב עובדיה לאשכנזי לוותר על מנהגיו. יתרה מזאת, הוא מדגיש פעמים רבות שכל עדה חייבת במנהגי עדתה. בכל פסיקותיו הוא מסיים בהוראה לספרדים לחוד ולאשכנזים לחוד.
רבים מאוד מן הפוסקים הספרדים של התקופה האחרונה נשענו על מסורות קבליות והעדיפו אותן על פני פסיקת מרן [ר' יוסף קארו]. הרב עובדיה מבקש להחזיר גם בתחום זה את הפסיקה הספרדית למקורה, ולשחרר את ההלכה משלטון הקבלה שאחז בה. לצורך זה הוא מתחבר במהלך פסיקתו למסורת הפסיקה האשכנזית-ליטאית, שראתה בחיבור בין ההלכה לקבלה מעשה כלאיים.
הרב עובדיה הוא איש ספר. כל מי שקורא בכתביו שם מיד לב לכך שהוא מעדיף באופן ברור את המילה הכתובה על פני המסורת החיה. אמנם, לעיתים הוא בא חשבון עם אלה המקדשים את כל הכתוב בספר ומבקר אותם בחריפות. אך יחד עם זאת, הוא אינו מקבל מסורות שבעל-פה המערערות את הכתוב בספרות הקאנונית - בתלמוד, בפוסקים וכמובן ב"שולחן ערוך".
חזונו של הרב עובדיה הוא "להחזיר עטרה ליושנה", בדמות תלמידי חכמים ספרדים; הלומדים, מלמדים ופוסקים על-פי מיטב המסורת הספרדית, ובעיקר על-פי מורשתו של ר' יוסף קארו. החזית החשובה ביותר בעיניו של הרב עובדיה היא הישיבה. שלוש הישיבות שהקים, בראשות בניו, אמורות מבחינתו להעמיד את קבוצת ההמשך של דור בני תורה, האמונים על שיטת הלימוד והפסיקה שלו. הם ממשיכי דרכו הייחודית, בהעמדת כל הציבור המזרחי-ספרדי כקבוצה בעלת מסורת הלכתית אחידה. שיטת הלימוד והפסיקה עומדות בפיקוח מתמיד ומדוקדק על-ידי הרב עובדיה.
השחרור האיטי מכבלי הישיבה הליטאית, יחד עם ביצור תפקידי מפתח לתלמידיו בעולם הרבנות והדיינות בישראל, מעמידים את הרב עובדיה מעל כל הרבנים הפועלים בסביבתו, ומעניקים לו את התואר של האישיות שלאורה פעל כל השנים: "מרן".