על ההחלטה להסמיך את השב"כ באופן הזה הוגשה עתירה לבג"ץ. בפסק הדין נקבע, כי יש לפרש את חוק השב"כ כמאפשר לממשלה להסמיך את הארגון גם בתחומים שאינם נוגעים לביטחון במובן הצר, אך הביטוי "ביטחון לאומי" בסעיף שצוטט פורש כמתייחס למצבים של סכנה חמורה ומיידית לאזרחי ותושבי המדינה או לסדרי המשטר שלה. מבחן פרשני זה, כך נקבע, מורכב משני ממדים: מימד מהותי הבוחן את עוצמת הסכנה לאזרחי המדינה ולתושביה; ומימד הזמן, שעיקרו בבחינת מידיות הסכנה.
עוד נקבע, כי בנסיבות הייחודיות והחריגות שנוצרו ובהינתן סד הזמנים שהוכתב נוכח התפשטותו המהירה של נגיף
הקורונה – החלטת הממשלה להסתייע בשב"כ תואמת את הוראת הסעיף. עם זאת, הודגש בפסק הדין: "הבחירה לעשות שימוש בארגון הביטחון המסכל של המדינה לצורך מעקב אחר מי שאינם מבקשים לפגוע בה, מבלי שניתנה הסכמה לכך מצד מושאי המעקב, מעוררת קושי רב ביותר. האמצעים החריגים שננקטו כאן ננקטו יחס למצב משברי, חריג ונדיר בכל קנה מידה. עלינו לשמור מכל משמר שהאירועים החריגים שעמם אנו מתמודדים בימים אלה לא יותירו אותנו עם מדרון חלקלק של שימוש באמצעים חריגים ופוגעניים ללא הצדקה". על-רקע זה קבע בית המשפט, כי ככל שתידרש בהמשך ההסתייעות בכלי המעקב של השב"כ, יש לעגן את הדבר בחקיקה ראשית ובהסמכה מפורשת.
לקראת סוף חודש יוני 2020, בעקבות עלייה משמעותית בהיקף התחלואה בנגיף, החליטה הממשלה, כי יש צורך לחדש את השימוש בכלי השב"כ ולפיכך קידמה הצעת חוק בנושא, בהתאמה לאמור בפסק הדין. חוק זה נכנס לתוקף ב-21.7.2020 במתכונת של הוראת שעה, ואִפשר לממשלה להסמיך את השב"כ, למשך 21 יום בכל פעם, לאסוף ולעבד מידע טכנולוגי על מגעים שקיימו חולים מאומתים עם אנשים אחרים, במטרה לסייע למשרד הבריאות בביצוע חקירות אפידמיולוגיות. בפועל ניתנו החלטות הסמכה כאלה באופן רציף במשך למעלה מחצי שנה.
נגד החוק המסמיך ונגד החלטות ההסמכה העתיות עתרו ארבעה ארגוני זכויות אדם. בית המשפט העליון דן בעתירה בהרכב מורחב של תשעה שופטים. נקבע, כי מדובר בחוק חריג בנוף הישראלי והעולמי, והודגשו שוב הפגיעה בפרטיותם של האזרחים והקושי הרב שבהסמכת שירות הביטחון המסכל להפעיל אמצעי מעקב כלפי אזרחי ותושבי המדינה, באמצעות מנגנון ששקיפותו היא חלקית בלבד. בעייתיות זו, כך ציין בית המשפט, מתחדדת לנוכח העובדה שהחוק התיר לממשלה להסמיך את השב"כ לקיים מעקב גורף אחר
כל החולים המאומתים, מבלי לצמצמו למקרים שבהם החולה אינו משתף פעולה בחקירה האפידמיולוגית או שדיווח על אפס מגעים.
עם זאת, בית המשפט עמד על כך ש"מרכז הכובד" של הפגיעה בזכות לפרטיות, ובהתאם "מרכז הכובד" של הביקורת השיפוטית, איננו החוק אלא החלטות ההסמכה הקונקרטיות של הממשלה. זאת, שכן החוק אינו מסמיך כשלעצמו את השב"כ לנקוט פעולות כלשהן, אלא רק מעגן מנגנון שמאפשר לממשלה להכריז, במידת הצורך, על הסמכת השב"כ לתקופה מוגבלת. עוד הדגיש בית המשפט, כי החוק כולל מנגנוני איזון שמטרתם לִתחוֹם ולצמצם את הפגיעה בזכות לפרטיות – ובהם סעיף שלפיו הממשלה מורשית להסמיך את השב"כ רק אם שוכנעה שאין חלופה מתאימה אחרת, וכן הגנות שונות שנכללו בחוק בנוגע לשמירת המידע, להעברתו ולמחיקתו.
לעומת זאת, במישור המינהלי עמד בית המשפט העליון על פגמים מהותיים בהחלטות העתיות של הממשלה להסמיך את השב"כ לבצע מעקב מגעים – ובפרט היעדרם של קריטריונים מדידים וברורים שינחו את הממשלה בהפעלת
שיקול הדעת המנהלי לשם צמצום הפגיעה בזכות לפרטיות. בית המשפט הוסיף, כי החלטותיה של הממשלה לא נתנו ביטוי להתפתחויות בשטח. כך, לאורך התקופה הארוכה שבה הסמיכה הממשלה את השב"כ לבצע מעקב מגעים, חלו עליות ומורדות במצב התחלואה; מערך החקירות האפידמיולוגיות שודרג; פּוּתח חיסון לנגיף; ומרבית האוכלוסייה שהייתה נתונה בסיכון גבוה אף הספיקה להתחסן. חרף זאת המשיכה הממשלה להסמיך את השב"כ לבצע מעקב מגעים, מבלי לשנות את היקף ההסמכה.
בנסיבות אלה קבע בית המשפט, כי אם הממשלה תבחר להמשיך להסתייע בשב"כ, היא לא תוכל לעשות כן באופן גורף – אלא יהיה עליה לגבש קריטריונים אובייקטיבים באשר להיקף ההסתייעות בשב"כ, וההסמכה תהיה מוגבלת רק לאותם מקרים שבהם החולה המאומת אינו משתף פעולה בחקירה האפידמיולוגית, או שלא מסר כלל דיווח על מגעים.