המדינה לא קיימה את הנחיות פסק הדין בנושא גדר ההפרדה. התוואי החלופי שקבעה עדיין פוגע באופן לא מידתי בזכויות הקנייניות של תושבי בלעין על אדמותיהם החקלאיות. כך קבעה (יום ב', 15.12.08) נשיאת בית המשפט העליון, דורית ביניש, בבקשה לפי פקודת בזיון בית משפט שהגישו תושבי בלעין.
לפני למעלה משנה הגישו תושבי בלעין עתירה לבג"צ ובה נטען כי התוואי המתוכנן של גדר ההפרדה באזור בלעין מותיר את אדמותיהם החקלאיות בצידה הישראלי של הגדר, באופן הפוגע בצורה בלתי מידתית במרקם חייהם. בית המשפט העליון קבע באותו פסק דין כי הקמת הגדר צריכה לשרת תכליות ביטחוניות גריגא, ולא תכליות של סיפוחי שטחים ליישוב מודיעין עילית. בג"צ קבע כי התוואי המוצע ע"י המדינה משאיר את מרבית אדמותיהם החלקאיות של תושבי בלעין בצידה הישראלי של הגדר, כך שנגזל מהם מקור פרנסתם. אולם, באותה החלטה בג"צ נמנע מלהכתיב למדינה תוואי חלופי, וזאת משום ששיקולי ביטחון הם עניינה של המדינה ובג"צ אינו מתערב בהם. ברם, בחלוף חודשים רבים התוואי החלופי שתוכנן הותיר את המצב על כנו: שוב התוואי גילם שיקולים של הרחבת היישוב מודיעין עלית, תחת שינטלו בחשבון שיקולים ביטחוניים בלבד.
בצעד נדיר (שכן כמעט מעולם בהיסטוריה המשפטית של מדינת ישראל לא הופעל הליך של בזיון בית משפט כלפי המדינה) קבעה השופטת ביניש כי הגם שניתן למדינה פרק זמן ניכר להתוות תוואי חלופי, ומיקום התוואי הושאר לשיקול דעתה (בהתחשב בהנחיות בית המשפט) - התוואי הנוכחי ממחזר את כשליו של התוואי הקודם, ואינו מקיים את פסק דינו של בית המשפט העליון בשבתו כבג"צ.