הזכות להליך הוגן הינה זכות יסוד, בייחוד בהליך הפלילי. לצורך כך ניתן לעיתים לכופף את כללי הפרוצדורה, וזאת למען ערך בירור האמת. כך קבעו (יום ב', 30.3.09) שלושה שופטי בית הדין הצבאי לערעורים: אל"ם יאיר כץ, אל"ם יצחק מינא, וסא"ל יורם חניאל, בערעורו של תושב השטחים אשר נאשם בסדרה של עבירות כנגד בטחון המדינה והודה בכולן, למעט בעבירת הרצח של יאיר נבצאל ז"ל ובעבירת ניסיון הרצח של אמו, עדינה נבצאל.
בית הדין הצבאי לערעורים קבע כי היות ולא ניתנה לנאשם הזדמנות להתגונן בפני חלק מן הראיות אשר הוצגו בפני התביעה, שכן הן הוצגו לאחר שהנאשם הודה בעובדות לאור הסדר דיוני, צדק בית המשפט קמא כאשר
לא איפשר לתביעה להציג ראיות אלו.
עם זאת, קבע בית הדין הצבאי, אין להקל בעונשו של הנאשם אשר הקדיש את כל מרצו וזמנו להרג יהודים ולפגיעה בבטחון המדינה.
ברם, בית הדין הצבאי מצא כי הודאת הנאשם
שלא במסגרת הסדר טיעון הינה שיקול לקולא, שכן הוא לא הודה בכדי לקבל תמורה על כך, אלא לשם ההודאה. עם זאת, שיקול לקולא זה כבר שוקלל בגזירת עונשו של הנאשם ועל כן אין להקל בעונשו.