לטענת העותרת, ההסתדרות הרפואית בישראל, איגודם המקצועי של הרופאים, ההחלטה שלא למנות "שר בריאות במשרה מלאה" במשרד הבריאות סותרת את
חוק יסוד: הממשלה, ולמצער את תכליתו, שלפיה בראש כל משרד יעמוד שר, ועל כן
אינה חוקית, ותפקוד ראש הממשלה כשר הבריאות יהווה פיקציה.
הסעד שהתבקש הוא מינוי שר בריאות במשרה מלאה תוך שינוי בהסכם הקואליציוני הנזכר, כך שימונה שר בריאות; העותרת הדגישה כי אין בפיה כל טענה לגבי זהות הסיעה שתחזיק בתיק או מי שיחזיק בו מטעמה.
בעתירה נטען, בין השאר, כי מן ההסכם הקואליציוני עולה שראש הממשלה לא יתפקד בפועל כשר בריאות, ואילו סגן השר, בשל מוגבלות סמכויותיו הפוליטיות והסטטוטוריות, לא יוכל להעביר שינויים ורפורמות ולמלא כהלכה את התפקיד הנועד לשר, תוך שהאוצר ישתלט על הנעשה במשרד הבריאות. זאת, בשעה שבממשלה מצויים מספר שרים ללא משרד, ואילו מערכת הבריאות מצויה במשבר מחריף הדורש תוספת תקציב של מאות מיליוני שקלים.
העותרים הציגו שורה ארוכה של בעיות במערכת הבריאות אשר דורשות טיפול מיניסטריאלי דחוף, ואשר באין שר, נותרות בלא מענה, שכן לסגן השר סמכויות מנהליות בלבד, ולא סמכויות סטטוטוריות. בנסיבות שכאלו, טוענים העותרים, נופל המשרד לידי מגמות ההפרטה של האוצר.
לא זו אף זו, כאשר ראש הממשלה, אשר ממונה על העניינים הכלכליים הוא גם שר הבריאות, הוא מצוי במצב של
ניגוד אינטרסים, מקום בו האינטרסים של משרד הבריאות מתנגשים עם האינטרסים של משרד האוצר.
לאור כל האמור לעיל, טוענים העותרים, ההחלטה שלא למנות שר בריאות הינה
בלתי סבירה בעליל, אינה חוקית וסותרת את תקנת הציבור.
הממשלה טענה בתגובה, כי בהצגת הממשלה בכנסת נאמר שראש הממשלה יכהן, בין השאר, כשר הבריאות, והדבר אושר על-ידי 69 אל מול 45 חברי כנסת, ללא נמנעים.
כן טענה הממשלה, כי מינוי סגני שרים אינו מצריך שיהיו מעליהם שרים, וכי ראש הממשלה יכול לכהן כשר לעניינים שונים. כן נטען בידי המדינה כי מינוי שרים או סגני שרים הוא שאלה פוליטית ולפיכך, שיקול הדעת לגביו רחב, והביקורת השיפוטית מוגבלת למתחם מצומצם, מה גם שניתן אישור הכנסת למינוי השרים ועל כן אין עילה להתערבות.