הרב הרב הראשי לישראל הספרדי יצחק יוסף מבהיר כי הוא מוקיר ומעריך את תלמידי ישיבות ההסדר ואת תורתם, עומד בקשר תורני רציף עם רבים מהם בשיעורי תורה ובמו״מ הלכתי ומתנצל אם דבריו הובנו שלא כראוי.
בשיעורו השבועי במוצאי שבת, בירך הרב יוסף את הרב בן ציון קוק, המכהן כראש כולל וכרב שכונה בירושלים, שיזכה לכהן כרב עיר, ואמר: "הרב קוק בקיא בהלכה, רב עיר צריך להיות בראש ובראשונה בקיא בהלכה, לא קצין ביטחון של איזו עיר או שלמד באיזו ישיבת הסדר".
קודם להתנצלות, מסר יו״ר האיחוד הלאומי, ח״כ בצלאל סמוטריץ׳: "עולם התורה הדתי לאומי, על כלל אגפיו, מגדל תלמידי חכמים שלא נופלים, ובמקרים רבים עולים על מקביליהם בעולם החרדי - בבקיאות ובעיון בכל מקצועות התורה, ובנוסף לכך בחיבור להוויה הישראלית, בקידוש שם שמיים, ובמבט שיודע לכוון עין של מטה כנגד עין של מעלה ולראות בשוב השם ציון.
"תלמידי החכמים שלנו הם תלמידי חכמים של ארץ ישראל שאוחזים בנעם, ולא במקל חובלים כמו תלמידי החכמים של בבל. יש לנו כבוד גדול לעולם התורה החרדי. אנחנו יודעים לראות את מעלותיו הטובות, ודווקא משום כך יש לנו כאב לב גדול על זלזול של חלק ממנו בתלמידי החכמים שלנו. נמשיך לכבד את הרב יוסף אולם איננו זקוקים לציונים או להכרה ממנו בעולם התורה ובתלמידי החכמים שלנו״.
מלשכת הרב הראשי נמסר כי "הראשון לציון עמד בדבריו על הצורך של תלמידי חכמים הבאים לכהן בתפקיד רבני עיר ללון בעומקה של הלכה, לצורך כך יש להשקיע מעבר לשנות הלימוד בישיבה מספר שנים ללימוד הלכה לעומקה. הדבר נכון לגבי כל ישיבה מכל סוג וגם לגבי ישיבות הסדר".