ועדת הבדיקה הממשלתית לפרשת פגסוס תצטרך להחליט בקרוב האם תעסוק בתיק הצוללות, כפי שמבקשים סניגוריו של תת-אלוף (מיל') אבריאל בר-יוסף, או שתקבל את עמדת היועצת המשפטית לממשלה, גלי מיארה, ולפיה אסור לה לטפל בתיקים תלויים ועומדים. הוועדה צפויה להידרש לשאלה האם לעסוק בתיקי בנימין נתניהו, והחלטתה בנוגע לצוללות עשויה להוות אינדיקציה גם בנוגע לנתניהו. בר-יוסף, לשעבר המשנה לראש המטה לביטחון לאומי, מואשם בתיק הצוללות בקבלת שוחד ובהפרת אמונים; התיק מצוי בשלב הוכחות התביעה בבית המשפט המחוזי בתל אביב (תיקי נתניהו מצויים בשלב זהה). סניגוריו - עוה"ד ז'ק חן, אורנה פינטו-גפסון, ינון סרטל וניר לזר - טוענים, כי רוגלת פגסוס הופעלה בצורה בלתי חוקית נגד בר-יוסף ורעייתו עליזה בר-יוסף. הסניגורים אומרים כי נשיא בית המשפט המחוזי מרכז דאז, אברהם טל, נתן בשנת 2017 צווים להאזנת סתר לתקשורת בין מחשבים במסגרת חקירת פרשת הצוללות (תיק 3000). המידע שנמסר להגנה מלמד, כי "במסגרת מימוש הצווים ביצעה המערכת פעולות הכוללות, נוסף על האזנת סתר לתקשורת בין מחשבים - גם קבלת אנשי קשר, הודעות, פתקים ופרטי מידע נוספים שהיו אגורים בטלפונים הסלולריים. חומר זה התקבל תוך חריגה מצווי האזנות הסתר. "למעשה, איסוף החומר מתוך המכשירים הסלולריים נעשה לא רק בניגוד לצווים, אלא גם בניגוד לחוק. החוק אינו מתיר לבצע חיפוש מרחוק במחשבים וממילא, אין לבית המשפט סמכות להתיר פעולות מסוג זה". הפרקליטות אומנם מסרה שלא נעשה כל שימוש בחומר החורג במסגרת תיק 3000 - והשופטת טלי חימוביץ אימצה עמדה זו - אך ההגנה טוענת, כי ייתכן שחומר זה שימש לביצוע פעולות חקירה אחרות. "חשש זה הוא ממשי ביותר וקיימות לגביו אינדיקציות בחומר החקירה. אולם נוכח עמדת המאשימה ובהעדר כלים כלשהם העומדים לרשות ההגנה, לבחון את הדברים, לא ניתן לבררו עד תום במסגרת ההליך המשפטי. רק הוועדה באמצעות הכלים שברשותה תוכל לבדוק את הדברים", אומרים סניגוריו של בר-יוסף. לדבריהם, נראה שהמשטרה פעלה להלבין את התוצרים הבלתי-חוקיים באמצעות תפיסת החומר בדרכים אחרות, ובין היתר ייחסה לבני הזוג "הפצת חומרי תועבה בדמות קטין". הפרקליטות הגדירה זאת כ"שגגה מצערת"; הסניגורים מציינים שהמשטרה העלתה נימוק זה בשלוש הזדמנויות שונות. בנוגע להתנגדותה של מיארה לבדיקת תיקים תלויים ועומדים אומרים הסניגורים, כי היא נובעת מחשש מוצדק לפגיעה בהליך - אולם חשש זה אינו קיים במקרה זה. לשיטתם, "כתוצאה מעבודת הוועדה חקר האמת רק ייצא נשכר, זכויותיהם של נאשמים שמשפטם מתנהל יקודמו ומשפטם לא ישובש בשום דרך. לא לחינם הועלו טענות אלה ללא פירוט וביסוס מינימאלי שממילא אינו קיים". עוד הם מזכירים את ועדת החקירה הממלכתית לפרשת הצוללות, הפועלת במקביל להליך הפלילי.