מתוך כ-280 תלמידי נר-עציון, כ-60 עדיין אינם לומדים. מוקד המחלוקת העיקרי הוא תלמידי כיתות ו', האמורים לעבור בעוד שנה לחטיבת ביניים - כלומר, לחוות שוב מעבר למוסד חדש. מדיניות משרד החינוך בנושא היא ליצור כמה שפחות מעברים ממוסד למוסד, כדי לחסוך מהתלמידים קשיים לימודיים ורגשיים מיותרים. לכן, מהלך של פירוק הכיתה ופיזור התלמידים בבתי ספר, כמו בכיתות הנמוכות יותר, נשלל על הסף.
הפתרון שהוצע היה שילוב הילדים במוסדות על-יסודיים בעיר: הבנות באולפנית ישורון והבנים בישיבתו של הרב שי פירון. כיוון שבמוסדות אלה אין כיתות ו', הוצע שהכיתות יצורפו לשם לשנה בהרכבן הקיים, ובשנה הבאה, בכיתה ז', ישולבו התלמידים בכיתות הרגילות של הישיבה והאולפנית.
לפני כשבועיים וחצי הגיעה הנחיה משר החינוך להכין את המוסדות לקראת קליטת התלמידים. בתוך פחות מ-24 שעות ניצבו במתחם הישיבה שני קרוונים מרווחים, ממוזגים ומסוידים. הוכנו גם ילקוטים מלאים בכלי כתיבה ובמחשבי טאבלט. במטבח התארגנו לבישול 35 מנות נוספות לארוחת הצהריים. רק דבר אחד השתבש: הילדים מנר-עציון לא באו.
"כל המטרה של המהלך הייתה לפרק את הגטו שנוצר בנר-עציון", מסביר דניאל אוריה את ההברזה המאורגנת. "אם בסוף אנחנו מעתיקים את אותה כיתה למקום אחר, מה עשינו בזה?"
הרב קינן, המשמש גם רב-מחנך בישיבה של הרב פירון, הצר על ההחלטה. "כואב הלב שהם לא מגיעים לפה. אני לא יודע אם הם יושבים בבית או מסתובבים ברחובות, אבל מה שברור הוא שיש פה בעיות סוציאליות אמיתיות. זה לא תקין, ולא חינוכי לחלוטין".
יו"ר מנהל החינוך הממלכתי-דתי במשרד החינוך, הרב אברהם ליפשיץ, אומר שכאשר הוצגה להורי תלמידי ו' האפשרות להשתלב באולפנית ובישיבה, ניכר היה שהם מעוניינים בכך. אשר למהלך סגירת בית הספר נר-עציון, ליפשיץ אומנם מגבה את שר החינוך, אולם בדבריו ניכרת גם תחושה של החמצה. "נכון היה שהציבור הדתי בעיר יתגייס וישלח את ילדיו לנר-עציון וימנע בכך את סגירתו. חבל שזה לא נעשה, אבל עכשיו, העבודה הגדולה עוד לפנינו: אנחנו צריכים לוודא שהילדים יקבלו את כל מה שהם צריכים בבתי הספר החדשים שלהם".
במשרד החינוך מבקשים להדגיש שהאחריות לשיבוץ התלמידים מוטלת על הרשות המקומית: "שר החינוך מוביל קו ברור לשילוב הילדים בבתי הספר, אך העירייה היא זו שצריכה לבצע את ההנחיות בפועל".
ממלא-מקום ראש עיריית פתח-תקווה ומחזיק תיק החינוך הדתי, מוטי זפט, מסביר שזה לא פשוט. "באחד מבתי הספר למשל, נתבקשנו לשלב תלמיד מנר-עציון. מדובר בכיתה קטנה פיזית שכבר מכילה 30 תלמידים ועוד שתי סייעות. אין מקום פיזי. איפה רוצים שנכניס את הילד הנוסף? קיימת מצוקה אמיתית". מנגד, גורמים במשרד החינוך מאשימים כי "נציגי המפד"ל בעירייה מנסים למנוע את שיבוצם של הילדים, מתוך מטרה 'להגן' על בתי הספר הפרטיים של הציונות הדתית. מה שעשו בעיריית פתח-תקווה הוא עוול אמיתי כלפי ההורים והתלמידים".